《永樂大典》的編修可謂是耗時耗力，是永樂時期眾多文人匠人的心血之作。然而如此浩繁的鉅著完成之後卻被束之高閣，在很長一段時間內無人問津，以致慢慢遺失。那麼封存在皇城之內的永樂大典怎麼會流傳到了民間？又是那些人為了保護《永樂大典》做出了不懈的努力？
到了清朝初年，有人在皇史宬，就是皇家檔案館發現了這部《永樂大典》。可是當時滿族剛剛入關，滿族貴族沒有什麼文化，沒有意識到這部《永樂大典》的文化意義和價值，再加上又是前朝遺物，所以沒人理會它。直到乾隆三十八年，乾隆皇帝決定修《四庫全書》，於是這部《永樂大典》再度受到了注意， 可是經過清點發現《永樂大典》少了一千多冊，這一千多冊《永樂大典》哪裡去了？
有人向皇帝舉報說有三個人很可疑，這三個人叫做徐乾學，高士奇，王鴻緒，他們都是康熙年間的探花，選入翰林院編修。高士奇擔任內閣中書，經常給康熙皇帝講解儒家經典，深受皇帝的信任。王鴻緒也是進士，也進入到翰林當過編修，出任過工部尚書。這三個人飽讀詩書，喜歡藏書，所以很喜歡他們利用職務之便，將這一千多冊《永樂大典》竊取回他們老家。乾隆皇帝一聽有道理，立刻下旨兩江總督浙江巡撫到這三個人家去搜。並且帶去皇帝的口諭說《永樂大典》是政府的財產，如果你們收藏了交出來就既往不咎。可是這三家人的後人堅決否認，見過《永樂大典》。沒辦法，兩江總督浙江巡撫只好無功而返。
於是乾隆皇帝下令全國範圍內搜查，尤其是販賣舊書的地方，可是還是義一無所獲。這一千多冊《永樂大典》下落不明。其實這一千多冊《永樂大典》的丟失，這三個人雖然洗不清他們的嫌疑，但是全怪他們有點冤。因為《永樂大典》在雍正年間從皇史宬就搬到了翰林院的敬一亭，翰林院的官員們就有機會接觸《永樂大典》了，可是當時沒有嚴格的圖書管理制度，這幫子官員監守自盜，多年來，這一千多冊就這樣一本本流失了。不過在編纂《四庫全書》的時候，對《永樂大典》加強了管理，可是還是發生了一起盜書案。
有一天，一個纂修官叫做黃壽齡，白天工作沒完成，想回家晚上加班，就把六冊《永樂大典》帶回家裡。沒有想到被賊盯上了，路上這盜賊竊走了。黃壽齡到處找都找不到，沒辦法只好如實上報。皇帝一聽大怒，立刻下令步軍統領英廉徹底追查。英廉下令挨家挨戶搜查，結果一無所獲。結果盜賊就把這六冊《永樂大典》放在了大臣早上上朝路過的御河橋邊。第二天一早，《永樂大典》的六冊失而復得。
《四庫全書》編纂完之後，《永樂大典》再一次被棄置在翰林院的敬一亭裡，這幫子官員繼續監守自盜，偷書的方式很簡單，官員上班來的時候揹著一個包袱，包袱裡揹著一個棉袍，下班的時候棉袍穿在身上，包袱裡包幾冊《永樂大典》，看門人無法發現，就這樣一本本地都帶出去了。到了嘉靖和道光年間，朝廷要修《全唐文》和《大清一統志》，再次啟用《永樂大典》。這一次就沒有什麼嚴格的管理制度了，接觸這本書的人又更多了，損失就更慘重了。
咸豐十年，英法聯軍佔了北京，對翰林院的藏書大肆劫掠，《永樂大典》損失慘重。這幫子外國人把《永樂大典》當做戰利品運回了自己的國家。其實更無恥的是大清朝的一些官員，他把偷來的書拿到全國使館，以十兩銀子一冊的價格賣給外國人。在光緒元年，重修翰林院的衙門的時候，對《永樂大典》進行了清理，只剩下大約五千冊了。到了光緒二十年，再對《永樂大典》進行清點，就只剩下八百冊了。所以《永樂大典》一方面是清朝官員監守自盜，一方面是外國侵略者的肆意掠奪，僅僅幾十年之內，百分之九十流失了。
到了1900年，義和團攻打東交民巷的外國使館區。英國使館北鄰就是翰林院。雙方交火，不知什麼人縱火燒燬了翰林院的敬一亭，整個藏書全部燒燬，一片狼藉。一個翰林院的學士路潤庠在廢墟中整理出僅僅64冊的《永樂大典》。1912年中華民國建立，當時的政府就下令，將翰林院這64冊《永樂大典》殘本交給教育部。教育部把其中的60冊交給京師圖書館，剩下的4冊由它自己的圖書館收藏。從此中國政府就開始了對《永樂大典》的搜尋，收購工作。
