鎖定新型冠狀病毒最初傳染源的工作已經啟動。
新冠病毒的來源目前尚無定論，雖然全球科學家都在努力研究和發表論文。目前尚無法追蹤到新冠病毒到底是如何變異並進入人類世界的，但從傳染病、流行病學來看，武漢華南海鮮市場卻是它的孕育和最初傳播地。
日前，中國疾病預防控制中心新型冠狀病毒炎疫情防控技術組制定了“新型冠狀病毒感染的肺炎疫情緊急研究議程”，其中一項為：在農貿市場尋找病毒，不斷對新分離的病毒進行測序以確定冠狀病毒的進化情況，並據此更新診斷試驗。
2019年12月29日，武漢市某醫院報告了一起不明原因重症肺炎聚集性病例事件，這起不明原因肺炎的患者多數來自華南海鮮市場。也正是從這些病例開始，病毒在全國範圍內傳播開來。
但是，傳染來源和中間宿主不明。查明新型冠狀病毒的來源和中間宿主對從源頭控制新型冠狀病毒肺炎至關重要，但新型冠狀病毒的來源和中間宿主尚待確定。中國專家把目標鎖定在華南海鮮市場。
日前，中華預防醫學會新型冠狀病毒肺炎防控專家組發佈一篇題為《關於疫情應急處置階段轉入流行高峰持續防控階段對策的思考》的文章稱，研究發現，新型冠狀病毒在進化樹的位置上，與SARS病毒和類SARS病毒的類群相鄰，而新型冠狀病毒和SARS、類SARS冠狀病毒的共同祖先是一個寄生於果蝠的HKU9-1冠狀病毒，推測新型冠狀病毒的自然宿主可能是蝙蝠；新型冠狀病毒利用與SARS冠狀病毒相同的細胞進入受體（ACE2）。專家組發現新型冠狀病毒與一種蝙蝠冠狀病毒的序列一致性高達96%，也提示新型冠狀病毒可能來源於蝙蝠。
中國疾控中心基於來自華南海鮮市場等500餘份標本的檢測結果推測，新型冠狀病毒的來源可能是野生動物；此外，還有研究發現，穿山甲體內分離的毒株與目前感染人群分離的毒株序列相似度高達99%，表明穿山甲有可能為新型冠狀病毒的潛在中間宿主。有人提出蛇也可能是新型冠狀病毒的中間宿主。有研究通過比較脊椎動物宿主所有病毒的感染模式，發現水貂病毒顯示出與新型冠狀病毒更為接近的感染模式。至於水貂、蛇是否為新型冠狀病毒的中間宿主，則有待進一步確證。
1月26日，中國疾控中心病毒預防控制所表示在新型冠狀病毒溯源研究中取得階段性進展，首次從武漢華南海鮮市場的585份環境樣本中，檢測到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸，併成功在陽性環境標本中分離出病毒，提示該病毒來源於華南海鮮市場銷售的野生動物。其中，93.9%(31/33)的陽性標本分佈在華南海鮮市場的西區。該市場西區存在野生動物交易，尤其是西區的七街和八街靠近市場內部的區域存在多家野生動物交易商鋪，而這一區域的陽性標本也比較集中，佔全部陽性樣本的42.4%(14/33)。
“市場的樣本陽性多數在野生動物交易商鋪，包括蛇、鼴鼠類、竹鼠類，從這些產品上檢測到病毒的原因有兩種，一是野生動物本身帶有病毒，另外一個是帶病毒的野生動物身上的病毒汙染了其他商品。因為市場比較混亂，滿地都是野生動物的內臟，這種汙染會隨著環境傳播。”一位不願透露姓名的人士透露。
據第一財經調查，華南海鮮市場有上百家賣蛇的商戶，如果攜帶新型冠狀病毒的蛇被銷售，人類感染也成為自然。
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