三焦是上焦、中焦是下焦的合稱，為六腑之一。由於三焦的某些具體概念不明確《難經》中曾經提出，有名而無形，之說，因而引起了後世的爭論，但對三焦的生理更能的認識是一致的，認為三焦的主要生理功能是主持諸氣、通行水道。在形態方面，目前部分學者認為三焦是發佈於胸腹腔的一個大腑，在人體的臟腑中，唯它大，故有“孤腑”之稱。
三焦的主要生理功能一是通行元氣，二為水液運行之路。
一、主持諸氣，總司全身的氣和氣化。
三焦是氣的升降出入的通道，又是氣化的場所，故有主持諸氣，總司全身氣機和氣化的功能。元氣，是人體根本的氣。元氣根於腎，通過三焦而充沛於全身，《難經》中說：三焦者，氣之所終始也，三焦者，原氣之別使也，主通行三氣，經歷五臟六腑，（三氣是指宗氣、營氣、和衛氣）。這些論述充分說明了三焦是氣的升降出入的通道，人體的氣，是通過三焦而輸布到五臟六腑，充沛於全身的。《中藏經》降三焦通行原氣的作用，作了較詳細的描述，認為三焦，總領五臟六腑、營衛經絡、內外左右上下之氣也，三焦通，則內外左右上下皆通也，其於周身灌體，和內調外，榮左養右，導上宣下，莫大於此者也。
二、為水液運行之道路
《素問、靈蘭秘典論》說：三焦者，決瀆之官，水道出焉。決，就是疏通水道。也就是說，三焦有疏通水道運行水液的作用，是水液升降出入的通路。全身的水液代謝，是由肺、脾胃和腸、腎和膀胱等許多臟腑的協同作用而完成的但必須以三焦為通道，才能正常的升降出入。如果三焦的水道不夠通利，則肺、脾、腎，等輸布調節水液的功能也難以實現其應有的生理效應。所以，又把水液代謝的協調平衡作用，稱為三焦氣化。
三焦的上述兩方面的功能是相互關聯的。
三、上焦、中焦、下焦的部位劃分及其各自的生理功能特點。
（1）上焦
上焦部位，一般將橫膈以上的胸部、包括心、肺兩髒和頭部面部，稱上焦就是《靈柩、營衛生會》中所論述的上焦出於胃上口，並咽以上，貫膈而布胸中。也有人將上肢歸於上焦。上焦的生理功能，特點是，開發、宣化。
（2）中焦
中焦的部位，是指膈以下，臍以上的腹部。但在《靈柩、營衛生會》是指整個胃，中焦所屬的臟腑，從解刨部位來說，包括脾、胃、肝、膽。在《內徑》中雖未具體指明，但後世醫家都將肝膽列為中焦。
（3）下焦
下焦的部位，一般將胃以下的部位和臟器，如小腸、大腸、腎和膀胱，等均屬於下焦。
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