历史角度
1.日本和菲律宾的人口历史上差异巨大。在明治元年（1868年）日本人口估计为3千万以上，而日本于1940年人口普查的结果73,114,308人，二战后日本人口很快破亿，最高时达到约1.3亿。整体来看日本人口增长比较稳定，增长曲线比较平缓。这从侧面反映出日本发展成熟较早，经济社会相对稳定。
而菲律宾的人口增长则完全是另外一幅场景：菲政府1960年初次普查人口时，菲律宾仅有人口2700万左右，低于日本1868年的水平（相差约百年）。但菲律宾人口增长率一直较高，50多年后的今天已经破亿，把菲律宾过去的半个世纪称之为人口爆炸毫不为过。这也从侧面反映出菲律宾整体开发较晚，社会成熟度较低。
虽然现在日本和菲律宾的人口比较接近，但这只是近几年的事情，历史上绝大部分时期两国人口差距十分悬殊。所以两国的社会及经济发展程度也不能同日而语。
日菲两国的人口增长曲线对比
2.日本社会文明发展较菲律宾更早更成熟。在第一次工业革命之前，世界各国人口主要取决于农业文明发展程度。受中华文明影响，日本农业文明发展相对较早，精耕细作的农业文明可以养活远比游牧、狩猎、采集文明更多的人口。如果不是因为日本境内多山少平原的地理环境限制，恐怕日本多雨湿润的海洋性气候还会养育更多的人口（其实反观古代中国即可）。在“黑船事件”发生之前，数百年较为成熟的农业文明和相对稳定的社会制度让日本已基本达到农业文明发展的最高点。后来的明治维新则将西方文化与科技大量引入，猛烈撞击着古老的农业文明并取代其主要地位。科技文明的进步让日本更上一层楼，物质文明得到更大丰富，从而可以养育更多人口。医学卫生的发达则让人们的寿命得到大大延长。
反观菲律宾的文明发展起点就非常低，约公元12世纪，菲律宾才有了部落联盟性质的政权，菲律宾历史上仅沿海地区有相对成熟的农业及手工业文明（与同时期的日本不可同日而语），菲律宾大部分地区的人们长时间过着刀耕火种、狩猎采集的较原始生活。16世纪初麦哲伦死于他挑起的部落冲突时，菲律宾的农业文明程度依然较低。后来菲律宾依次沦为西班牙、美国、日本的殖民地，历史上基本没有形成一个独立、统一的国家。在长期的被殖民历史中，菲律宾不仅没有很好地发展自己的民族文化，甚至连自己的文字都丢失了，成为了一个有本民族语言却没有本民族文字的国家。而且由于殖民者的干预，菲律宾也没形成属于自己的农业文明和工业文明。菲律宾独立后，菲律宾虽然人口大爆发，但贪污腐败内斗不断的政府也没能带领国家走向一条富强之路。
地理角度
1.两国经纬度差异较大：菲律宾纬度较低，处在热带地区，被茂密的原始森林覆盖。物种极为丰富，便于狩猎和采集。而日本纬度较高，处于温带，虽然森林覆盖率也很高，但物种丰富程度远不如地处热带的菲律宾，狩猎和采集无法满足人们的需求，但非常适合农业文明发展。因经纬度差异，两地走上了完全不同的文明发展模式。
2.两国岛群构成差异较大：日本由本州、四国、九州及北海道四岛组成，其中以本州岛为主体，四国和九州距本州岛也非常近，虽然稍偏远的北海道因气候寒冷等原因长时间未纳入日本势力范围，但日本因相对简单和近距离的群岛构成容易形成统一而集中的文明。反观菲律宾群岛则不仅岛屿众多，而且没有主体岛屿，容易形成分散而不同的文明，从而难以凝聚人力、物力发展更高级的社会文明，长期停留在原始部落文明阶段。
3.两国与大陆的距离差异较大：日本与大陆之间的距离较短，对马海峡最窄处仅41.6公里。而菲律宾与台湾岛之间的巴士海峡平均宽度约370千米，而台湾海峡最窄处约130千米。与大陆之间距离的巨大差异，导致大陆文明的传入程度也差异巨大。
早在秦汉时期（约公元前3世纪）中华文明就已经开始影响日本，日本学习中华文化在隋唐时期达到高峰。整个古代日本社会的快速发展与中华文明的带动有很大关系，而这主要是因为日本与大陆的距离并不十分遥远。
反观菲律宾，则由于离大陆文明太过遥远，导致当地文明很难被先进文明带动发展。公元前300-公元1500年间，现代菲律宾人的祖先马来人分3批从东南亚地区来到该地，但文明水平非常低。虽然沿海地区零星接收到来自印度和中国的文明影响，但由于距离太过遥远这种影响非常有限。直到15世纪末16世纪初随着大航海时代的到来，西班牙人的殖民统治才让菲律宾部分地区收到西方先进文明的直接影响。但殖民者出于自身考虑，更愿意让菲律宾成为一个廉价原料、人力提供地，各种干预使得菲律宾无法真正健康发展本国文明。
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