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一、兩者適用的條件不同
1、不起訴是指人民檢察院對公安機關偵查終結移送起訴的案件，經審查認為犯罪嫌疑人不構成犯罪或者依法不應追究其刑事責任，從而決定不向人民法院起訴的一種決定。
2、免予起訴是檢察機關對雖構成犯罪，但依法不需要判處刑罰或者可以免除刑罰的被告人作出的免予追究刑事責任的決定。
二、兩者決定的因素不同：
1、不起訴是有明確的法律規定的，只要存在法律上規定的不追究刑事責任的情形之一時，人民檢察院就應作出不起訴的決定。
2、免於起訴是人民檢察院對自己偵查終結的案件或公安機關偵查終結的案件，經審查認為被告人的行為雖已構成犯罪，但依法不需要判處刑罰或者應當免除刑罰所做的免予追究刑事責任的處理決定。
三、兩者適用的範圍、對象不同：
1、不起訴決定的適用範圍是：
《刑事訴訟法》第一百七十七條規定：
犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有本法第十六條規定的情形之一的，人民檢察院應當作出不起訴決定。 對於犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。
(1)情節顯著輕微，危害不大，不認為是犯罪的;
(2)犯罪已過追訴時效期限的;
(3)經特赦令免除刑罰的;
(4)依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的;
(5)犯罪嫌疑人死亡的;
(6)其他法律規定免予追究被告人的刑事責任的。凡是不起訴的案件.應制作不起訴決定書。
2、免予起訴僅適用於同時具備以下條件的被告人：
基礎：被告人的行為已經構成犯罪，應當負刑事責任。
（1）按照刑法規定不需要判處刑罰或者可以免除刑罰的；
（2）犯罪情節輕微的；
（3）雖然罪行較重，但有顯著悔罪、立功表現的；
（4）依法具有其他免除刑罰的特殊情況的；
（5）不判處刑罰也沒有社會危險的。
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免於起訴即法定不起訴，2018年刑事訴訟法修正案，第十六條，以下情形不予追究刑事責任：（一）情節顯著輕微，危害不大，不認為是犯罪（顯著輕）
（二）犯罪已過追訴時效期限 （過時效）
（三）經特赦令免除刑罰的（特赦）
（四）依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或撤回告訴的（告訴）。
刑法規定侮辱罪、誹謗罪、暴力干涉婚姻自由（導致被害人死亡的除外）、虐待罪（被害人無法告訴或受強制、威脅不能告訴、虐待致被害人重作死亡的除外）和侵佔罪。
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的（死掉）
（六）其他免於追究刑事責任的情形。
不起訴還包括酌定不起訴，即犯罪情節輕微，不需要處罰。
證據不足不起訴，高檢規則第四百零四條，具有下列情形之一，屬於證據不足，不符合起訴條件
（一）犯罪構成要件事實缺乏必要的證據證明
（二）據以定罪的證據存在疑問，無法查證屬實
（三）據以定罪的證據之間，證據與案件事實之間的矛盾不能合理排除的
（四）根據證據得出的結論具有其他可能性，不能排除合理懷疑的
（五）根據證據認定的案件事實不符合邏輯和經驗法則，得出的結論明顯不符合常理的
人民檢察院對於經一次退回補充偵查，證據不足不符合起訴條件，且沒有退回補充偵查必要的，可以做出不起訴決定，經兩次退回補充偵查，仍然證據不足，應當作出不起訴決定。
對於未成年人案件，可以附條件不起訴。
免於即法定情形不起訴，檢察機關沒有裁量權。
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其實這是兩部法律的不同規定，也是兩個不同的概念。具體說明如下：
一、免予起訴是1979年刑事訴訟法規定的一種刑事訴訟制度。79年刑事訴訟法第101條規定：依照刑法（79刑法）規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以免予起訴。
但是免予起訴也是在公安機關偵查終結後，公安機關向人民檢察院寫出免予起訴意見書連同案卷一併移送後，人民檢察院在審查起訴時，認為合法適當的，可以依法作出免予起訴決定。人民檢察院對其他案件認為符合法律規定免予起訴條件的，也可以作出免予起訴決定。
對免予起訴決定，如果公安機關認為有錯誤，可以要求同級檢察院複議提請上一級檢察院複核。被害人對免予起訴不服的，可以在收到決定後七日內向人民檢察院申訴，人民檢察院應當將複查結果告知被害人。
被告人對免予起訴決定不服的，同被害人權利一樣。
二、不起訴是現行刑事訴訟法規定的一種刑事訴訟制度，取消了原來的免予起訴制度。即現在學理上常說的：法定不起訴，酌定不起訴和存疑不起訴。
其實現在學理上講的酌定不起訴，就是原來刑事訴訟法規定的免予起訴制度，只不過不需要公安機關書寫不起訴意見書進行移送了。
也就是說，現在的不起訴制度包含了過去的免予起訴制度。
三、在現行刑事訴訟法的背景下，只講不起訴這樣的法律術語，不再講免予起訴這個詞。這是時代變遷與法律修訂變化的結果。我們的觀念也隨之適應新時期的法律規定和法律術語。
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根據我們國家的法律規定，免於起訴和不起訴都是撿察院在不追究當事人刑事責任時所作出來的法律決定，那麼免於起訴和不起訴的區別是什麼呢？不起訴是人民撿察院對公安機關偵查終結移送起訴的案件，經審查認為犯罪嫌疑人不構成犯罪或者依法不予追究其刑事責任，從而不向人民法院起訴的一種決定。免於起訴是撿察機關對雖以構成犯罪，但依法不需要判處刑罰或者可以免除刑罰的被告人作出免予追究刑事責任的決定。兩種行罰主要區別一句話可概括：不起訴就是當事人沒有犯罪，免於起訴就是有罪，但罪行輕微。不予追究。
