1937年左右，三個中國留學生來到了劍橋大學，此時的李約瑟在劍橋大學研究胚胎學。在學術交流時，三位中國留學生的聰明才智使李約瑟意識到，人類無論膚色種族在科學麵前都是平等的，並由此導致他對中華文明產生終生的認同。
而在這三位年輕的中國人中有一位美麗、聰穎的女士，而她就是後來成為李約瑟親密助手和晚年伴侶的魯桂珍女士，魯桂珍出生於湖北省一個醫學世家，與李時珍同鄉，因此她對傳統的中醫很瞭解，她向李約瑟介紹了《本草綱目》的好多內容。他們談到有關藥的話題。
魯桂珍在來英國之前，在北京協和醫院，後來到上海的一個研究所研究腳氣病。正好李約瑟的教師也是近代生物化學的奠基人也研究腳氣病，還在1924年得了諾貝爾獎。魯桂珍告訴李約瑟，在幾百年前甚至更早的時候，中國人就已經知道腳氣是維他命缺乏症。這使李約瑟很驚訝，原來在西方得諾貝爾獎的東西在中國漢朝的醫書上就記載了。
魯桂珍畢業後赴美參加一次學術會議，正在這時二次世界大戰爆發了。中英兩國分別投入了反對日本、德國法西斯的戰爭，由於海上交通的中斷，魯桂珍和李約瑟不得不天各一方。在這期間他們保持著密切的書信往來，對中國古代科學技術與文明的共同興趣與研究的願望，使兩顆偉大的心靈越走越近。而李約瑟前往中國這一文明古國進行探訪的願望也越來越強烈，不久戰爭的風雲際會使李約瑟的願望得以實現。
抗戰時期，西南大後方瘧疾流行，特效藥奎寧因主產地南洋陷落，來源銳減，十分短缺。陳果夫的一位政府職員程清舫見報紙刊登了一則“治瘧方”，給病人試用，發現有效，便報告了蔣介石，蔣介石很感興趣，撥款給予經費支持，成立了國藥研究室，組建了一支從臨床、藥理、植物和種植的研究隊伍，“製成片劑及注射劑，其效力不變，且無副作用，應用亦便利”，臨床治驗療效達96%。
李約瑟考察時看到，常山抗瘧是當時中國科技界的研究熱點，因此他想將這方面的進展推薦給國際社會。於是他便向國際社會舉薦了關於研究常山抗瘧的成果——程方祖的《關於中藥“常山”治療瘧疾的初步臨床報告》。
可能因為該文屬於臨床報告，並未見到在國外發表。當時國內組織了不少研究人員來進行常山藥理研究，並且取得了一定的成果，像張昌紹、趙承暇等人發現了常山的有效成分常山鹼，並確定了其化學結構，成果後來發表在《Science》雜誌上。不過這是戰後的事了。
李約瑟說：“戰時我在中國的時候……應用常山非常之多。為了防治瘧疾，人們紛紛去找常山，而不找奎寧，因此對於常山的研究非常多。中國各類藥物實驗所都從事這項工作，在戰事初期便得到肯定的效果；但西方還是存疑，最後經國立醫藥研究所的湯馬士·霍克博士對它做了研究，證實為相當有效的治瘧藥。”
直到後來美國國家科學院的學者也進行了研究，科技界才公認其療效。但是後來合成的各種化合物，始終存在嘔吐反應嚴重的問題，未能上市用於臨床。這也說明，中醫複方可能更加合理。
李約瑟認識到，“中國藥物學實在有許許多多深饒興味的東西”，不過，作為西方學者，他所關注的還是科學驗證後的成果。1945年李約瑟在將要離開中國之際，遞交了一份給國民政府領導人蔣介石的報告，裡面就中醫藥研究說了一段話：
“現代醫學是一個建立在現代科學基礎上的系統，中國傳統醫學是十分遜色的，而且很不可靠。儘管如此，傳統中醫藥中無疑有一些尚未得到科學解釋的寶貴東西。大概1/20的本草有真正的藥理活性，應該有1/40在世界藥典中擁有一席之地。但是可以看到一種被誤導了的民族觀念，一些官員希望我們相信傳統醫學系統從總體上比現代醫學好，並且僱用科學家以證明傳統藥物是有效的；如果科學家們不這樣做，那將給他們帶來不好的結果。”
從這裡可以看到，他不認同陳果夫等從傳統角度支持中醫的立場，出發點還是站在現代科學的角度來看中醫。不過由於他的介紹，世界科學界對中國醫藥學的成就有了更多的瞭解。
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