在日本著名漫畫家中，岸本是出了名的挖坑不填，這導致火影在完結的時候，依然存在著許多未解之謎。
1.千手一族是如何消失的？
千手一族和宇智波一族是亂世時期的兩大家族，雙方是對立關係。亂世之戰最終以千手一族獲勝而告終，宇智波一族屈居千手一族之下，雙方合作建立了木葉。
然而千手一族卻在短短一代人的時間裡突然消失了，二代死後，千手一族完全不存在了。這個曾經的最強忍者家族到底經歷了什麼？劇情裡沒有絲毫提及……
2.溼骨林的仙人模式是什麼樣？
火影中期設計了三個仙人，是蛤蟆仙人、白蛇仙人、蛞蝓仙人，分別住在妙木山、龍地洞、溼骨林。妙木山和龍地洞都有仙人模式，鳴人和藥師兜都學過。
唯獨溼骨林的仙人模式還沒人學過，有人猜測初代或者綱手學會了溼骨林仙人模式，但也僅僅是猜測，沒有任何官方證據。
3.斑為什麼不需要眼睛就能使用須佐能乎？
在公式書的設定中，須佐能乎是寄宿在寫輪眼裡的力量，必須有眼睛才能發動，可是不知道是岸本畫錯了還是怎樣，宇智波斑竟然在沒有眼睛的情況下用了須佐能乎。
當時斑剛剛恢復人類之軀，他的兩隻眼睛都沒有了，卻在面對九隻尾獸時使出了須佐能乎，不知道這是不是設定上的變更？還是單純的作畫失誤？
4.初代到底給了佐助一個什麼術？
在第四次忍界大戰後期，宇智波斑奪走了初代的力量，變得難以擊敗。這時候初代喊住了佐助，說自己要交給他一個術，這個術可以剋制宇智波斑。
很多人以為這個術將成為擊敗斑的關鍵，實際上卻並非如此，這個術一直都沒有用過，岸本好像忘了自己設計過這段劇情一樣，這個術到底是什麼術、有什麼效果，又成了個謎團。
5.日向天忍到底是什麼人？
在火影早期中忍考試的時候，日向族長看著日向寧次使出了八卦六十四掌和迴天，暗忖日向天忍的血統或許就流傳在寧次的身上。
這是"日向天忍"第一次出現在劇情中，也是唯一一次，此後再未提過。網上有很多關於日向天忍的謠言，都是瞎編的，我們仍未知道日向天忍在岸本的設計中到底是什麼樣的人。
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