乾隆末年的西北迴族反清鬥爭是由教爭引發的。回族門宦制度經過數十年的發展，至乾隆年間已在今甘寧青地區的回族、東鄉族、撒拉族中確立起來。門宦制度不僅強化了回族的宗教力量，而且對回族社會具有極大的聚合與整合作用。門宦不斷擴大自己的宗教輻射和管理範圍，這當中自然存在著各教派、各門宦之間的競爭。因此，新的社會變化導致了複雜的矛盾。
在門宦的形成過程中，西北許多有志於宗教的回民千里跋涉， 赴西亞阿拉伯各地學習伊斯蘭教理論，也有人從來華的阿拉伯聖徒那裡受業。他們學成之後，即於西北傳教。就這改變了原來回族中格迪木一統天下的局面，而造成學說各異、教派紛呈的狀態。 新的教義吸引了眾多的回民，信奉者不斷增加，傳教者受到頂禮崇拜，門宦便因此而建立。
在較早建立的門宦中，以馬來遲創建的花寺門宦勢力最大。馬來遲於阿拉伯遊學歸國，在甘肅、青海傳播虎夫耶教義，及至其晚年，已有教眾二十餘萬。花寺門宦勢力的發展引起了老教的不滿。乾隆十二年(1747年)，格迪木回民馬應煥向官府控告馬來遲“邪教惑眾”。這是較早見於記載的教爭。回族內部的紛爭不會輕易訴諸官府，因此實際存在的教爭恐早於這個時間。
官府一向不注意回族事務，對教爭問題一無所知，幾經查詢，結論為：“事因鬥毆，並非邪教”，令“前開後開各遵祖教，遇有喪事不許一起延請兩造唸經，致滋事端”。同時上諭中明示不許另立“邪教”，聚眾仇殺，若一旦發現，即要：“早折其萌芽，痛除邪妄以靖地方”。官府這種貌以公允的裁斷當然不能解決教爭問題，上諭中的虛聲恫嚇亦無補於事。以後的教爭繼續發展，直至發展為大規模的械鬥。
乾隆九年(1744年)，階州回民馬明心從阿拉伯朝覲歸國，提出：“敬主贊聖”，反對聚斂財富、教主血緣世襲等主張，被稱為新教。但當時河州、狄道一帶門宦林立，馬明心難以在此立足，遂於乾隆二十六年(1761年)赴循化地區傳教。他得到循化一些富有的阿訇和地主的支持，“入其教者，皆有周濟”，教徒迅速增加，“附之者愈眾，更盛於馬來遲之教”。二十七年，馬來遲之子馬國寶向循化廳指控馬明心所傳為“邪教”。馬明心後來雖然被迫離開了循化，但他的教派在這一地區仍然不斷髮展。教爭的問題繼續存在。
教爭本回族內部的矛盾。然而，回族早已被納入大一統中央政權範圍，即清廷多次在詔令中所說：“伊既為國家編氓，即為國家赤子”。所以，清代前期，朝廷對回族的寬容政策是以回族做國家的“編氓”為前提的。也就是說，回族只能在清王朝統治秩序內活動。而教爭的發展必然要超越這種統治秩序。這就引起了官府對回族的注意和插手回族事務。
在花寺門宦與哲赫忍耶的教爭中， 官府曾致力於把他們隔離開，以免攏亂統治秩序，令雙方“各行其 事”，同時各選鄉約管理回族事務。這反映了官府企圖把宗教勢力與回族社會政治分開，扼止門宦勢力向回族社會政治生活中的擴展。門宦與官府統治的矛盾早已在循化地區表現了出來。循化撒拉族本由土司管理，隨著門宦勢力在這裡發展，大部分撒拉族成員被納入門宦組織體系，土司對居民的統治被動搖了。
雍正七年 (1729年)，土司韓炳向官府呈文說：“撒拉地廣人稠，回民桀驁不馴，微末土目，委難約束，請設兵駐防，以期安貼。”次年，清政府設循化營，駐兵五百於草灘壩。乾隆二十七年(1762年)又設循化廳。川陝總督嶽鍾琪奏請給土司韓炳、韓大用千戶封號，認為這樣：“則不法回民既畏營員，又見韓炳等系奉旨設立之土職，自必共相警惕，將來編查戶口、輸納糧錢等事，亦易辦理”。這說明土司與官府的統治的密切關係，門宦與土司統治的矛盾正是門宦與清政府統治矛盾的具體表現。因此，教爭矛盾和回族與清政府統治的矛盾緊密相關。教爭的升級終於導致回族與官府矛盾的尖銳並起而反清。
