自从太平军定都天京以后，西据武昌，东破清军江南江北大营，这时的形势对于太平军来说非常有利。如果不出意外，太平军将在不久后便会组织力量全力北伐，攻克中原，直捣京师。可是意外还是出了，而且是个大意外。
以洪秀全为首的太平军在取得短暂的胜利后，被冲昏了头脑，领导层滋长了享乐思想，腐败现象十分严重，更为严峻的是，他们内部出现了极大的分歧。洪秀全定都天京后，按照封建帝王的规格安排自己的生活，养尊处优，深居简出。
其时，权力最大的东王杨秀清实际掌管了最高权力，除此之外，韦昌辉、石达开等人也通过各自家族、亲属等关系结成了自己的集团，并各自控制了一部分军队。因杨秀清的势力最大，所以他的“东府”集团最为嚣张，他自诩为政府首脑、滥用权力、欺压臣属，甚至发展到借用天父下凡附体逼迫洪秀全封他为“万岁”，这件事直接导致了“天京事变”。
1856年夏季的一天，东王府里张灯结彩，鼓乐大作，正在庆祝胜利。突然，杨秀清脸色发紫，大声喊道：“天父下凡了！”全府人一听，都知道这时的东王已经是“天父”的化身了，立刻寂静下来，听候东王“天父”的指示。
这时，杨秀清慢腾腾地说：“天父在此，还不速传二兄（洪秀全）过来训话。”东府里的人马上找到了洪秀全，洪秀全闻言后急忙起来，聆听杨秀清的训话。随后，杨秀清以天父的口吻逼洪秀全封自己为万岁。在无奈之下，洪秀全只得假意答应封杨秀清为万岁，杨秀清见事已成功，满心欢喜，便以天父的口气说：“好吧，我回去了。”
洪秀全回到天王府后，心知事态严重，这无疑就是要另起炉灶公然造反。于是他急忙命在江西督战的韦昌辉、在湖北督师的石达开迅速返京。
韦昌辉对杨秀清一直以来都有不满情绪，但表面上对他却是阿谀奉承，唯命是从。即便是这样，杨秀清对韦昌辉还是不放心，重大的军事行动从来不派韦昌辉去参加，甚至在很长一段时间内把韦昌辉留在身边，时刻提防。因此，韦昌辉对杨秀清恨之入骨。
当韦昌辉接到洪秀全的密令后，立即率领3000精锐星夜返京，与已经到京的秦日纲密谋，并迅速包围了杨秀清的东王府。第二天，韦昌辉就率领士兵闯进东王府，杀死了还在睡梦中的杨秀清，与此同时，韦昌辉还捕杀了他的家属、侍从、亲兵数千人。
只一会工夫，东王府里尸横遍野，血流成河。而且，韦昌辉为报私欲，捕杀“东王党”，使天京死难者达2万余人。正在武昌前线的石达开听说杨秀清被杀，赶忙带了几个随从回到天京，当面质问韦昌辉诛杨时牵涉无辜，韦昌辉竟以奉命为由，丝毫不给石达开面子，而且，韦昌辉还对石达开动了杀心。
所幸石达开提前获知情报，及时地离开了天京，没多久，韦昌辉将率兵进入翼王府，下令杀死了石达开一家，并指挥叛军围攻天王府。
韦昌辉的屠杀和专擅跋扈与杨秀清相比有过之而无不及，这种行为激起了太平军将士的愤慨，部下纷纷离心离德，不愿当其走狗，助纣为虐。洪秀全知道韦昌辉更有野心，怕养虎为患，急令全体将士一起动手，抓获韦昌辉及其死党。
韦昌辉逃出天京后不久便被抓捕，他的心腹200余人全部处死，这才结束了韦昌辉对天京历时两而多月的恐怖统治，天京变乱终于平息。
石达开逃出天京后，即调4万人马从武昌东来，指名要韦昌辉的人头。到达宁国时，洪秀全将韦昌辉人头送上，并请石达开回京总理国事。但洪秀全在韦昌辉事件后，对石达开也存有猜疑，所以封他的二个哥哥为安王、福王，以牵制石达开。
这样的安排让石达开处处掣肘，为了避免第二次天京变乱和洪秀全的加害，石达开不得不带领数万将士离开天京出走，率部独自作战。
天京变乱和石达开出走给太平天国运动带来了致命的后果，使得整个战局出现不利的形势，太平军也因此丧失了歼灭清军的有利时机，端坐在紫禁城皇帝宝座上的咸丰终于松了一口气，大清的江山社稷暂时算是无忧了。
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