清末西北的動盪政局讓發源自甘肅河州的“馬家軍”從此登上歷史舞臺。在三代人的努力之下，他們終於成為稱霸西北的一支重要武裝力量。
在民國眾多軍閥中，馬家軍諸將算是非常有爭議的，他們在網上被描繪成兇狠殘暴、作戰兇悍的屠夫。然而奇怪的是既然戰鬥力如此強悍，為何卻一直龜縮在甘青寧地區，不敢逐鹿中原呢？
馬家軍在民國雖然淪落為地方軍閥的雜牌軍，其實他們祖上卻出自名門。清朝同治年間，西北爆發了大規模的農民起義。河州的回民領袖馬佔鰲適時地倒向朝廷，進而產生了日後的馬家軍。
馬家軍脫胎自於老湘軍和董福祥的甘軍。太平軍和捻軍相繼被剿滅後，劉松山率老湘軍隨左宗棠進陝甘平亂。漢人義軍領袖董福祥兵敗投降劉松山，其被編為“董字三營”，後來又吸納了回民的馬佔鰲部。
左宗棠在收復新疆時，深感湘軍皆為南人，不習北方戰事，於是便用湘軍的軍制改造了董部。平定新疆之亂後，董部逐漸脫離湘軍，自成一派。
這個時期的甘軍及其麾下的馬家軍絕對算得上兵強馬壯，所以被編入清廷武衛軍，成為入國家經制軍，接受戶部撥餉。然而武衛軍只是清軍從團練到新軍的過渡性產物，很快退出歷史舞臺。
馬家軍能夠繼續存在，蓋因清廷統治力衰退，不得不依仗回民將領安定西北。西北軍事歷來需要內地協餉，馬家軍雖然在政治上填補了清廷的空缺，但戰鬥力卻從此止步不前。
除了沒有國家餉銀的支持外，回民諸將的封建保守思想也是很大的問題。馬家軍繼承了湘軍“兵為將有”的傳統，在選拔軍官上任人唯親，排外思想嚴重。
在募兵上，軍士最初為僱傭兵，後來在相當長時間內採取“拔門兵”制度，就是利用宗教領袖的影響力征兵。阿訇們招來多少兵就做多大的官，會不會領兵作戰並不重要。
在訓練上，馬家軍幾乎沒有。即便到了民國，裝備也以冷兵器為主，熱兵器主要為前清甘軍和湘軍留下的老式火器。
馬步芳和馬鴻逵等第三代領導人接班後，雖然銳意革新，購買新式軍火，引進現代訓練手段。但限於西北財力，他們與內地軍閥還有相當大的差距。
馬家軍讓人誤以為戰鬥力強悍主要是當年打敗了我軍西征的將士。我軍裝備水平出了名的低，但也比馬家軍好。
戰後馬步芳曾發表演說：
“我們只有一軍的兵力，以兵力比較，就不及他，且匪所持軍械非常銳利新穎，我軍所用者只舊式槍械及刀矛之類而已。”
馬家軍在裝備上的缺陷可見一斑，能夠取得勝利完全是憑藉主場優勢和佔了我軍有大量非戰鬥人員的便宜。
由於是雜牌部隊，馬家軍長期得不到中央的補充。只有在解放戰爭時期，被當做炮灰使用才領了些老式步槍、輕重機槍和大炮等。直到馬家軍滅亡，他們都沒有完成現代化轉型。
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