氣通督的過程中，意念的使用有兩大階段，在大椎以下時，意念主要是處在內氣的後面起一個督導和推動的作用。當內氣的主流過了大椎穴以後，已經不用再擔心它會下降消散了，這時就將意念收回到泥丸，對玉枕到大椎這一線正在騰騰上升的內氣起一個微微招攝的意思，這樣，內氣就會像駕“牛車”一樣奮猛而上。
內氣到達泥丸之後的功夫，是金丹法與世俗的小周天最大的不同點所在，世俗的小周天往往是內氣從百會一衝而過，只是接通了一個任督二脈而已，但是金丹法中的小周天，內氣運行至此，要進行一個重要的工作就是完成乾坤交，也就是用內氣之“陽”去化泥丸之“陰” 。這是具有決定性意義的一個不同點。
內氣開始到達泥丸之時，就如同鍋爐房燒的熱騰騰的水蒸氣經過一個管道（相當於督脈）後，往一個空曠的空間（就是泥丸）裡放，使泥丸宮裡如同充滿了雲霧一樣。此時人則有一種昏昏然、飄飄然，似醉非醉的感覺。這時要注意觀察氣入泥丸的情勢，總的口訣是要等待內氣全部進入泥丸之後（一般應該是督脈中不再有內氣往泥丸宮裡注入的感覺） ，就要行“入混沌”之法，口訣是“入泥丸，虛對空；不淨明，不放鬆” 。也就是將整個的明神真意完全地化合於泥丸的內氣之中，也就是在泥丸宮行神氣合一之法。這一過程在丹法中稱為“以汞投鉛” 、 “鉛汞混合” 、 “性命相合”等。實際的作用是用陰神（一般所說的意念）去合陽氣（由督脈上行來的內氣） ，作用是以陽氣之“火”去化去神中之陰。這個過程也叫“乾坤交” ，至此才是人體內真正的真陰真陽的相合。
黃元吉先生對這段的解釋為：到得藥氣已上泥丸，尤當一意不散，一念不起，凝聚精神團於一處，溫養片刻，然後腦中陰精化為甘露神水，滴入絳宮，冶煉片時，而後化為金液，歸於丹田，溫養成珠。此處務須溫溫鉛鼎以行封固可也。然此封固，內想不出，外想不入，人則知之；若泥丸宮內凝聚一時，烹煉成藥，人少知也。夫以此個宮內極是清虛玄朗，落於後天，致有渣滓之窒塞，所以其神不清，其心不靈，常不免於昏憒。若能凝聚半晌，則濁氣自降，清氣自升，常與天地輕清之氣相通。苟能久久溫養，則清氣充而濁氣去，不但身體康強，顏色光耀，而金液大還，亦無非由此靜養之功積成也。
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