2006年10月12日，第三代CR-V在日本推出，新一代車型在外觀方面進行了再一次的全新設計，融入了時尚的設計元素，車身線條飽滿圓滑。
動力上，本田也花費了心思對第三代CR-V的發動機進行全新的調校，排量方面沒有改變，仍舊是2.0L和2.4L兩種規格。當然，海外版的2.2T柴油發動機車型依然在產。不過，全新的2.0L汽油機是以第八代思域所搭載的1.8升汽油發動機為基礎，重新擴增排氣量修改而來的，採用SOHC i-VTEC科技，最大功率150馬力，最大扭矩190牛米，但動力輸出曲線更為平滑。
而2.4升車型搭載著DOHC i-VTEC發動機，代號為K24Z1，經過重新調校，最大功率增加了10馬力，達到170馬力，最大扭矩為220牛米。變速箱方面，第三代CR-V推出了全新的6擋手動變速箱，同時5擋自動變速箱繼續使用。
2007年4月18日，東風本田把第三代CR-V帶到了中國，當時國產的第三代CR-V共計有一款2.0AT和兩款2.4AT三款車型，售價21.78-25.28萬元，當時在中國首批國產的第三代CR-V全是四驅版車型。不過新車一上市就出現了加價現象，從最初的加裝1-2萬元的裝潢，到後來的直接加3萬元現金，並且提車最長還得等待5個月，可以說一時間，第三代CR-V在國內市場引起了軒然大波。
不過讓人意外的是，雖然當時CR-V出現了加價的霸王條款，不過它的銷量卻並沒有因此下滑，從2007年到2011年，連續5年蟬聯了中國SUV市場的銷量冠軍，並且截止至2011年年底，CR-V在中國的銷量已經接近60萬臺。
在改款車型上，2008年東風本田還在國內推出了手動版和兩驅版車型，當時國產的所有手動版的CR-V全部採用的是6速手動變速器，而到了2010年，東風本田也對國產CR-V進行了一次改款，此次改款CR-V的變化較為明顯，首先車身尺寸為4575mm/1820mm/1680mm，軸距為2620mm，在長度方面比老款車型增加了45mm。
此外，在細節設計上2010款CR-V是在原有車型的基礎上將中網進氣格柵升級為雙層式鍍鉻格柵，增加了一款運動型雙五輻運動輪轂，副駕駛音頻接口，以及全新質感的裝飾面板。在安全性方面，東風本田CR-V全系標配側安全氣囊，安全級別再次提升。而動力系統和四驅系統上，2010款國產CR-V沒有發生改變。
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