臺灣總督府，是甲午戰爭後，1895年日本設置的統治臺灣的機構，最初總督只限於陸海軍大將或中將擔任，全權管理民政、軍政和軍令，1918年開始廢除武官總督制，開始任命文官為總督，另設臺灣軍司令一職管理軍隊。在這期間，日本的基本方針是鎮壓臺灣人民的反抗，採取同化政策，把日本的習俗和法制滲透到臺灣居民中間去，另一方面，使臺灣成為日本資本主義的殖民地，使之成為一個製糖中心並保證供給日本的大米、樟腦、木材等，不允許臺灣居民請願成立議會。1945年日本戰敗，該機構廢除。
臺灣總督府歷任總督：
樺山資紀（1837年12月9日－1922年2月8日），薩摩藩出身，日本海軍大將。1890年任第一屆松方正義內閣海軍大臣，因造艦預算遭議會否決而發表蠻勇演說，被解職退為預備役。甲午戰爭前恢復現役為軍令部長，組建聯合艦隊向北洋艦隊主動出擊，並親臨戰場督戰。1895年5月10日被任為第一任臺灣總督。
樺山資紀對臺灣各族人民掀起的反侵略抗爭極為仇視，先後請派兩個師團，到臺灣作戰，最後將孤立無援的臺灣抗日民眾鎮壓。1896年3月31日，日本政府頒佈“臺灣總督府條例”，4月1日，臺灣廢除軍政，復歸民政，同時以“關於施行於臺灣之法令的法律”確立臺灣總督的委任立法制，並依此設置臺灣總督府評議會，5月，總督府以律令第1號公佈“臺灣總督府法院條例”，臺灣法院分設地方法院、覆審法院、高等法院三級制，建立臺灣的司法制度。
桂太郎（1848年1月4日-1913年10月10日），長州藩出身，日本近代政治家，軍事家，日本陸軍大將，日本九元老之一。長州閥領袖山縣有朋的掌門弟子，在山縣有朋隱退後成為其代言人，三次出任內閣首相。任內締結英日同盟，進行日俄戰爭，並策劃吞併朝鮮。是日本有史以來任職時間最長的首相，他與山縣有朋一樣反對政黨政治，主張藩閥統治，但後來也出面組建自己的政黨。這一時期因為桂太郎與西園寺公望輪流登臺組閣而被稱為“桂園時期”。
桂太郎在任僅四個月，臺灣事務實際由民政局長水野遵主持。
乃木希典（1849年12月25日-1912年9月13日），長州藩藩士出身，日本陸軍大將。因日俄戰爭攻克旅順口成名，在二戰前被多數日本人奉為“軍神”。是對外侵略擴張政策的忠實推行者。
乃木希典為鎮壓臺灣人民的反抗，大力推行"以臺治臺"策略，頒佈了《臺灣紳章規則》、《土匪歸順政策》等法規，但由於臺灣各界的抵制，乃木的陰謀未能得逞。因臺灣各地的抗日鬥爭波濤洶湧，使駐臺日軍窮於應付。這讓乃木對日本在臺灣的統治前景感到灰心失望，他認為，臺灣對日本的作用不大，日本侵佔臺灣的幾年內不僅在經濟上分文未得，而且臺灣人民的反抗讓日軍死傷慘重。因此，他產生了一個念頭：將臺灣賣出去。此後，他多次向國內軍政要員提出出售臺灣的建議，但終因兒玉源太郎反對而計劃流產。
兒玉源太郎（1852年4月14日-1906年7月23日），長州藩出身，日本近代政治家，日本陸軍大將。被譽為明治時期第一智將，因特別注重軍事力量和經濟力量的良性循環，被稱為豐臣秀吉再世。日俄戰爭的滿洲軍總參謀長，攻克旅順口的實際指揮者，與桂太郎和川上操六並稱明治陸軍三羽烏。日本統治中國臺灣的最大功臣，穿著軍服的政治家。滿鐵的實際創立者。
兒玉源太郎在臺灣推行了一系列新的殖民措施：在軍事上，他殘酷鎮壓臺灣民眾，實行保甲制度，推行連坐法。但另一方面，兒玉又採取"皮鞭之外"加"糖"的懷柔政策。對老百姓喜歡的陋習吸鴉片，從清肅改為放寬至"專賣"，又搞"饗老典"的敬老活動，"揚文會"重視讀書經商精英的表彰活動等。在經濟上，兒玉實行食鹽、樟腦、菸酒、鴉片等專賣制度，大肆剝削臺灣民眾。後又頒佈《臺灣地籍規則》、《土地調查規則》，組織大批人馬對全臺土地重新進行丈量。通過這次丈量，臺灣耕地面積比原來多了一倍，日本對臺灣的土地稅收入也因此翻番。兒玉在臺灣任期長達8年多，幾乎是歷任總督中最長的。1904年日俄戰爭爆發後，兒玉源太郎雖仍兼任臺灣總督，但已回軍部任職，與他同時上任的民政長官後藤新平成為臺灣實際的統治者。日本政界評價兒玉後藤開創了一個時代，奠定了臺灣殖民統治的基礎。