乾隆四十六年(1781年)，甘肅循化廳(今屬青海)爆發了蘇四十三領導的回族、撒拉族起義。蘇四十三，祖籍河州(今臨夏)，其祖父遷居循化街子工，其父親又遷至查家工的節列莊。循化是撒拉族的聚居區，全廳十二工(基層政權單位)撒拉族居地佔九工。
撒拉族原奉行河州人馬來遲傳下來的教派，即“花寺門宦”(官書中 稱之為“老教”)。乾隆二十六年(1761年)後，哲赫忍耶教派(官書 中稱之為“新教”)傳入撒拉族地區，發展相當迅速，在循化的十二個工中，有九個工改奉該教派。老教人心中不甘。次年，馬明心和馬來遲之子馬國寶在循化相遇，爭執起來，告到官廳。經地方官判決，將二人一併驅逐出境。
馬明心遂返回安定官川一帶傳教。然而，新教在循化地區繼續傳播。新舊兩派之間的爭鬥不斷，愈演愈 烈，發生多次仇殺事件。乾隆三十四年(1769年)，新舊兩派又向官廳互控，官廳對雙方的首事人都判了罪，而對新教人判得特別 重，其首領賀麻路乎被打了一頓，上了枷發配到烏魯木齊作兵丁的奴僕。
這種不公平的判決，進一步激起了新教人對清朝地方官的憤恨。賀麻路乎被髮配後，新教之眾乃擁蘇四十三為首領，並有清水工富戶韓二個相助，勢力不斷髮展。乾隆三十八年(1773年)九月，清水工河東莊又有韓個牙等二十戶老教人改從新教。
老教人赴廳控告，途遇新教人，發生爭鬥，新教一人被殺。同知張春芳依當地慣例(以鬥毆來判)，斷以老教人賠償死者的命價。未結此案， 十一月間又發生韓二個率新教人入河東莊殺老教四人。同知僅對 韓二個判以罰款結了案。這種教爭在循化地區延續了二十年，終未解決。兩派之間的爭鬥仍在進行且擴大。
乾隆四十五年(1780 年)九月，兩派教爭激化，各執器械，相互廝殺，傷亡多人。十二月， 蘇四十三在韓二個家宰牛宰羊，宴會教派諸人，令其準備器械，約定採取大的行動。次年正月，蘇四十三、韓二個率新教千餘人攻入清水工河東莊，抓獲“尕戶長”韓三十八等十八人，逼令歸順，韓不從，遂被亂刀砍殺，餘眾皆降。“蘇四十三戴大紅頂，自稱回王，韓二個以下皆藍白頂，立旗號”。從正月至三月，兩派鬥爭不絕於日，後來，韓三十八之妻到蘭州總督府喊冤，遊擊胡松阿差弁帶兵前去鎮壓，禁止不住，急忙敕書蘭州，清同知洪彬速歸。當三月初洪彬歸署時，局勢已經到了不可收拾的地步。
三月七日，洪彬帶領文武前去查家溝鎮壓。老教人見官兵來， 畏而避之，新教人不畏懼，紛紛射箭抵抗。其時，老教韓哈拉勿(韓三十八之侄)赴蘭州總督府喊冤控告。於是，總督勒爾謹派蘭州知府楊士璣赴循查辦。隨後接循化廳稟告，又派河州協副將新柱會同彈壓辦理。十八日，新柱先至循化。新教數人偽充老教前來迎接。新柱不辨真偽，便聲稱：“我一定為你們老教作主，盡洗新教!” 而這位副將只帶了40個兵。
蘇四十三聽罷此言，憤恨之極，反清決心遂定。當夜新柱住在白莊塘，蘇四十三等在相去不遠的張哈 莊做好舉事準備。入夜不久，蘇四十三率教眾千餘人，手執器械， 包圍白莊塘，衝入公館。新柱在駐地並不設防，連士兵用的軍事器械在騾馬身上還沒有卸下來。蘇四十三很容易地衝入內室，殺死了新柱，盡殲清兵。楊士璣住在稍遠的奇台堡，第二天黎明，蘇四十三率眾趕到。楊士璣已知新柱被殺的消息，作好了防禦準備。 奈何手下僅有士兵百十來人，力量單薄。中午時分，堡子被攻破， 楊士璣被逮殺於庭院中，其部下守備、外委等多人被殲滅。起義軍用繳獲的騾馬器械武裝了自己。
舉事後，新教的勢力很快壯大到數千人，在蘇四十三率領下， 向河州進發。勒爾謹聞變，急忙調兵遣將，並親率標兵馳赴河州。 當他行至沙泥驛時，起義軍已在四月二十一日將州城攻陷。知州周植死。蘇四十三偵知總督在狄道，省城空虛，又聞馬明心被官府拘往蘭州，乃調頭東進，在洪濟橋、唐汪川等處回族、東鄉族支持下扎筏渡過洮河，直撲蘭州，擊敗防守的八百清軍。
