SherryJr
琴酒作为黑衣组织里最勤奋的成员，一直以来观众对他的印象都是努力工作的冷酷男子，对黑衣组织有着绝对忠诚，任何妨碍组织前进的老鼠都会毫不留情的清理掉。但就是这样一个忠诚的组织成员，在满是卧底的组织里，也难免会被说出有卧底嫌疑的时候。
如果琴酒真的是卧底，那么在以往的主线故事中，就容易看出有些矛盾但是在这种假设下能得到验证的地方，比如：
在第一回登场时，喂工藤新一吃aptx4869，看上去则是在救工藤新一，在此之前伏特加已经提议过直接用枪干掉工藤新一，但被琴酒拦下，并且选择用药“杀死”工藤新一，结果就是工藤新一身体缩小活了下来。
在第二次则是在《接触黑色组织》，琴酒和伏特加包围柯南，柯南情急之下躲在储物柜里，琴酒和伏特加检查了柯南所在的一整扇储物柜，当琴酒找到柯南所在的储物柜并且打开一半时突然选择放弃，并且说一个大人也不可能躲在这小小的储物柜中，柯南才捡回一条命。这个细节还是很让人怀疑琴酒有卧底嫌疑的。
那么在琴酒是卧底的前提下，这种做法自然就说的过去，那故事的发展就有可能朝着这样发展，琴酒那么卖力的为组织办事，并且心狠手辣的除掉组织的卧底，目的也就是消除会妨碍自己卧底工作的人员，毕竟卧底之间没有信息共享，谁都有可能是卧底，又或者是boss的心腹，直接除掉是最安全的，像皮斯科这种成员琴酒能毫不留情的杀掉，而想杀灰原哀则是因为她制造的药对人危害太大，所以也要想着法子杀掉。
要是以琴酒为卧底假设下结局，很可能就是会这样，大决战的时候，琴酒没有参与正面对决，而是单独找到了boss并活捉。
当然，这种结局也不是没有可能，但可能性非常小，而且琴酒本身的设定是忠于组织，很难想象全是卧底和杂鱼的组织能存活那么长时间。
泡面菌
琴酒是卧底，结局就近乎完美。
琴酒形象
琴酒的任务是负责组织的安全，专门铲除卧底与反水的人，同时进行组织间的交易，塑造的形象是心狠手辣，杀人不眨眼的冷血动物，不会对人付诸感情。
如果琴酒是卧底 （请开启假设下的脑洞）
当他们进行交易时，新一在后面尾随时其实已经察觉到了，本来是打算就这样让新一将消息传递出去也倒是个不错的办法，所以就任意其跟踪，可是无奈身边的蠢家伙也察觉到了就让琴酒用消音枪将新一灭口，那怎么办呢？既不能暴露自己的身份又不能杀害新一，因为琴酒知道新一这名侦探要在半个世纪前就与组织产生了密不可分的关系了，无论如何也是不可以杀掉的，就在他一筹莫展准备淘枪时摸到了一个盒子，对了，还有最后一个办法，没办法，只能这样了，APTX4869，脑中浮现出了那个冷艳高贵的女子所说的话：“这个是一种新型的毒药，它杀人于无形，不过近期发现了一个特殊功能，就是如果有人服下之后也可能让人的身体缩小，变为小时候的模样，但是记忆、智力……不会有任何影响的”。
琴酒想：“没办法了，我只能死马当活马医了，而且我相信雪莉一定会尽快调制出解药的”。
所以在新一被灌下APTX4869后，醒来之后就一切都发生了改变。
新一变为了柯南，新一将事情的经过告诉了阿笠博士，博士为了不让人察觉，就谎称这个小孩子是自己家的亲戚，同时就其委托给小兰，博士与柯南一个利用技术，一个利用推理能力，开启了接下来的长时间的寻找并铲除黑衣组织的计划。
后来遇到了同样服用APTX4869后变小的灰原哀。
结局
琴酒凭借老板对自己的信任，成功见到了幕后大boss的真面目，并且也了解到了这个组织的真正目的，在确保一切准备就绪后，琴酒与FBI单线联系，成功捣毁这个神秘的组织。此时，大家才知道琴酒真正的身份，他说出了真相，然后急忙去找雪莉，那个唯一让自己动情而又不敢用情的女子，他要告诉她真相，他要解除误会。
琴酒与雪莉
琴酒：“雪莉，我回来了，我终于可以亲口告诉你真相了”。
雪莉：“那又怎样，你为了保护自己的卧底身份，将我唯一的亲人给杀害了，你认为你现在道歉还有用吗？行了，你什么都别说了，我们今后再无任何关系”。
琴酒：“不，你真的误会了，你姐姐明美还活着，你应该了解我的，以我的个性杀人肯定会直接毙命，怎么可能还会给她留机会跟柯南说话呢？我当时没办法只能开枪，不过并不会致命”。