佐久間左馬太（1844年11月19日 - 1915年8月5日），長州藩出身，日本陸軍大將。因為佐久間曾經參與對遠征臺灣的牡丹社事件，日本遂決定啟用他接替即將擔任滿洲軍參謀總長的兒玉源太郎為第5任臺灣總督。
佐久間左馬太在後藤新平的幫助下，積極鎮壓臺灣民眾，不斷對原住民用兵，其有名的"五年理蕃計畫"，以北討泰雅族，南撫布農族為原則。擴張隘勇線，且架設高壓電鐵絲網、埋設觸發性地雷及電氣地雷以圍堵蕃界。更親自督軍討伐大嵙崁、北勢番、馬利可宛、奇那濟、太魯閣諸蕃。在行政方面，他於1909年將全島二十廳政區併合為十二廳，並以其面積及財經地位之輕重分為三等級，其中臺北、臺中、臺南為一等廳，新竹、嘉義、阿猴（屏東）為二等廳，其餘宜蘭、桃園、南投、臺東、花蓮港、澎湖均為三等廳。佐久間為蒐括臺灣資源，積極進行產業開發，大肆擴建基隆港與高雄港，闢建阿里山森林鐵道以利林木之採伐和運輸。此外，他更加快殖民，期望增加日人比率以有效控制本島。
安東貞美（1853年10月20日-1932年8月29日），飯田藩出身，日本陸軍大將。1915年5月1日任第6任臺灣總督。
任內，成功鎮壓西來庵事件。開發太平山、八仙山，及宜蘭、屏東線鐵路，並主持編修《臺灣列紳傳》。
明石元二郎（1864年9月1日-1919年10月26日），福岡縣人，日本陸軍大將，天才的特工王者。日俄戰爭期間資助發動俄國1905年革命，將俄國腹地鬧的天翻地覆，被稱為一人可抵十個師團的人物。同時他也是臺灣日據時期十九位臺灣總督中唯一葬在臺灣的一位。
任內，接受政客杉山茂丸建言：日本內地人統治臺灣的第一要義就是要將雙方立於平等地位。歷任十九位總督中，應是比較"愛臺灣"的一位，在短短一年又四個月的任期內，推動多項建設，政績確屬斐然。
田健治郎（1855年3月25日-1930年11月16日），日本兵庫縣人，政治家。"西門子事件"後，田健治郎作為推翻第1次山本權兵衛內閣的中心人物之一，與老東家政友會發生尖銳對立，但是經過第2次大隈重信內閣後，與政友會的關係得以改善，並充當了原敬和山縣有朋之間的仲裁人。1919年10月29日，被原敬內閣委任為臺灣總督，成為日佔臺灣時期第一位文官總督。這是基於原敬反對臺灣總督為軍人所壟斷，而山縣有朋相應作出的妥協。任內致力於臺灣的法制整備和文民統治，以此來鞏固日本在臺灣的殖民統治。
任內，致力於臺灣的法制整備和文民統治，以此來鞏固日本在臺灣的殖民統治。他以"內地延長主義"為施政方針，標榜"內臺融合"、"一視同仁"，完成許多重大改革，如改革地方制度為五州二廳、以"法三號"取代"三一法"、廢止笞刑、實行日臺共學制度及"內臺共婚法"、獎勵日語、修建嘉南大圳、設立臺灣總督府中央研究所，對臺灣經濟文化事業有所建樹。在"內臺一體"的方針下，實行消除"內臺差別"的融合政策，實質上就是推行殖民同化政策，壓制臺灣愛國知識分子的廢除六三法的民主要求，禁止成立臺灣議會期成同盟會，並一手炮製御用諮詢機構臺灣總督府評議會，鎮壓臺灣議會請願運動。
內田嘉吉（1866年10月12日-1933年1月3日），江戶人(今東京都)，第9任臺灣總督。
任內發生壓迫臺灣議會設置運動，檢舉臺灣議會期成同盟會會員，引起治警事件。
伊澤多喜男（1869年11月24日-1949年8月13日），日本長野縣人，第10任臺灣總督。