二十五日佔領西關。隨即切斷浮橋，以拒河西敵人援軍，從西、南兩面將蘭州圍起。朝廷聽說河州失陷，蘭州被圍，急諭西安提督馬彪帶兵三千往剿， 並令西安將軍伍彌泰、寧夏將軍莽鵠齎各選精兵預備往剿。乾隆皇帝又命大學士阿桂、尚書和珅赴甘肅督軍。回民軍接連攻城，擊斃敵都司、把總、外委等多名。
二十七日，他們再次猛攻西門，要求釋放馬明心。此時蘭州只有標兵八百，不足守衛。甘肅布政使王 廷贊使用“緩兵之計”，押馬明心登城勸諭教眾罷兵。蘇四十三等見馬明心在城頭，揮淚如雨，皆跪拜誦《卯路經》。馬明心俯首向城外的教眾用撒拉語講了一陣話，隨即將所戴頭巾取下擲向教眾。 王廷贊見狀愕然，急忙把馬明心殺掉。蘇四十三等怒不可遏，攻城益急。不久，固原鎮總兵圖欽保率兵趕到，經過一場激戰，蘇四十三率軍退至龍尾、華林二山據守。接著，欽差大臣阿桂、戶部尚書和珅、超勇侯海蘭察、西安將軍伍彌泰、陝西提督馬彪等率領的萬餘名清軍相繼到甘。同時，清政府又施用“以賊制賊”的惡毒手段， “曉諭舊教之人，赦其互相爭殺之罪，作為前驅，令其殺賊自效”，妄 圖利用教爭矛盾，以老教勢力鎮壓新教。
蘇四十三作戰勇敢，然而缺乏謀略。他攻下河州後，沒有留人防守;打到蘭州後，也沒有派人與老教聯繫，因而被敵人鑽了空子。 5月間，西寧總兵貢楚達爾帶領漢、土官兵由循化一帶截斷了起義軍的歸路，並收復了河州。起義軍的眷屬三百多人有的被殺，有的被充軍新疆伊犁。
後來，起義軍撤出龍尾山，集中於華林山。他們居高臨下，屢挫清軍。平番(今永登)連城土司魯璠率三百兵士乘筏渡河來犯， 遭到殲滅，僅魯璠一人逃跑。甘州提督仁和帶兵駐河對岸的金城關，因懼怕起義軍，作“壁上觀”，不敢出兵接應。四月十九日，固原總兵圖欽保率遊擊王三傑等仰攻華林山，也被擊斃，部卒死亡990人。“官兵萬餘，皆營於城東，與賊遼隔，屢衂挫銳，每夜輒驚擾”。
清軍屢敗，乾隆大怒。逮勒爾謹至京，以李侍堯接管陝甘總督事宜。李未至任所之前，由阿桂暫行兼管。不久，朝廷又召回了和珅。阿桂首先整頓了鬆弛的軍紀，又在各處山樑上增設了卡柵，責令各卡加強彼此接應。朝廷又從四川金川屯調來番兵一千，從阿拉善調來能騎善射的蒙古兵七百，準備圍攻華林山。
五月間，阿桂率清兵奪取了起義軍的一些大卡和據險之路，並斷其汲水之道。起義軍水源絕，糧草漸少，進行突圍，未能實現。 六月阿桂乘天下大雨，起義軍疏於防守，派兵對華林山發動突然襲擊。清軍在海蘭察、明亮、額赤特等帶領下，填平溝壕，衝上山峰。 經過激戰，起義軍失利。蘇四十三等領導人犧牲，死傷二千人。餘部二百多人在韓裡提卜、小木撒帶領下，退入華林寺“抵死抗拒”。 清軍連攻不下。七月五日，阿桂帶清軍至華林寺，沿牆攻撲，遭到反抗。次日，阿桂命清兵放火焚寺，起義軍被燒死多人。所餘百餘人越西牆強行突圍，被清軍“擒殺淨盡”，“無一漏網”。
蘇四十三領導的回族、撒拉族起義，歷時四個月，在清統治者的殘酷鎮壓下，終於失敗。
蘇四十三起義失敗後，清政府大發淫威，對回族、撒拉族人民採取極其野蠻的壓制手段。安定、伏羌、河州、官川、唐汪川、洪濟橋等地參加起義的回民，多被殺害。參加起義的撒拉族人，凡男子全部殺掉，婦女送到伊犁給兵丁作奴僕。他們的房屋和田產被當作“逆產”沒收。對回民的宗教活動嚴加限制：將新教清真寺一概拆毀，不準老教人添建清真寺;不得在禮拜寺內聚禮;不許留外來回民學經、教經和居住。每個鄉設鄉約，具結擔保不發生違反禁令的事。同時，為了加強武力和防止回民的反抗再起，朝廷將陝西提督遷至固原，將固原總兵遷到河州，並在循化廳增駐參將一員、兵八百，在太子寺(今廣河縣)設州判，以分防稽查。
清廷採取如此嚴厲的措施，滿以為“足資彈壓”回民的反抗。 然而，事與願違，他們這些倒行逆施，不但沒能壓制住回族人民的反抗鬥爭，相反地更激化了回族與清統治者的矛盾。
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