從源頭上看，中醫有岐黃學派和神農學派之分。《黃帝內經》是岐黃醫學的代表，其大旨言天地之至理，論生命的緣由根本，講治身奉生之大道，強調治病之大藥就在人身、人心。
《神農本草經》是神農醫學的代表，講得天地所偏之氣的藥物，性味各有不同，所謂治療，是以藥物性味之偏矯正病人身體陰陽之偏。
仲景天縱奇才，將岐黃醫學與神農醫學相結合，採《黃帝內經》之理，融《神農本草經》之藥物，治驗於人身，“撰用《素問》《九卷》《八十一難》《陰陽大論》《胎臚藥錄》”。《傷寒論》中三陰三陽理論體系源於《黃帝內經》，《傷寒論》中主要方劑則源於神農派的《伊尹湯液》，如晉代皇甫謐《針灸甲乙經·序》所言： “伊尹以元聖之才，撰用《神農本草》以為《湯液》。仲景論廣伊尹《湯液》為數十卷，用之多驗。”
《黃帝內經》為中醫之源、之本。《黃帝內經》分上、下兩卷，上卷《素問》，下卷《靈樞》。《內經》言理，罕言方治，《內經》所言之理，乃治身奉生之至理，為生命根本之道。生命本於天，起於天道而終於人道，天道、地道、人道皆備於人之一身。
《內經》前九篇尤詳言天人之相應、生氣之通天、生理之規律、病理之變化，生命之一切皆依乎天地之理而變動。
生命的特徵為功能氣化，功能氣化有體系、規律和表達即成結構，人誠之以有氣化結構理論。人形質與功能兼備，有形質則成解剖結構，有功能氣化則成氣化結構，二者可分不可離，互為根本，共成一體。氣化結構是生命狀態下特有的結構，其不離解剖形質而又超越解剖形質，氣化結構的複雜性、廣泛性、根本性遠遠超越解剖結構。
只有在生命的框架下，從功能氣化的角度出發，才能明瞭天人合一、天人相應，才能覺悟“通天下一氣耳”，也只有從功能氣化的角度看人體、看生命才是中醫。 中醫研究的對象是生命，生命根於天，依乎天地模式而變動，一氣流轉而分陰陽，四象、五行、六節乃陰陽兩分三分而成天道、地道、人道不同的體現。醫聖張仲景借用三陰三陽以經緯疾病之分類與診治，然《傷寒論》言方證、言治者多而言理者少，由於仲景在書中未對三陰三陽以及諸方證治法的根據、背景、由來進行解釋，以至後世醫家迷茫於中醫之生理病理，多淪陷為“但見一證便是”的臨床工匠。
後世醫家喜治而不喜明理久已，更有甚者，提出廢《內經》而獨尊《傷寒論》，或廢醫存藥，豈知理之不明，用焉能準確與變通。“夫自古通天者生之本”，
《內經》認識到人生理之機要、病理之變化皆在於人氣本天、通天、應天，如《素問·病能論》所言：“上經者，言氣之通天也；下經者，言病之變化也。”言氣之本天、通天、應天者，指天地與人同構，乃一氣之周流，人氣之升降沉浮隨天運而變動；言病之變化者，人妄作，與天地不能同步而失偏。至於治病，乃糾偏之道，復與天地準而精神歸於道一是也。
對醫者而言，首先要明經絡臟腑乃天地之氣所化，經絡臟腑的根本屬性為天地之性，天地立，其後才可定陰陽之性，陰陽之性明，方能知氣機升降沉浮之要，然後才有髒氣、經氣流轉模式的不同，在此指導下才可討論人生理之規律、病理之變化，才可言治而為中醫。
《黃帝內經》言理不言治，然其中有大治；《傷寒雜病論》言治不言理，其中藏至理。二者一體一用，互證互信，不可分割。
然從《內經》到《傷寒論》，已從源到流矣，從以天地為本，到以陰陽為統；從以天觀人，到以人觀天；從詳言針術，以人身為大藥，到假借藥物，以外調身。藥物治人似愈確鑿，實離道本彌遠矣。
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