歷史角度
1.日本和菲律賓的人口歷史上差異巨大。在明治元年（1868年）日本人口估計為3千萬以上，而日本於1940年人口普查的結果73,114,308人，二戰後日本人口很快破億，最高時達到約1.3億。整體來看日本人口增長比較穩定，增長曲線比較平緩。這從側面反映出日本發展成熟較早，經濟社會相對穩定。
而菲律賓的人口增長則完全是另外一幅場景：菲政府1960年初次普查人口時，菲律賓僅有人口2700萬左右，低於日本1868年的水平（相差約百年）。但菲律賓人口增長率一直較高，50多年後的今天已經破億，把菲律賓過去的半個世紀稱之為人口爆炸毫不為過。這也從側面反映出菲律賓整體開發較晚，社會成熟度較低。
雖然現在日本和菲律賓的人口比較接近，但這只是近幾年的事情，歷史上絕大部分時期兩國人口差距十分懸殊。所以兩國的社會及經濟發展程度也不能同日而語。
日菲兩國的人口增長曲線對比
2.日本社會文明發展較菲律賓更早更成熟。在第一次工業革命之前，世界各國人口主要取決於農業文明發展程度。受中華文明影響，日本農業文明發展相對較早，精耕細作的農業文明可以養活遠比遊牧、狩獵、採集文明更多的人口。如果不是因為日本境內多山少平原的地理環境限制，恐怕日本多雨溼潤的海洋性氣候還會養育更多的人口（其實反觀古代中國即可）。在“黑船事件”發生之前，數百年較為成熟的農業文明和相對穩定的社會制度讓日本已基本達到農業文明發展的最高點。後來的明治維新則將西方文化與科技大量引入，猛烈撞擊著古老的農業文明並取代其主要地位。科技文明的進步讓日本更上一層樓，物質文明得到更大豐富，從而可以養育更多人口。醫學衛生的發達則讓人們的壽命得到大大延長。
反觀菲律賓的文明發展起點就非常低，約公元12世紀，菲律賓才有了部落聯盟性質的政權，菲律賓歷史上僅沿海地區有相對成熟的農業及手工業文明（與同時期的日本不可同日而語），菲律賓大部分地區的人們長時間過著刀耕火種、狩獵採集的較原始生活。16世紀初麥哲倫死於他挑起的部落衝突時，菲律賓的農業文明程度依然較低。後來菲律賓依次淪為西班牙、美國、日本的殖民地，歷史上基本沒有形成一個獨立、統一的國家。在長期的被殖民歷史中，菲律賓不僅沒有很好地發展自己的民族文化，甚至連自己的文字都丟失了，成為了一個有本民族語言卻沒有本民族文字的國家。而且由於殖民者的干預，菲律賓也沒形成屬於自己的農業文明和工業文明。菲律賓獨立後，菲律賓雖然人口大爆發，但貪汙腐敗內鬥不斷的政府也沒能帶領國家走向一條富強之路。
地理角度
1.兩國經緯度差異較大：菲律賓緯度較低，處在熱帶地區，被茂密的原始森林覆蓋。物種極為豐富，便於狩獵和採集。而日本緯度較高，處於溫帶，雖然森林覆蓋率也很高，但物種豐富程度遠不如地處熱帶的菲律賓，狩獵和採集無法滿足人們的需求，但非常適合農業文明發展。因經緯度差異，兩地走上了完全不同的文明發展模式。
2.兩國島群構成差異較大：日本由本州、四國、九州及北海道四島組成，其中以本州島為主體，四國和九州距本州島也非常近，雖然稍偏遠的北海道因氣候寒冷等原因長時間未納入日本勢力範圍，但日本因相對簡單和近距離的群島構成容易形成統一而集中的文明。反觀菲律賓群島則不僅島嶼眾多，而且沒有主體島嶼，容易形成分散而不同的文明，從而難以凝聚人力、物力發展更高級的社會文明，長期停留在原始部落文明階段。
3.兩國與大陸的距離差異較大：日本與大陸之間的距離較短，對馬海峽最窄處僅41.6公里。而菲律賓與臺灣島之間的巴士海峽平均寬度約370千米，而臺灣海峽最窄處約130千米。與大陸之間距離的巨大差異，導致大陸文明的傳入程度也差異巨大。
早在秦漢時期（約公元前3世紀）中華文明就已經開始影響日本，日本學習中華文化在隋唐時期達到高峰。整個古代日本社會的快速發展與中華文明的帶動有很大關係，而這主要是因為日本與大陸的距離並不十分遙遠。
反觀菲律賓，則由於離大陸文明太過遙遠，導致當地文明很難被先進文明帶動發展。公元前300-公元1500年間，現代菲律賓人的祖先馬來人分3批從東南亞地區來到該地，但文明水平非常低。雖然沿海地區零星接收到來自印度和中國的文明影響，但由於距離太過遙遠這種影響非常有限。直到15世紀末16世紀初隨著大航海時代的到來，西班牙人的殖民統治才讓菲律賓部分地區收到西方先進文明的直接影響。但殖民者出於自身考慮，更願意讓菲律賓成為一個廉價原料、人力提供地，各種干預使得菲律賓無法真正健康發展本國文明。
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