到了1937年，日本全面侵華，我們大片國土淪喪。在淪陷區，民間散失著非常多的古籍善本。這些古籍善本面對著一種被日軍掠奪的危險，以鄭振鐸為首的幾位文獻學家在上海成立了文獻保存同志會，簡稱“文保會”。他們向政府提出要求，要保存那些流散在民間的古籍善本，政府批准並且資助了法幣。文保會的工作人員就用這筆巨資在敵佔區秘密地蒐集收購古籍善本。兩年多的時間，一共收購了48000冊的古籍善本，其中包括一冊《永樂大典》。
可是這個時候，上海已經不安全了，局勢越來越危險，文保會工作人員請求政府將這批收購來的古籍善本運到重慶去交於國立中央圖書館收藏。政府同意了，但是從陸路走很困難，於是決定走水路，從上海出發，經香港去重慶。當年這48000冊古籍善本運到了香港，暫時存放在馮平山圖書館，工作人員對這批書進行登記造冊，核對最後裝箱。忙了一個半月，裝了117箱古籍善本，可是這個時候從香港到重慶的路被日本人切斷了，經有關方面的同意決定把這48000本古籍善本運到美國去交給美國國會圖書館暫時收藏，為了日後索取這些古籍善本有依據，工作人員又打開所有逇箱子，在每一本上都蓋上了國立中央圖書館的印章。可是這又是一個月過去了，到了1941年的11月底了，工作人員把這117箱古籍善本運到了香港碼頭，等待美國來的格林特郵輪把這些書郵到美國去，可是這個郵輪在香港碼頭僅僅停了兩個小時，根本沒有時間裝貨卸貨。正當人們感到錯失良機遺憾時，傳來了一個令人驚鄂的消息，格林特郵輪行駛到菲律賓的時候被日軍擊沉了，人們感到逃過一劫的慶幸，所以這117箱古籍善本又運回到了馮平山圖書館。
可是太平洋戰爭爆發了，幾天之後日本人佔領了香港。一隊日本憲兵進駐馮平山圖書館把所有中國籍的館員全部趕走。1945年日本投降，中國人收回馮平山圖書館，可是這117箱的古籍善本一本都不見了，顯然是被日本人拿走了。就在這個時候從日本傳來一個消息，日本商務部為了度過戰後的經濟危機，想要用戰爭中掠奪來的文物到西方銀行換錢買糧食。中國政府聽說消息之後立刻成立了清理戰時文物損失委員會，簡稱“文損會”。文損會工作人員立刻提審相關人士，他們矢口否認。就在這個時候中國駐日本東京辦事處在東京帝國圖書館發現了蓋著國立中央圖書館藏書印章的中國古籍善本。文損會立刻趕到日本，在東京帝國圖書館的地下室發現了這117箱古籍善本。經過艱難的談判和斡旋，在確鑿的證據面前日本人不得已不把這117箱48000冊古籍善本還給了我們中國。
1948年這一批古籍善本和許多故宮文物一樣遷到了臺灣，這一本《永樂大典》也落戶了臺灣。新中國成立之後，黨和政府對《永樂大典》的蒐集，收購花了更大的力氣，中國國家圖書館更是不遺餘力，經過外交斡旋，前蘇聯政府分三次歸還我們64冊《永樂大典》，德國還了我們3冊。在國內也廣泛地動員，讓民間收藏者捐獻他們手中的《永樂大典》。經過過年的努力，我們國家收藏的包括臺灣在內的一共有223冊《永樂大典》，全世界範圍內有8個國家，30個單位和個人收藏的《永樂大典》總共加在一起有400餘冊。
嘉靖皇帝叫做朱厚熜，他非常喜歡《永樂大典》。嘉靖皇帝在位45年，寵信奸佞，荒淫無道，經常不理朝政。其實他之所以喜歡《永樂大典》，是因為《永樂大典》中收藏了大量的道教經典，這就引起了一個一心想當神仙的皇帝的興趣。在嘉靖三十六年，宮中起火，三大殿都燒燬了，大火危及到了文樓，嘉靖皇帝連下三道聖旨，把《永樂大典》從文樓中搶救出來。大火過後，嘉靖皇帝心有餘悸，於是決定重新抄錄一部《永樂大典》。一百多人經過六年的努力，《永樂大典》終於抄錄完成了。這樣一來《永樂大典》就有了兩個版本，永樂年間的叫做正本，嘉靖年間的叫做副本。可是嘉靖年間的副本抄錄完成之後，永樂年間的正本就不見了。現存所有的《永樂大典》沒有一本是永樂年間的，對此人們紛紛猜測，人們又這麼幾種觀點，一種觀點認為《永樂大典》被大火焚燒了，還有一種猜測是《永樂大典》藏在黃史宬的夾牆上。第三種說法就是《永樂大典》藏在了嘉靖皇帝的陵墓中。
所以現在的專家們根據以上理由都在猜測，很可能《永樂大典》的正本陪葬與嘉靖皇帝的陵墓永陵之中了。事實究竟如何呢？那就只能等待有朝一日條件具備，打開永陵，讓真相大白了。
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