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1937年12月13日，日軍攻佔南京，並開始在南京實施大規模屠殺。大規模的屠殺行動一直持續到 1938年2月，在南京遇難的軍民超過30萬人。南京大屠殺是第二次世界大戰中最殘酷的戰爭暴行之一，有人說：“相比於奧斯維辛集中營的反人類指數，南京大屠殺完全是有過之而無不及的”。
在南京大屠殺中，日本軍隊無視國際戰爭法，對手無寸鐵的市民實行無差別屠殺，燒殺搶掠的行為令人髮指。後來就連諾貝爾文學獎獲得者大江健三郎、三島由紀夫和村上春樹等人都寫文章譴責南京大屠殺。二戰結束後，日軍戰犯因為大屠殺的罪行受到遠東國際軍事法庭的審判，華中方面軍司令官、大屠殺縱容者松井石根被判處死刑。
侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館
日軍為何如此無視人類的倫理法則，發動如此殘暴的大屠殺呢？
第一，從日軍的整體戰略來說，當時日軍並沒有想到戰爭會持續這麼長，所以也沒有準備足夠多的後勤補給。日軍當時認為攻佔南京之後戰爭大體就可以結束了，接下來就應該談判了。可是國民政府遷都重慶，意味著戰爭還遠沒有結束。
日軍第十軍參謀池谷半二郎說：“那些期待著只要攻下南京城就會簽訂城下之約的想法過於幼稚了，希望已經隨風而去。”其實在日軍還沒有進入南京城時補給已經消耗殆盡了。
而日軍採取的對應措施是“儘量利用現地物資”。就地解決後勤物資短缺問題的現象在近代戰爭中比較常見，特別是在戰線特別長的情況下。比如1812年拿破崙在遠征俄羅斯的時候，也是派專門負責的軍官在當地徵收物資。可是俄國人實行焦土政策，拿破崙軍隊的後勤就出現了嚴重問題，導致了法軍的戰敗。
當時中日已經爆發全面戰爭，民族仇恨已經到了相當嚴重的地步。（瞭解更多抗日戰爭，請穿越到《為何抗戰四年才對日宣戰》）
更何況南京市民在日軍到來之前遭受了日軍飛機近四個月的空襲，對日軍只有仇恨。再加上國民政府和市政府已經撤離南京，日軍想要徵收物資只有靠武力解決了，所以日軍將領不會去約束部下搶劫以補充物資甚至屠殺平民。
在後來的太平洋戰爭中，物資短缺的問題也困擾著日軍。1942年的巴丹死亡行軍導致大量戰俘死亡，也是因為日軍沒有足夠的物資供應戰俘，以至於大量美國和菲律賓士兵在行軍途中餓死和病死。
戰犯松井石根在遠東國際軍事法庭受審
第二，從華中方面軍司令官松井石根的角度來講，他的故意放縱和急於“建功”的心態是這場大屠殺發生的主要原因之一。松井石根在1935年就退出現役，編入了預備役。抗日戰爭全面爆發後，日軍才把年近六十的他重新召回軍中。
這個時候的任命無疑讓年事已高的他受寵若驚。松井石根還是一個“大亞細亞主義”的鼓吹者，主張亞洲團結對抗歐美，不過目的還是為侵略中國找到一個好聽一點的說辭。
因此，松井石根在加入淞滬戰場之後就迫不及待地想要進攻中國當時的首都南京，讓中國儘快放棄抵抗，想在自己最後的軍旅生涯中添上“濃墨重彩”的一筆。
第三，從日軍士兵的角度來講，就像上文已經提到的那樣，日軍並沒有打持久戰的準備。很多日軍士兵也認為這不過是一個時間短暫的軍事行動，有些師團的士兵被告知佔領上海後就可以回國，而有些士兵正是要回國的時候被調到前線來的。
南京陷落之後，國民政府準備遷都再戰，這就意味著戰爭的結束就遙遙無期了。對戰爭結束期限預期的落空，加重了侵略的殘暴。
第四，日軍士兵的行為也和他們在軍中所受的訓練還有地域有關係。日軍士兵在軍中一直以來都是受軍國主義思想的影響，上級訓斥下級時也多采用暴力手段，崇尚武士道精神，所以對殺害平民並沒有覺得罪惡，反而覺得光榮。
日本歷史上，九州一直是優質兵員的來源地。在南京大屠殺犯下累累罪行的第六師團和第十八師團就是組建於日本九州。所以來自九州的部隊戰鬥力比較強，而且他們還有一句自吹的話：“天下日本兵第一，日本九州兵第一。” 明治維新之後日本唯一的一次內戰——1877年的西南戰爭，就是西鄉隆盛以九州的士兵為主力反對明治政府的戰爭。
以組建於九州熊本縣的第六師團為例，熊本經濟比較貧窮，不如東京和大阪富裕，而且有好勇鬥狠的民風，很多人選擇從軍。
雖然都是一等師團，但是由於第六師團來自貧困地區，受到軍部的歧視，供應和配給往往不如其他一等師團。這也意味著他們在戰爭中更容易做出滅絕人性的事情。
1928年第六師團就在濟南製造過慘案，濟南近八千人傷亡，十七名外交人員被日軍虐殺。第六師團是日軍部隊中最先攻入南京的，師團長谷壽夫也受到了松井石根的獎賞，可是也是這個第六師團在南京大屠殺中犯下了最多的罪行。谷壽夫在1947年被南京軍事法庭判處死刑，在南京雨花臺被執行槍決。
放眼人類歷史，多數侵略性戰爭的入侵者都試圖用殘暴的手段和方式來推進侵略的進程並鞏固侵略成果，但是在實際上卻往往適得其反。
歷代評價：
我們是在同一個危險的敵人作戰，那個敵人既不投降也不接受戰敗的現實。日軍在巴丹死亡行軍、南京大屠殺和偷襲珍珠港時何曾考慮過道德？
——曾在廣島投下原子彈的美軍轟炸機機組成員西奧多·範·科克
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