其实，所有的卧底都是坏人，真正的BOSS是一好人。BOSS潜心研究多年，有了很多惊人的成果，但是这些成果由于太危险，各国都派间谍接近BOSS想要窃取成果。但是BOSS一直都把秘密保护的很好，然后这群间谍为了不让别人得到BOSS的成果，他们开始拉帮结派互相厮杀，同时各国也同时安排明面上的政府力量介入。大家心照不宣都说自己是在打击黑恶势力，实际上各怀鬼胎。
后来某天，某个叫工藤新一的人被琴酒看上了，琴酒将工藤新一用药物变小，并且暗中保护，希望工藤新一能够接触到BOSS的最大研究成果。后来发现原本是盟友的某个研究药物的间谍把自己变小混到了BOSS身边，所以他一直想要杀死灰原哀，因为她也是一个间谍。
……
很多年后，阿笠博士发明了时光机。
未来因为时光机的出现发生了世界大战，但是时光机的制造技术已经在阿笠博士制造出时光机后就销毁了，并且阿笠博士也死于战争中。
各国为了找回时光机的制造技术，派遣了很多间谍回到阿笠博士发明时光机之前，想要在阿笠博士发明出时光机后抢到技术同时杀掉其他竞争对手。
这些间谍伪造身份进入各国情报机构警察机构等等，就是为了隐瞒身份不被其他对手发现。
最终，柯南洞悉一切，保护了阿笠博士，也保护了时光机的技术文件。最终由未来岛国政府(剧情上应该属于正义一方)安排的毛利小五郎获得了技术文件。毛利小五郎进入日本的时间远远早于其他人，他在日本娶妻生子安家落户布局了几十年……
多年以后，日本很多企业利用保存好的文件发明了民用时光机技术，还配套了机器人用于服务大众。世界上各国再没有爆发战争。
某年，一个姓野比的男子买了一个最新款机器猫带着万能口袋坐着抽屉回到了他爷爷那里，准备帮助他爷爷度过悲惨的童年……
九楼雇佣军
确实有可能，而且整个黑衣组织可能都是卧底。
我的猜测是这样的，日本政府早年应该是开设了某个研究药物的科学中心，而为了保护科学中心的秘密研究资料派去了很多特工进行保护，但是后面因为某种原因技术取消，为了防止资料外泄只好把参与实验的人全部杀死。这些特工为了保命拼死跑了出来，也就是现在黑衣组织的科恩、琴酒、基尔、卡尔瓦多斯、伏特加、龙舌兰、匹斯可等人。
随后他们为了复仇，继续研究药物，并且靠自己的能力在日本政界、金融界、科学界发展了自己的势力，成为了一个大型的全球犯罪集团，所以那么多年过去美国联邦调查局（FBI）和中央情报局（CIA）都查不出这个组织成员的信息，因为他们本身就是属于消失在世界的人。
这样想想你们觉不觉得也是有可能的，黑衣组织的人物一个个都精通枪械，能力超凡，而且他们很有组织性和纪律性不是一般的犯罪集团所能比的。这也体现了他们曾经受过专业的训练，在作案现场从来没有过证据。
当然这都是猜测啦，大家就当做笑话看看就好，嘻嘻！
绅士动漫社
首先这个脑洞是好的，但是看了其他回答的分析，我想说这种猜测是没有任何根据的。
琴酒是酒厂里最不可能成为二五仔的人了。而且虽然我们经常调侃酒厂都是卧底，仔细想想其实卧底也不是特别多。
琴酒概述
琴酒是在第一集就出场的人物，也是最早就设定的酒厂的反派，让新一变成柯南的人。心思缜密，冷血无情。
若是卧底，早可以和新一取得联系，而他选择的是用APTX4869不留痕迹的除掉他。（琴酒不知道A药极小概率能使人变小，他当时认为A药是能致死且查不出死亡原因，为免除麻烦所以用了A药而没有使用枪杀）
琴酒的职责
琴酒的任务是负责组织的安全，专门消灭组织内的敌人及铲除叛徒和暴露身份的组织成员。有时还负责重要的交易和营救暗杀任务，可谓是组织内劳模。
我的观点就是，若这么重要的位置被一个卧底所占据，那么这样的组织怎么可能影响如此之广，危害如此之大。
以至于FBI（赤井秀一）CIA（水无怜奈及其父亲）日本公安（安室透以及苏格兰威士忌死于秀一之手）早早便潜伏进了酒厂。同时也排除了酒厂属于美日政府的可能。
琴酒的所作所为分析
我们再看看琴酒都做了什么。
把新一变成柯南（本意想杀死新一），并在TV1中被新一形容为“好像杀了许多人却毫不在乎的样子”。杀死了宫野明美（小哀的姐姐），对组织的叛徒和组织的敌人毫不留情，即使对自己也能狠下心来。在TV178，自称“从来不去记已经杀掉的人的脸和名字”（那你倒是忘了小哀啊混蛋！忘记新一到是忘得挺快）。
