实务工作中，税务机关在进行税收风险评估时一般会将增值税税负和企业所得税税负作为其中的一个参考值，同时还考虑行业因素等。在纳税评估和税务检查过程中，也会询问纳税人税负偏低的原因。由于企业经营情况和盈利能力千差万别，增值税、企业所得税税负低并不表示企业就有税收风险。下面就企业采购成本与增值税税负、企业所得税税负问题简要分析如下：
一、关于税务机关增值税、企业所得税税负预警提醒问题。税务机关问对税负提出的一些疑问只是了解你税负低的原因，做一个税负分析，不是征税的依据，也不会影响你的信用等级。即使你的税负低于税务机关的预警值，只要能解释清楚就没有问题了。因为增值税税负与企业的盈利能力、获得进项税额的结构等关系紧密，税负自然有高有低。
二、实际采购成本与应缴税负的关系问题
一是采购成本高，如果一般纳税人均能取得增值税进项税额，有利于降低增值税税负。同时采购成本高，会影响企业的盈利能力，相应企业所得税税负也不会高，比如实务中很多商贸企业，由于毛利率低，可能增值税税负和企业所得税税负均较低也是正常的。
二是产品的毛利率高，盈利能力强，则增值税税负就会高，反之，则增值税税负低。同时盈利能力高低也会影响企业所得税税负。
三是无论增值税税负还是企业所得税税负还与企业是否享受相关增值税和企业所得税优惠政策有关，优惠政策越多越大，影响越大。
三、根据上述分析，建议纳税人没必要为税负低纠结。因为税负仅仅是税务机关税收风险分析的参考指标之一。税负低的企业只要按税法规定依法纳税就没有问题。相反税负高的企业也不一定表示就没有问题。归根结底，依照税法规定依法纳税就没有大的税收风险。
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