SherryJr
琴酒作為黑衣組織裡最勤奮的成員，一直以來觀眾對他的印象都是努力工作的冷酷男子，對黑衣組織有著絕對忠誠，任何妨礙組織前進的老鼠都會毫不留情的清理掉。但就是這樣一個忠誠的組織成員，在滿是臥底的組織裡，也難免會被說出有臥底嫌疑的時候。
如果琴酒真的是臥底，那麼在以往的主線故事中，就容易看出有些矛盾但是在這種假設下能得到驗證的地方，比如：
在第一回登場時，喂工藤新一吃aptx4869，看上去則是在救工藤新一，在此之前伏特加已經提議過直接用槍幹掉工藤新一，但被琴酒攔下，並且選擇用藥“殺死”工藤新一，結果就是工藤新一身體縮小活了下來。
在第二次則是在《接觸黑色組織》，琴酒和伏特加包圍柯南，柯南情急之下躲在儲物櫃裡，琴酒和伏特加檢查了柯南所在的一整扇儲物櫃，當琴酒找到柯南所在的儲物櫃並且打開一半時突然選擇放棄，並且說一個大人也不可能躲在這小小的儲物櫃中，柯南才撿回一條命。這個細節還是很讓人懷疑琴酒有臥底嫌疑的。
那麼在琴酒是臥底的前提下，這種做法自然就說的過去，那故事的發展就有可能朝著這樣發展，琴酒那麼賣力的為組織辦事，並且心狠手辣的除掉組織的臥底，目的也就是消除會妨礙自己臥底工作的人員，畢竟臥底之間沒有信息共享，誰都有可能是臥底，又或者是boss的心腹，直接除掉是最安全的，像皮斯科這種成員琴酒能毫不留情的殺掉，而想殺灰原哀則是因為她製造的藥對人危害太大，所以也要想著法子殺掉。
要是以琴酒為臥底假設下結局，很可能就是會這樣，大決戰的時候，琴酒沒有參與正面對決，而是單獨找到了boss並活捉。
當然，這種結局也不是沒有可能，但可能性非常小，而且琴酒本身的設定是忠於組織，很難想象全是臥底和雜魚的組織能存活那麼長時間。
泡麵菌
琴酒是臥底，結局就近乎完美。
琴酒形象
琴酒的任務是負責組織的安全，專門剷除臥底與反水的人，同時進行組織間的交易，塑造的形象是心狠手辣，殺人不眨眼的冷血動物，不會對人付諸感情。
如果琴酒是臥底 （請開啟假設下的腦洞）
當他們進行交易時，新一在後面尾隨時其實已經察覺到了，本來是打算就這樣讓新一將消息傳遞出去也倒是個不錯的辦法，所以就任意其跟蹤，可是無奈身邊的蠢傢伙也察覺到了就讓琴酒用消音槍將新一滅口，那怎麼辦呢？既不能暴露自己的身份又不能殺害新一，因為琴酒知道新一這名偵探要在半個世紀前就與組織產生了密不可分的關係了，無論如何也是不可以殺掉的，就在他一籌莫展準備淘槍時摸到了一個盒子，對了，還有最後一個辦法，沒辦法，只能這樣了，APTX4869，腦中浮現出了那個冷豔高貴的女子所說的話：“這個是一種新型的毒藥，它殺人於無形，不過近期發現了一個特殊功能，就是如果有人服下之後也可能讓人的身體縮小，變為小時候的模樣，但是記憶、智力……不會有任何影響的”。
琴酒想：“沒辦法了，我只能死馬當活馬醫了，而且我相信雪莉一定會盡快調製出解藥的”。
所以在新一被灌下APTX4869後，醒來之後就一切都發生了改變。
新一變為了柯南，新一將事情的經過告訴了阿笠博士，博士為了不讓人察覺，就謊稱這個小孩子是自己家的親戚，同時就其委託給小蘭，博士與柯南一個利用技術，一個利用推理能力，開啟了接下來的長時間的尋找並剷除黑衣組織的計劃。
