李旦即位不久，對李隆基與太平公主的矛盾衝突採取“和稀泥”的態度，甚至在某些程度上支持太平公主，抑制太子，這並不能說明睿宗昏庸。
因為睿宗是在太平公主與李隆基的擁戴下才當上皇帝的，相比較而言，太平公主的勢力是比較強大的。而睿宗當時的皇位還不夠穩固，若沒有太平公主的全力支持，局面是不堪設想的。所以他只能遷就自己的妹妹而委屈自己的兒子了。
當然，多年的政治風波，幾個哥哥都已不在人世，唯一剩下兄妹倆人相依為命，從感情上說，他對“沉斷有謀”的妹妹是有很深的感情，縱容偏袒也是在所難免。
此外，睿宗經過多年的政治風波，早已形成老成持重的性格，他對權力鬥爭的各個方面，各個因素都能權衡處理，且謹慎小心。所以，在沒有絕對把握的情形下，睿宗必然會對太平公主讓步，而一旦時機成熟，睿宗就收起自己懦弱的一面，毫不猶豫地採取果斷措施。
在太子李隆基的實力地位較為鞏固的時候，睿宗先後採取了極為明智的兩項措施：
一是令太子監國。
二是決定退位。
面對公主的激烈反對，他不為之所動。現在來看，這兩項舉措無不體現著睿宗精明能幹的一面。
由此可以說，有人說唐睿宗昏庸無能，實在是太冤枉他了。
太平公主的夢想是像母親武則天一樣有朝一日做女皇，在李旦登基的第二年，通過爭奪，利用李旦對他的信任，逐漸佔據了上風，使李隆基喪失了主持朝政的權力，李隆基的得力助手宰相姚崇和宋璟也被罷職。
李旦因為以前母親的所作所為，加上自己所受的苦難，對皇帝這個人人喜歡的權位沒有了什麼興趣，一直想早點把皇位讓給兒子李隆基，自己去做逍遙自在、清閒無事的太上皇。
公元711年，就是李旦重新登基的第二年的二月，李旦傳下詔書，要太子李隆基行使監國之權，這類似於全權執政官。兩個月後，又召來三品以上的重臣商議傳太子皇位的事。
由於這時大多數的人已經倒向公主一派，所以沒有人敢表示同意。加上公主一派的極力反對，李旦便採取了一個過渡的方式：太子全權處理政事，其他軍國大事、死刑的批准、五品以上官員的任免等，先與太子商議，拿出處理意見，再由他最後決斷。
太平公主對此很不滿意，一直想將李隆基除掉，掃除自己以後做女皇的一大障礙。
在延和元年（公元712年）的七月，彗星在天空出現，這在封建社會的時候被認為是一種凶兆，所以，太平公主趕忙採取了行動：唆使一個術士向李旦說：
“根據星象，皇帝有災，皇太子應當即位。”
意思是說李隆基要篡位做皇帝了，挑撥李旦的父子關係。
沒想到，這一著非但沒有讓李旦廢黜李隆基，反而使李旦做出了馬上傳位給李隆基的決定。他說：
“傳德可以避災，我的主意打定了。”
無奈之下，太平公主只好順水推舟，建議李旦禪讓皇位，但同時她又提了一個條件：由她掌握朝政大權。李旦不好讓太平公主失望，勉強同意了。
712年的八月，李旦正式將皇位傳給了太子李隆基，自己做了太上皇。
在名稱上做了嚴格規定：李旦自稱還是皇帝用的“朕”，下的詔書叫做“誥”，每隔五天在太極殿聽政一次，處理政務。至於李隆基則自稱為“予”，下的詔書則叫做“制”或“敕”，以示區別，李隆基的辦事地點在武德殿。
另外，還對職權做了區分：四品以下的官員任免由李隆基來負責決定，三品以上的官員任免則由太上皇李旦親自決斷。
李隆基和太平公主的鬥爭到713年日趨激烈，最後，還是李隆基先下了手，將太平公主一派基本上誅殺清除，做了真正的皇帝，開始開創唐朝的全盛時期。
李旦在歷史上稱帝的次數雖然有兩次，算得上是多的，但時間很短，前後只有兩年。讓位後又活了四年，在716年病逝，死時虛歲五十五。李旦的諡號是“玄真大聖大興皇帝”，廟號是“睿宗”。死後被葬在了橋陵，就是現在陝西蒲城縣豐山。
李旦在位期間雖然沒有什麼大的政績，但他果斷地讓位，還算是很明智的，讓兒子李隆基有了施展才幹抱負的機會，後來的事實也證明，李隆基確實沒有辜負他的希望。
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