元順帝逃往漠北後，在洪武三年(1370)死於應昌(今內蒙多倫縣東北)。又過了幾代，蒙古貴族由於內部紛爭，便分裂為韃靼、瓦剌和兀良哈三部。韃靼居住在現在蘇聯貝加爾湖以南和蒙古人民共和國的大部分地區，瓦刺部聚居於今蒙古人民共和國西部和準噶爾盆地一帶;而兀良哈部則在今老哈河(在內蒙)和遼河流城一帶。其中以韃靼部最為強盛.三部之間經常互相仇殺，也不時侵擾明帝國的邊境。朱元璋對蒙古族的勢力始終爾取努力通好，積極防禦的政策。所以明朝初年，從嘉峪關起，沿著長城進人遼東至鴨綠江一線，先後建立了九個邊防重鎮，它們是:遼東(今遼寧遼陽)、宣府(今河北宣化)、大同、延綏(今陝西綏德。該鎮於成化七年移至榆林)和稍後建立起來的寧夏(在銀川)、甘肅(在張掖)、薊州(今河北薊縣)及太原、固原等，即所謂九邊。九個軍事要塞都有許多軍隊駐防。九邊之外，還在長城以北建立大寧衛、開平衛(在今內蒙多倫縣境)、東勝衛(在今呼和浩特東南)三個外圍軍事重鎮，聲勢相聯，互為犄角，邊防鞏固。
明朝九邊圖
明成祖朱棣在“靖難之役”中，曾藉助兀良哈部的朵顏三衛的蒙古騎兵，大功告成之後，就把大寧衛送給兀良哈三衛，作為答謝。大寧一齊，開平和東勝失去聲援，後來也不得不內遷，而九邊中的宣府、大同，薊州便首當其衝。並且，原來大寧與遼東、宜、大是鼎是而立，互為聲援;如今大寧一奔,則遼東與宜、大隔絕，失去了有機的聯繫。因此，即使在遷都北京之後，永樂朝的邊防形勢較之洪武朝還是有所削弱。
明成祖繼承了朱元璋對待蒙古貴族的政策。他一面與之修好，封蒙古部落酋長為王，賜予金銀，布帛，糧食等物品，爭取相安無事，另一方面，如果蒙古貴族進行侵擾，則堅決給予打擊。他還利用蒙古族部落之間的矛盾，抉弱抑強，使他們彼此互相牽制，以減少對明帝國的威脅。
本雅失裡
永樂七年(1409)，韃靼可汗本雅失裡殺死明朝的使臣郭驥，這個事件便成了戰爭的導火線。明成祖派淇國公邱福為大將，率兵十萬進行征討。邱福輕敵妄進，全軍覆沒於臚朐河(今蒙古人民共和國境內克魯倫河)●敗訊傳來，朱棣大怒，決定親事大軍出征。
永樂八年(1410)，明成祖率五十萬大軍北征。斡難河(今蘇聯境內鄂嫩河)之役， 本雅失裡慘敗，盡棄輜重孳畜，僅率七騎逃奔瓦刺部。韃靼經這一次大敗，便降服了明朝，每年嚮明朝進貢馬匹。明朝也給予優厚的賞賜，其部臣阿魯臺還接受明朝給他的和寧王的封號。
韃靼敗後，瓦剌部漸盛。瓦刺的順寧王馬哈木襲殺本雅失裡，並一再聲稱要進攻韃靼。阿魯臺多次請求明成祖出兵攻打瓦刺，為其故主本雅失裡報仇。同時，瓦刺也不斷要挾明朝厚賞，安想佔有明朝的寧夏、甘肅地區，屯兵邊境，躍躍欲試。面臨瓦刺部挑釁性的囂張氣焰，明成祖就在永樂十二年(1414)再次率兵親征，在忽蘭忽失溫(今蒙 古人民共和國烏蘭巴托)大敗瓦刺。第二年，瓦刺嚮明朝貢馬謝罪。後來，瓦剌部又被韃靼部打敗，瓦剌的力量從此衰落下去,明朝也就減少一個方面的威脅。
但是，韃靶部在明朝幫他打敗瓦刺後，經過數年的恢復， 日漸強盛起來，於是，阿魯臺重又反叛明朝，與其部眾時時出沒塞下，騷擾劫掠。明成祖準備再次親征，召集廷臣商議。戶部尚書夏原吉、兵部尚書方賓等人都以為頻年用兵，戎馬資儲喪失不少，今糧儲不足，內外俱疲，不宜興師。的確，明朝在幾次對蒙古的戰爭中，耗費了大量的人力物力，以第三次出征為例，僅運輸糧草一項，就用驢子三十四萬匹，車十七萬七千五百多輛，民夫二十三萬五千多人，共運載糧食三十七萬石。但是，明成祖還是決意親征，以打擊韃膽的侵擾活動。經過幾個月的準備之後，他於永樂二十年(1422)三月，第三次出師塞北，阿魯臺戰敗潰逃。這以後，明成祖又在永樂二十一年(1423)二十二年(1424)進行第四次、第五次北征阿魯臺。就在第五次北征的歸途中，朱棣病死於榆木川(今內蒙多倫西北)
明成祖五次千里出師，遠征漠北，雖然耗費了大量的人力物力，不過，這在當時也有效地防禦和打擊了蒙古貴族的侵擾破壞，有力地保障邊境的安全，促進社會經濟的恢復和發展，也進一步鞏固中央王朝的統治地位。
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