《永樂大典》最大的厄運，是英法聯軍和八國聯軍的侵華時期。咸豐十年（1860），英法聯軍侵佔北京，翰林院的藏書遭到搶劫，尤以英軍搶掠最多，其中包括不少《大典》。1900年6月20日，清軍和義和團圍攻東交民巷的外國使館。當時被圍在英國使館的樸笛南姆·威爾（PutnamWeale，1877—1930）用日記的形式比較詳細地記下了每一天的情況，這本書叫 Indiscreet Letters from Peking，漢譯本取名《庚子使館被圍記》。威爾在6月24日的日記中寫道：“（翰林）院中排積成行，皆前人苦心之文字，均手鈔本，凡數千萬卷，所有著作為累代之傳貽，不悉其年。又有未上漆之木架，一望無盡，皆堆置刻字之木板。置身於院中之翰林，雖未夢見西方之學術，而在此國中，則自矜博涉，處於讀書人最高之位，上自王公下至乞丐，無不尊敬者。如謂此地可以放火，吾歐人聞之，度未有不笑其妄者，然今竟何如？在槍聲極猛之中以火具拋入，人尚未知，而此神聖之地已煙焰上騰矣。”“數百年之樑柱，爆裂作巨響，似欲傾於相連之使館中，無價之文字亦多被焚，龍式之池及井中均書函狼藉，為人所拋棄……其在使館中研究中國文學者，見寶貴之書如此之多，皆在平時所決不能見者，心不能忍，皆欲揀選抱歸，自火光中覓一路，抱之而奔……將來中國遺失之文字或在歐洲出現，亦一異事也。”在這種劫難中，《永樂大典》以及同樣放在那裡的《四庫全書》底本，自然是無法倖存的。到宣統元年（1909）籌建京師圖書館時，《大典》只存64冊。
社會上還有沒有秘而未宣的《大典》殘卷呢？從《大典》的失散情況來看，應該還會有一些，但數量恐怕不會很多。如1983年，山東掖縣農民孫洪林家中發現了一冊《永樂大典》（“門”字頭），只剩37頁，而且天頭地腳已被剪去，原來孫家老太太拿它們剪鞋樣或捲菸抽了。幸好老太太有敬惜字紙的觀念，有字的地方都沒動剪刀。孫洪林在縣文化館上班，碰巧在一本臺歷上見到《永樂大典》的樣子，才知道家裡那本“破書”竟然是國寶。這一冊《大典》後被國家圖書館收藏。
國家圖書館藏《永樂大典》文獻展
目前存世的《大典》大約有300多冊，散落在世界許多國家。國家圖書館為收集《永樂大典》經歷了一百多年的努力，館藏《永樂大典》達到222冊，連同上海圖書館、四川圖書館所藏的各一冊，達到224冊，中國大陸成了全世界珍藏《永樂大典》最多的地區。
博通天地，融萬物於一體；統會古今，合千載於一時。皇皇鉅著《永樂大典》不只是類書“皇冠上的明珠”，更是中國文化最璀璨的一顆寶石。今日傳世之《永樂大典》不足百分之四，若有朝一日有幸能一睹《大典》全貌，學術史必將改寫，我們對中國文化的瞭解也必將進入新時代！
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