贵由汗元年(1246年)，高丽停止向大元帝国岁贡。蒙古军队从蒙哥汗在位的八年时间里（1247年——1258年），曾四次进攻高丽，追使高丽王遣王子前来朝贡，并留蒙为质。元上都附近以及多伦境内的高丽坟即为这一时期高丽王国当做人质的王子，或是高丽随从死在这里的坟茔。元世祖忽必烈中统元年(126年)春，高丽国王逝世，忽必烈派兵护送高丽王子归国即位，同时宣布在高丽境内实行大赦，送还高丽俘虏及逃入辽东的民户，并禁止蒙古边将侵扰高丽，以抚高丽国民心。
（多伦县境内的高丽坟）
忽必烈视高丽为元朝的属国和进攻日本的跳板。至元五年(1268年)夏，忽必烈责令高丽新国王在高丽制造可载四千石的海船一千艘，以备元军攻打日本或南宋之需。
元朝对高丽的控制和榨取，使高丽王国上下极为不满。至元六年(1269年)八月，高丽国的林衍废掉高丽国王。
同年十月，忽必烈派头辇哥率大兵压境；封在京朝觐的高丽王世子为新国王，并派兵护送他回国平乱。同时，忽必烈派兵部侍郎里德一行出使高丽，限高丽林衍等来上都或是大都陈述废掉高丽国王的缘由，听候圣山决断。在元朝再三震慑之下，高丽都统领崔坦、李延龄等以西京(今平壤)五十余城归降高丽国王复位，并亲自朝见忽必烈
至元七年(1270年)正月，忽必烈将高丽西京改为为东宁府(后升东宁路)，划归元朝辽阳行省。同时，派头辇哥率领军队护送高丽国王父子回国，委任脱脱朵儿、焦天翼为高丽达鲁花赤(督官)。同年春，元军兵临王京(今开城)城下。此时，林衍已死，其党三别秒军首领裴仲孙等拥立王室庶族承化侯王温，退守珍岛(今南金罗道)坚持抗元。
至元八年(1271年)五月，元帝国将领忻都率兵攻占珍岛，王温等被杀。金通精退往耽罗(今济州岛)。至元十年(1273年)四月，忻都攻占耽罗，捉拿了金通精等人。元朝遂设耽罗国诏讨司，屯兵驻守。
（元帝国对高丽战争形势图）
至元十一年(1274年)五月，忽必烈将女儿忽都鲁洁丽米斯嫁给高丽王子。六月，高丽老国王逝世，王子继位。第二年，应忽必烈要求，高丽新国王改变了所有与元朝相类似的省、院台、部等官职名称，派遣二十名贵族子弟前来上都入侍元政府。
至元十七年(1280年)夏，元帝国在高丽创设驿站，加封高丽王储为开府仪同三司和行省左丞相。第二年，元朝在高丽征发军士、水手两万五千人人、战船九百艘，参加攻打日本的战争。高丽民众不堪其扰。
至元十九年(1282年)，日本侵扰高丽沿海。在高丽国王请求下，元军驻防金州。第二年，元朝正式在高丽设置征东行中书省，以高丽王与元军将领阿塔海共领行省事。至元二十一年(1284年)，忽必烈将耽罗划归高丽。
（韩国油画：蒙古对高丽的战争）
大德三年(1299年)，元成宗铁穆耳大帝命阔里吉思为高丽征东行省平章事。因阔里吉思对高丽内政横加干预，引起高丽人民的极大愤慨。1301年，元成宗被迫撤销行省建置。然而，直至元末，高丽的内政与外交均受到元朝的控制。
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