後來遇到了同樣服用APTX4869後變小的灰原哀。
結局
琴酒憑藉老闆對自己的信任，成功見到了幕後大boss的真面目，並且也瞭解到了這個組織的真正目的，在確保一切準備就緒後，琴酒與FBI單線聯繫，成功搗毀這個神秘的組織。此時，大家才知道琴酒真正的身份，他說出了真相，然後急忙去找雪莉，那個唯一讓自己動情而又不敢用情的女子，他要告訴她真相，他要解除誤會。
琴酒與雪莉
琴酒：“雪莉，我回來了，我終於可以親口告訴你真相了”。
雪莉：“那又怎樣，你為了保護自己的臥底身份，將我唯一的親人給殺害了，你認為你現在道歉還有用嗎？行了，你什麼都別說了，我們今後再無任何關係”。
琴酒：“不，你真的誤會了，你姐姐明美還活著，你應該瞭解我的，以我的個性殺人肯定會直接斃命，怎麼可能還會給她留機會跟柯南說話呢？我當時沒辦法只能開槍，不過並不會致命”。
其實，所有的臥底都是壞人，真正的BOSS是一好人。BOSS潛心研究多年，有了很多驚人的成果，但是這些成果由於太危險，各國都派間諜接近BOSS想要竊取成果。但是BOSS一直都把秘密保護的很好，然後這群間諜為了不讓別人得到BOSS的成果，他們開始拉幫結派互相廝殺，同時各國也同時安排明面上的政府力量介入。大家心照不宣都說自己是在打擊黑惡勢力，實際上各懷鬼胎。
後來某天，某個叫工藤新一的人被琴酒看上了，琴酒將工藤新一用藥物變小，並且暗中保護，希望工藤新一能夠接觸到BOSS的最大研究成果。後來發現原本是盟友的某個研究藥物的間諜把自己變小混到了BOSS身邊，所以他一直想要殺死灰原哀，因為她也是一個間諜。
……
很多年後，阿笠博士發明了時光機。
未來因為時光機的出現發生了世界大戰，但是時光機的製造技術已經在阿笠博士製造出時光機後就銷燬了，並且阿笠博士也死於戰爭中。
各國為了找回時光機的製造技術，派遣了很多間諜回到阿笠博士發明時光機之前，想要在阿笠博士發明出時光機後搶到技術同時殺掉其他競爭對手。
這些間諜偽造身份進入各國情報機構警察機構等等，就是為了隱瞞身份不被其他對手發現。
最終，柯南洞悉一切，保護了阿笠博士，也保護了時光機的技術文件。最終由未來島國政府(劇情上應該屬於正義一方)安排的毛利小五郎獲得了技術文件。毛利小五郎進入日本的時間遠遠早於其他人，他在日本娶妻生子安家落戶佈局了幾十年……
多年以後，日本很多企業利用保存好的文件發明了民用時光機技術，還配套了機器人用於服務大眾。世界上各國再沒有爆發戰爭。
某年，一個姓野比的男子買了一個最新款機器貓帶著萬能口袋坐著抽屜回到了他爺爺那裡，準備幫助他爺爺度過悲慘的童年……
九樓僱傭軍
確實有可能，而且整個黑衣組織可能都是臥底。
我的猜測是這樣的，日本政府早年應該是開設了某個研究藥物的科學中心，而為了保護科學中心的秘密研究資料派去了很多特工進行保護，但是後面因為某種原因技術取消，為了防止資料外洩只好把參與實驗的人全部殺死。這些特工為了保命拼死跑了出來，也就是現在黑衣組織的科恩、琴酒、基爾、卡爾瓦多斯、伏特加、龍舌蘭、匹斯可等人。
