广明元年秋，黄巢率军60万从容地从采石渡江，再渡淮水，进入河南，直向东都洛阳挺进。十一月，起义军攻破洛阳，兵指潼关。十二月，皇帝逃奔成都，黄巢率大军进入长安，居民夹道聚观。大将尚让向居民宣告：
“黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐”。黄巢进入长安后称帝，国号大齐，年号金统，任命尚让为宰相，诗人皮日休为翰林学士，派遣朱温驻守同州，拱卫长安。又规定唐朝官吏三品以上者停职，四品以下者留任。
农民政权在长安的正式建立，标志着起义军取得了巨大胜利。起义军长期以来只是流动作战没有建设根据地的计划，这种流寇主义使黄巢义军仅在长安呆了不到二年半的光景。流动作战在-定时期之内是合理的和必要的，它使义军处于主动地位，可是义军在进军长安途中，仍是得地不守，甚至连东都洛阳也轻易放弃，结果进入长安后，外地重新被唐王朝和藩镇占据，长安变成一座孤城。此时，起义军又株守一地，不向四周发展，以致所控制的地区仅限于长安附近。
起义军对生产及运输也无所筹划，几十万大军云集长安，没有兵饷，米价涨到每斗3万文。超过平常米价几百倍。起义军也不乘胜向四川方面追击彻底消灭唐朝中央政府，使之得以喘息。唐僖宗则在四川命令各藩镇攻击起义军。从前各藩镇同唐朝中央有矛盾，不听从唐朝中央的约束；现在各藩镇为了对付起义军，则纷纷接受唐僖宗的命令，从四面包围长安。
唐僖宗又请来沙陀族李克用凶悍善战的骑兵队。起义军四面受敌，在这关键时刻，中和二年,镇守同州的朱温又投降唐朝，从内部瓦解了起义军的战斗力。由此种种原因，到中和三年，黄巢只得退出长安，经兰田东走河南。在河南，黄巢又犯了一个战略错误，领兵攻打陈州300天，失掉了及时向有利地区转移的机会，唐王朝却赢得了集中兵力的时间。
结果黄巢未能攻下陈州，反在中牟县被李克用击败，损失惨重。黄巢败走山东时部众丧亡殆尽，终于在泰山狼虎谷（在今山东莱芜境）自刎而死，时在中和四年夏。至此，轰轰烈烈的大起义失败了。黄巢大起义虽然失败了，但对社会历史的发展起了巨大的推动作用。这次起义沉重地打击了地主阶级，彻底摧毁了士族地主势力，改变了上地高度集中占有的局面。诗人韦庄在《秦妇吟》里说，“黄巢进入长安后，一时“天街踏尽公卿骨”。
就是说，许多来不及逃走的大官僚贵族，都被起义军镇压了。士族地主势力以及门阀制度、门阀观念在中国封建历史上的衰微，是黄巢起义的结果，也是唐末农民起义的伟大功绩。这次起义从根本上动摇了唐王朝的统治。起义军从几千人发展到几十万人，横扫大半个中国，占领了唐王朝的统治中心长安，这给唐王朝的打击是致命的。黄巢起义失败后，唐王朝已名存实亡，表面上存在了23年，实际上只是空名，全然不能管领藩镇，政令不出长安。
最后，唐皇被宣武节度使朱温所制。公元907年，朱温废掉唐昭宗李晔，自立为帝，国号梁，唐朝灭亡。这次起义中农民领袖官号的称谓，反映了农民阶级的均平思想，如王仙芝自称“天补平均大将军”，黄巢自称“冲天太保均平大将军”，均平思想是当时封建社会的产物，表明了农民阶级对土地高度集中和贫富不均的社会现象极度不满。均平思想对封建社会中被压迫阶级的影响极大，宋代农民起义就明确提出了“均贫富“的口号。
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