而且琴酒的枪技领导组织能力还在其次，最可怕的是他的头脑，与柯南的交手从未吃亏，甚至多次生擒柯南。在TV178中被柯南的麻醉针射中，果断对自己右臂开枪以保持清醒，险些将柯南抓住。杀了剧中很多的关键人物，如宫野明美、皮斯科、爱尔兰等。如此对组织敌人冷血无情的人，73不会傻到让他成为卧底的。
琴酒对待感情的理性
再从感情说，73透露琴酒和雪莉（宫野志保）有关系，但没说是什么关系。而贝尔蒙德暗示两人有过肉体关系Vol29File3,TV版中删去。且琴酒脑海中经常浮现宫野志保的裸背TV176（琴酒你个混蛋老流氓！）
但即使对于雪莉，他仍能毫不犹豫的开枪（M5通往天国的倒计时）可见琴酒是对组织最为忠诚的一员了。
所以不用担心琴酒会突然变成二五仔，毕竟73老贼虽无耻，但在这天皇即将换届平成年号即将结束的时候（新一的目标是成为平成年间的福尔摩斯）在这柯南即将收官的时候，一定会给我们这些老读者一个满意的结局的。
沉迷补番的沐沐
你帅，你帅，你头顶锅盖，身穿海带，脚踏一窝白菜，你以为你是东方不败，其实你是衰神二代。头戴黑帽，身穿黑色风衣，脚穿昂贵皮鞋，黑色裤子、黑色衬衣，一头银白色的长发，驾驶保时捷365A，穿梭奔腾于大街上，游走于警察间，行动于黑暗中，高冷、英俊、行事果断，沉着冷静，谨慎小心，心狠手辣，这就是琴酒。
小编觉得题主提的这个问题太不好回答了，如果琴酒也是卧底，那么这部动漫基本上没有看点了，如果真是这样，跟其他答主说的一样，也许他就是潜藏在密码组织的重要便衣警察，但不是组织最深处的重要人物，也许他只是一个小角色，而他的背后有比他更庞大的组织，也许这是一个国际性犯罪组织，也许还有许多像他那样的冷酷杀手。而他所做的一切就是为了和警方周旋，为的就是静观其变，等待组织的核心人物出现。话说回来，小编觉得琴酒不可能是卧底了，从他所做的一切可以看出他是一个冷酷的刽子手，精通枪械，也许受过组织训练，是个重要人物。而且对这部剧而言，如果少了琴酒，没有人能和柯南一决高下，互相周旋，要知道琴酒智商也高，柯南需要一个强劲的对手，这样才能推动整部剧的发展，让一切黑暗事件有因有果。如果连琴酒这样一个厉害的人都是卧底，那他的背后还会有何等强大的人物?还会有多少卧底，一部剧里面全是卧底，那观众的看点就少了，观众需要的就是高手间的对决，不想再冒出一个酒来。还有为什么一定要是黑暗一方才有卧底啊？正义一方就没有卧底吗？小编也想说，如果毛利小五郎也是密码组织的人，他是潜藏在警察间的卧底，看他自称侦探，爱喝酒，傻醉醺醺的样子实则干扰警方办案，在装，一切都是为了干扰他们，也许毛利小五郎是一个藏得很深的人物，他的名字也是酒，还是中国的。
北斗君
如果琴酒也是卧底的话，换个方向思考，就不得不佩服黑衣组织了。
几乎整个黑衣组织如果都是卧底构成，除此之外就是一些研制药物的科学者。那么这个组织岂不是不费任何力气得到想要的一切了。
利用所有其他组织的卧底，安室，赤井等人去帮组织想要达成的目标，获得巨大的收益。利用所有能力的人，即便组织里人员来来往往，进进出出都无法影响组织的基本运作，真是细思极恐，完全版的借鸡生蛋啊(›´ω`‹ )
看，琴酒，都愁白了头发，为组织尽心尽力花白了头发，你们居然还怀疑他是卧底_(:з」∠)_
日影日漫酱
那就只剩Boos一个光杆司令了，很尴尬的……
但从另一个角度来看，柯南击败组织就容易多了。
PS:黑暗组织要是这样神转折的话，估计没人看柯南了……
大mc帝国
如果琴酒也是卧底，那么......
还真没想过这个问题，但也是挺有趣的一件事，如果琴酒也是卧底，那么黑衣组织或许就是有史以来最悲哀的一个黑衣组织了，从下到上，不是卧底，就是反水，而且那几个仅有的铁杆粉丝还领了便当，到头发现组织里的人都是假的！
琴酒，总所周知，可以说是一个人撑起了整个组织，好像说句琴酒真的好辛苦啊！
樱漫巫
boss是工藤新一 工藤新一表面上和小兰去热带乐园玩其实是为了监督手下的交易 而琴酒作为公安的执行人兼卧底 谁知认错人把老大打晕了 还灌错了药 琴酒干脆一错再错 直接打入集团内部 利用庞大的组织继续偷偷的寻找工藤新一的下落 谁知宫野志保不满组织工资过低叛变投靠了工藤新一 琴酒更是雪上加霜 领着两份工资的琴酒一方面瞒着公安让公安以为自己只是一个小卧底 另一方面指导着黑暗组织的大权 琴酒坚信 真相永远只有一个