隨後他們為了復仇，繼續研究藥物，並且靠自己的能力在日本政界、金融界、科學界發展了自己的勢力，成為了一個大型的全球犯罪集團，所以那麼多年過去美國聯邦調查局（FBI）和中央情報局（CIA）都查不出這個組織成員的信息，因為他們本身就是屬於消失在世界的人。
這樣想想你們覺不覺得也是有可能的，黑衣組織的人物一個個都精通槍械，能力超凡，而且他們很有組織性和紀律性不是一般的犯罪集團所能比的。這也體現了他們曾經受過專業的訓練，在作案現場從來沒有過證據。
當然這都是猜測啦，大家就當做笑話看看就好，嘻嘻！
紳士動漫社
首先這個腦洞是好的，但是看了其他回答的分析，我想說這種猜測是沒有任何根據的。
琴酒是酒廠裡最不可能成為二五仔的人了。而且雖然我們經常調侃酒廠都是臥底，仔細想想其實臥底也不是特別多。
琴酒概述
琴酒是在第一集就出場的人物，也是最早就設定的酒廠的反派，讓新一變成柯南的人。心思縝密，冷血無情。
若是臥底，早可以和新一取得聯繫，而他選擇的是用APTX4869不留痕跡的除掉他。（琴酒不知道A藥極小概率能使人變小，他當時認為A藥是能致死且查不出死亡原因，為免除麻煩所以用了A藥而沒有使用槍殺）
琴酒的職責
琴酒的任務是負責組織的安全，專門消滅組織內的敵人及剷除叛徒和暴露身份的組織成員。有時還負責重要的交易和營救暗殺任務，可謂是組織內勞模。
我的觀點就是，若這麼重要的位置被一個臥底所佔據，那麼這樣的組織怎麼可能影響如此之廣，危害如此之大。
以至於FBI（赤井秀一）CIA（水無憐奈及其父親）日本公安（安室透以及蘇格蘭威士忌死於秀一之手）早早便潛伏進了酒廠。同時也排除了酒廠屬於美日政府的可能。
琴酒的所作所為分析
我們再看看琴酒都做了什麼。
把新一變成柯南（本意想殺死新一），並在TV1中被新一形容為“好像殺了許多人卻毫不在乎的樣子”。殺死了宮野明美（小哀的姐姐），對組織的叛徒和組織的敵人毫不留情，即使對自己也能狠下心來。在TV178，自稱“從來不去記已經殺掉的人的臉和名字”（那你倒是忘了小哀啊混蛋！忘記新一到是忘得挺快）。
而且琴酒的槍技領導組織能力還在其次，最可怕的是他的頭腦，與柯南的交手從未吃虧，甚至多次生擒柯南。在TV178中被柯南的麻醉針射中，果斷對自己右臂開槍以保持清醒，險些將柯南抓住。殺了劇中很多的關鍵人物，如宮野明美、皮斯科、愛爾蘭等。如此對組織敵人冷血無情的人，73不會傻到讓他成為臥底的。
琴酒對待感情的理性
再從感情說，73透露琴酒和雪莉（宮野志保）有關係，但沒說是什麼關係。而貝爾蒙德暗示兩人有過肉體關係Vol29File3,TV版中刪去。且琴酒腦海中經常浮現宮野志保的裸背TV176（琴酒你個混蛋老流氓！）
但即使對於雪莉，他仍能毫不猶豫的開槍（M5通往天國的倒計時）可見琴酒是對組織最為忠誠的一員了。
所以不用擔心琴酒會突然變成二五仔，畢竟73老賊雖無恥，但在這天皇即將換屆平成年號即將結束的時候（新一的目標是成為平成年間的福爾摩斯）在這柯南即將收官的時候，一定會給我們這些老讀者一個滿意的結局的。
沉迷補番的沐沐
你帥，你帥，你頭頂鍋蓋，身穿海帶，腳踏一窩白菜，你以為你是東方不敗，其實你是衰神二代。頭戴黑帽，身穿黑色風衣，腳穿昂貴皮鞋，黑色褲子、黑色襯衣，一頭銀白色的長髮，駕駛保時捷365A，穿梭奔騰於大街上，遊走於警察間，行動於黑暗中，高冷、英俊、行事果斷，沉著冷靜，謹慎小心，心狠手辣，這就是琴酒。
