1937年左右，三个中国留学生来到了剑桥大学，此时的李约瑟在剑桥大学研究胚胎学。在学术交流时，三位中国留学生的聪明才智使李约瑟意识到，人类无论肤色种族在科学面前都是平等的，并由此导致他对中华文明产生终生的认同。
而在这三位年轻的中国人中有一位美丽、聪颖的女士，而她就是后来成为李约瑟亲密助手和晚年伴侣的鲁桂珍女士，鲁桂珍出生于湖北省一个医学世家，与李时珍同乡，因此她对传统的中医很了解，她向李约瑟介绍了《本草纲目》的好多内容。他们谈到有关药的话题。
鲁桂珍在来英国之前，在北京协和医院，后来到上海的一个研究所研究脚气病。正好李约瑟的教师也是近代生物化学的奠基人也研究脚气病，还在1924年得了诺贝尔奖。鲁桂珍告诉李约瑟，在几百年前甚至更早的时候，中国人就已经知道脚气是维他命缺乏症。这使李约瑟很惊讶，原来在西方得诺贝尔奖的东西在中国汉朝的医书上就记载了。
鲁桂珍毕业后赴美参加一次学术会议，正在这时二次世界大战爆发了。中英两国分别投入了反对日本、德国法西斯的战争，由于海上交通的中断，鲁桂珍和李约瑟不得不天各一方。在这期间他们保持着密切的书信往来，对中国古代科学技术与文明的共同兴趣与研究的愿望，使两颗伟大的心灵越走越近。而李约瑟前往中国这一文明古国进行探访的愿望也越来越强烈，不久战争的风云际会使李约瑟的愿望得以实现。
抗战时期，西南大后方疟疾流行，特效药奎宁因主产地南洋陷落，来源锐减，十分短缺。陈果夫的一位政府职员程清舫见报纸刊登了一则“治疟方”，给病人试用，发现有效，便报告了蒋介石，蒋介石很感兴趣，拨款给予经费支持，成立了国药研究室，组建了一支从临床、药理、植物和种植的研究队伍，“制成片剂及注射剂，其效力不变，且无副作用，应用亦便利”，临床治验疗效达96%。
李约瑟考察时看到，常山抗疟是当时中国科技界的研究热点，因此他想将这方面的进展推荐给国际社会。于是他便向国际社会举荐了关于研究常山抗疟的成果——程方祖的《关于中药“常山”治疗疟疾的初步临床报告》。
可能因为该文属于临床报告，并未见到在国外发表。当时国内组织了不少研究人员来进行常山药理研究，并且取得了一定的成果，像张昌绍、赵承暇等人发现了常山的有效成分常山碱，并确定了其化学结构，成果后来发表在《Science》杂志上。不过这是战后的事了。
李约瑟说：“战时我在中国的时候……应用常山非常之多。为了防治疟疾，人们纷纷去找常山，而不找奎宁，因此对于常山的研究非常多。中国各类药物实验所都从事这项工作，在战事初期便得到肯定的效果；但西方还是存疑，最后经国立医药研究所的汤马士·霍克博士对它做了研究，证实为相当有效的治疟药。”
直到后来美国国家科学院的学者也进行了研究，科技界才公认其疗效。但是后来合成的各种化合物，始终存在呕吐反应严重的问题，未能上市用于临床。这也说明，中医复方可能更加合理。
李约瑟认识到，“中国药物学实在有许许多多深饶兴味的东西”，不过，作为西方学者，他所关注的还是科学验证后的成果。1945年李约瑟在将要离开中国之际，递交了一份给国民政府领导人蒋介石的报告，里面就中医药研究说了一段话：
“现代医学是一个建立在现代科学基础上的系统，中国传统医学是十分逊色的，而且很不可靠。尽管如此，传统中医药中无疑有一些尚未得到科学解释的宝贵东西。大概1/20的本草有真正的药理活性，应该有1/40在世界药典中拥有一席之地。但是可以看到一种被误导了的民族观念，一些官员希望我们相信传统医学系统从总体上比现代医学好，并且雇用科学家以证明传统药物是有效的；如果科学家们不这样做，那将给他们带来不好的结果。”
从这里可以看到，他不认同陈果夫等从传统角度支持中医的立场，出发点还是站在现代科学的角度来看中医。不过由于他的介绍，世界科学界对中国医药学的成就有了更多的了解。
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