伊澤多喜男喊出“臺灣統治之對象非十五萬之（日本）內地人，而為三百數十萬之本島住民”，讓臺灣之菁英與智識份子頗為期待。任內，成立臺灣青果株式會社，推展香蕉的外銷；1925年10月，林本源製糖會社因甘蔗收購價格苛刻而與蔗農衝突，引發二林事件；1926年6月28日簡吉、趙港在鳳山成立全島農民組合；東部鐵路全線開通；為“蓬萊米”命名。
上山滿之進（1869年-1938年），日本山口縣人，第11任臺灣總督。
任內發生臺灣銀行事件、創設臺北帝國大學、臺中不敬事件，後來因朝鮮青年趙明河行刺訪臺的久邇宮邦彥王之臺中不敬事件而引咎辭職。
川村竹治（1871年7月17日-1955年9月8日），日本官僚，政治家。歷任南滿洲鐵道社長、第12任臺灣總督。
任內大事：桃園大圳開工，宜蘭大濁水溪治水工事動工，日月潭電力事業再建資金籌款雖順，但受總督交接影響而停工。設置高等警察，以取締過激思想。1928年12月4日臺灣革命青年團林文騰等11人以違反治安維持法被判刑，恢復臺灣總督府史料編纂會，其後完成《臺灣史料稿本》等重要資料。
石冢英藏（1866年-1942年），日本福島縣人，第13任臺灣總督。因為任內發生震驚國際的霧社事件，引咎辭職。
太田政弘（1871年-1951），日本山形縣人，第14任臺灣總督。
任內大事：霧社事件後，新立蕃地管理制度，諭示官員要以"德與愛"來治理，但因強行將原住民遷移至川中島（清流部落）而引發第二次的衝突，同時亦著手發展山地交通，改善原住民生活環境；總督府總務長官計三次更迭，分別為高橋守雄、木下信、平冢廣義等，頻繁變動人事；1931年2月18日臺灣民眾黨第四屆代表大會被警察下令禁止結社活動；決定臺北市區都市計劃；設置臺北廣播電臺。
南弘（1869年11月13日-1946年2月8日），日本富山縣人，著名政治家。第15任臺灣總督，為任期最短的總督，來臺就任不到三個月，便因內閣改組，辭職回東京擔任遞信大臣。
中川健藏（1875年-?），日本新潟縣人，第16任臺灣總督，最後一任文官總督。
小林躋造（1877年-1962年），日本廣島縣人，日本海軍大將，元帥海軍大將加藤友三郎外甥。
小林躋造以皇民化、工業化、南進基地化三原則統治臺灣。任內大事：1936年11月設官民合營的臺灣拓殖株式會社，主要在開發未墾土地，移民日本人至臺灣，協助日人在南支、南洋的拓殖事業，發展工業，並對廈門、海南島等日本佔領地於行政方面積極配合;強力推動皇民化運動，強制廢止臺灣報紙的漢文欄；獎勵臺灣人改日本姓名；禁止歌仔戲、布袋戲；廢止臺灣陰曆年習俗，但臺灣照過，日本人乃訂陰曆初一起五日內為勞動服務周，積極去臺灣文化；強制參拜神社；實施管制米穀輸出；關閉中央研究所；設熱帶醫學研究所；建農業試驗場；新高港築港開工；建基隆港船塢；設立國家公園。
長谷川清（1883年5月7日-1970年7月2日），日本福井縣人，日本海軍大將。作為侵華日軍的急先鋒，其率領的海軍以及海航部隊參加過淞滬會戰、江陰海戰、南京保衛戰等一系列戰役，並且開啟了臭名昭著的"無差別轟炸"戰例。
任內緩和前任總督小林躋造的宗教政策，組成皇民奉公會；強化初等普通教育義務化；設置臺北帝國大學預科；1942年4月1日實施陸軍特別志願兵制度；1943年8月實施海軍特別志願軍制度；1944年實施徵兵制。
安藤利吉（1884年4月3日-1946年4月19日），日本宮城縣人，日本陸軍大將，第19任（最後一任）臺灣總督。
1941年至1944年12月先後出任日軍臺灣軍司令官和臺灣總督。日本投降後，1945年10月25日，在臺北市舉行臺灣日軍投降儀式上，安藤利吉向中國受降官鞠躬繳械、簽字蓋章，從而結束了甲午戰爭以來日本對臺灣50年殖民統治的歷史。
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