寧瑪、薩迦、葛舉、格魯、希解、覺宇、覺囊、郭扎、夏魯等數十個教派。此後，一些小教派先後融入其他教派或被迫改宗其他教派，慢慢消失於歷史長河之中，其中影響較大的共有五個教派。
寧瑪派
形成於公元11世紀，是藏傳佛教形成最早的教派，以密宗修習為主，因該派宣揚遵從先弘時期的法統，重視佛教徒匿藏的經典，所有稱為“寧瑪”（藏語意為“古舊”）。僧人戴紅色僧帽，又俗稱為“紅教”。寧瑪派創始人是素.釋迦炯乃，建有鄔巴隆寺，康區寧瑪派代表寺院為噶託寺和白玉寺。
噶當派
創建於公元11世紀中期，奠基人為顯宗大師阿底峽，主持熱振寺。主導思想是用“佛的教誨”來指導凡人接受佛理（藏語“噶”指佛語，“當”指教授），曾經對藏傳佛教各派產生深遠影響。格魯派就是在噶當派基礎上建立起來的，原噶當派僧人和寺院相繼改宗格魯派後，該教派逐漸消失。
薩迦派
創始人昆.貢卻傑佈於1073年在後藏薩迦地區建寺傳教，史稱薩迦派，又因寺院牆壁上塗有鮮豔的紅、白、灰三色條紋（代表觀音、文殊、金剛手菩薩），故稱“花教”。該派以修習“新密咒”為特點。薩迦五祖八思巴被元朝皇帝冊封為“國師”，因在元朝的藏傳佛教中佔有統治地位。康定的塔公寺和玉樹的結古寺是康區的薩迦派代表寺院。值得一提的，還有薩迦派於公元1550年在四川德格更慶寺設立了藏區及其著名的德格印經院。
塔公寺
噶舉派
創立於11世紀，重視密宗修習，以口耳相傳的密法修行為特點，故名噶舉（舉在藏語中有口耳相傳之意）。因該教派創始人瑪爾巴和米拉曰巴在修法時都穿白色僧服，故也有“白教”之稱。該派的另一個特點是分支眾多，分佈最廣，常常控有地方勢力。昌都類烏齊的查傑瑪大殿是噶舉派的主寺之一，另外貢嘎寺也是著名的噶舉派寺廟。
貢嘎寺
格魯派
公元1409年臧歷正月，宗教改革家宗咯巴在拉薩大昭寺發起祈願大會後建起甘丹寺，以嚴守戒律為主導思想的“格魯派”（格魯藏語意為善律）誕生了。它雖然是五大教派中創立最晚的一個，卻因嚴謹守律而改善了僧眾留給信徒的不良印象，得以迅速取代其他教派的地位。宗咯巴及其弟子穿戴黃色僧帽，於是有了廣為人知的“黃教”。格魯派有哲蚌寺，色拉寺、扎什倫布寺、塔爾寺、拉卜楞寺、甘丹寺等六大寺院，康區比較有名的格魯派寺院為理塘寺和石渠的色須寺
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