小編覺得題主提的這個問題太不好回答了，如果琴酒也是臥底，那麼這部動漫基本上沒有看點了，如果真是這樣，跟其他答主說的一樣，也許他就是潛藏在密碼組織的重要便衣警察，但不是組織最深處的重要人物，也許他只是一個小角色，而他的背後有比他更龐大的組織，也許這是一個國際性犯罪組織，也許還有許多像他那樣的冷酷殺手。而他所做的一切就是為了和警方周旋，為的就是靜觀其變，等待組織的核心人物出現。話說回來，小編覺得琴酒不可能是臥底了，從他所做的一切可以看出他是一個冷酷的劊子手，精通槍械，也許受過組織訓練，是個重要人物。而且對這部劇而言，如果少了琴酒，沒有人能和柯南一決高下，互相周旋，要知道琴酒智商也高，柯南需要一個強勁的對手，這樣才能推動整部劇的發展，讓一切黑暗事件有因有果。如果連琴酒這樣一個厲害的人都是臥底，那他的背後還會有何等強大的人物?還會有多少臥底，一部劇裡面全是臥底，那觀眾的看點就少了，觀眾需要的就是高手間的對決，不想再冒出一個酒來。還有為什麼一定要是黑暗一方才有臥底啊？正義一方就沒有臥底嗎？小編也想說，如果毛利小五郎也是密碼組織的人，他是潛藏在警察間的臥底，看他自稱偵探，愛喝酒，傻醉醺醺的樣子實則干擾警方辦案，在裝，一切都是為了干擾他們，也許毛利小五郎是一個藏得很深的人物，他的名字也是酒，還是中國的。
北斗君
如果琴酒也是臥底的話，換個方向思考，就不得不佩服黑衣組織了。
幾乎整個黑衣組織如果都是臥底構成，除此之外就是一些研製藥物的科學者。那麼這個組織豈不是不費任何力氣得到想要的一切了。
利用所有其他組織的臥底，安室，赤井等人去幫組織想要達成的目標，獲得巨大的收益。利用所有能力的人，即便組織里人員來來往往，進進出出都無法影響組織的基本運作，真是細思極恐，完全版的借雞生蛋啊(›´ω`‹ )
看，琴酒，都愁白了頭髮，為組織盡心盡力花白了頭髮，你們居然還懷疑他是臥底_(:з」∠)_
日影日漫醬
那就只剩Boos一個光桿司令了，很尷尬的……
但從另一個角度來看，柯南擊敗組織就容易多了。
PS:黑暗組織要是這樣神轉折的話，估計沒人看柯南了……
大mc帝國
如果琴酒也是臥底，那麼......
還真沒想過這個問題，但也是挺有趣的一件事，如果琴酒也是臥底，那麼黑衣組織或許就是有史以來最悲哀的一個黑衣組織了，從下到上，不是臥底，就是反水，而且那幾個僅有的鐵桿粉絲還領了便當，到頭髮現組織裡的人都是假的！
琴酒，總所周知，可以說是一個人撐起了整個組織，好像說句琴酒真的好辛苦啊！
櫻漫巫
boss是工藤新一 工藤新一表面上和小蘭去熱帶樂園玩其實是為了監督手下的交易 而琴酒作為公安的執行人兼臥底 誰知認錯人把老大打暈了 還灌錯了藥 琴酒乾脆一錯再錯 直接打入集團內部 利用龐大的組織繼續偷偷的尋找工藤新一的下落 誰知宮野志保不滿組織工資過低叛變投靠了工藤新一 琴酒更是雪上加霜 領著兩份工資的琴酒一方面瞞著公安讓公安以為自己只是一個小臥底 另一方面指導著黑暗組織的大權 琴酒堅信 真相永遠只有一個
