1399年—1402年，經過四年的靖難之役，燕王朱棣奪了侄兒建文帝的皇權，自稱“明成祖”，改年號“永樂”。這顯然是要擔當有“奪嫡”和“篡位”罪名的。名正言順的皇帝在世並且出逃了，無疑對朱棣的帝位是個很大的威脅。
朱棣一方面為了安穩人心，發建文帝已死的詔書，另一方面暗地裡根據傳言中的蛛絲馬跡去到處苦苦尋覓，於是就引出了很多明察暗訪建文帝的故事。例如“闔宮自焚”。《太宗實錄》記載了，朱棣率兵到重川門時，諸王和文武大臣們都來朝見，建文帝本來是想出去迎接的，可是回望四周，人人皆散，只有幾個內侍而已，嘆息道：“我有什麼臉面見他？”於是就關上了宮門，放火自焚。永樂年間的《實錄》以及清代修編的《明史》也都重複了這種說法。
但《明史·恭閔帝本紀》中卻記載：“都城陷宮中火起，帝不知所終，燕王遣中史出帝后屍於火中，越八日壬申葬之。”這讓人懷疑：“不知所終”，又怎能辨認出那被火燒焦的屍體是否是建文帝呢？那正是烈日酷暑的時節，若能辨認屍體，為何還要停屍8日呢？若是辨認不了了，停屍那麼多天又有什麼用呢？
總之，建文帝沒死的種種傳說就這樣傳播開來了。有說法稱他是從地道或御溝之中逃出去了；也有的說他削髮扮成和尚模樣，藏到了某個寺院中；還有的說法稱，他化裝後南逃，一直在海外飄流。
明成祖為尋找建文帝下了好大的大氣力。他曾經派親信拿著御製詔書，在尋訪仙人張三丰的名義下，行遍天下州郡鄉邑，21年暗地察訪。又派太監鄭和六下西洋尋找，也達28年之久，真可謂用心良苦。
經查《國榷》、《明通鑑》、《罪惟錄》、以及《建文朝野彙編》、《明史紀事本末》等書，後人找到了建文出亡的蹤跡：他由松陵人滇南、後西遊重慶、再轉入祥符，僑居西粵幾年，又到荊楚之鄉，行程有數千餘里之遙，可以說是“滇桂巴蜀黔，處處藏建文”。
但令人難解的是有些人還假冒過建文帝，更使得真相變得撲朔迷離、真假難辨。明王鰲《震澤紀聞》裡就記載這麼一段奇事：在正統年間，一御史外出巡察時，路上遇到一位老僧，他當道而立。不管左右怎麼呵斥，他都穩然不動。御史不得不親自詢問，哪知他宣稱自己是“建文帝”。
從成祖到英宗，歷時已經三十幾年，皇帝就換了3個，建文帝還能健在嗎？有點不足為信。御史不敢貿然行事，稟報了朝廷，把他送到北京，老僧吟詩：
流落江南四十秋，歸來白髮已盈頭。
乾坤有恨家何在？江漢無情水自流。
長樂宮中雲氣散，朝元閣上雨聲愁。
新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。
英宗把大臣招來，誰也無法說出他是真還是假。後來英宗又叫老太監吳亮來辨認，他曾伺候過建文帝，吳亮一露臉，老僧說：
“你不就是吳亮麼？”
“我哪裡是什麼吳亮？”吳亮否認道。
老僧從容地笑說：“那一年我在便殿裡吃仔鵝，把一塊鵝肉掉到地上，你當時手提茶壺，趴在地上，用嘴把鵝肉叼起來，難道你忘了？還敢說你不是吳亮？”
話音剛落，吳亮撲通跪到老和尚膝前，泣不成聲了。可是奇怪，當晚上吳亮回家，不聲不響地上吊死了。是自縊，還是他殺？沒有人能說不清楚。
可是這老僧卻在宮裡安然度過他最後的生命，死之後葬在了北京的西山，號稱“天下大師”。傳言有人曾經在頤和園後的紅山上找到了“前明天下大師之墓”的墓碑，還有人發現在雲南省武定的獅山佛寺塑造的“明天下大師像”的照片，圖注：“天下大師者，明建文帝也”，彷彿真有其事。
中央電視臺1991年播放了一段新聞：“對史學界長期爭論不休的明建文帝的下落問題，上海史學工作者徐作生經過一年考證後認為，當年建文帝出亡後，曾藏於江蘇吳縣黿山普濟寺內，不久，轉移到穹窿山皇駕庵直到1423年病歿於此，葬皇駕庵後的小山坡上。”500多年來，一直懸而未決的建文帝失蹤之謎，算是最終有了較準確的答案。同時，也為另一個謎團提供了答案即三保太監鄭和第六次下西洋後就停止了，因為明成祖知道建文帝已經死了，才放下心來。任何訪察都沒有必要了。
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