胃肠道是细菌的“粮仓”，这里共生长着1000余种1000万亿个细菌，它们与人体互利共生:们一方面利用人体消化的食物残渣和胃肠道，作为自身生存的条件和环境；另一方面又为人体提供着各种维生素、必须的氨基酸和一些抗菌素等。同时，它们一方面可以分解体内一些有毒和有害物质，抑制蛋白质的腐败；另一方面又可参与人体的免疫反应，抑制有害病菌的繁衍和生长。另外，它们还可降解胆固醇，维持肠道的pH,促进肠道蠕动，维持肠道微环境的内稳定。因此，肠道细菌不仅是人体的“好朋友”，还是附着人体的一个重要的“器官”，辅助人体的营养、免疫、和调节功能。肠道细菌失调不仅会产生多种胃肠道疾病，如腹泻、便秘、肠炎等，还会诱发肥胖、癌症、糖尿病、和心血管病等。
肠道细菌80%以上都是对人体有益的细菌，但也有少数是对人体有害的细菌。在正常状态下，肠道细菌维持着菌群稳定，有益细菌抑制着有害细菌的生长和繁殖，发挥着“体外器官”的作用。随着环境、年龄、食物、药物等条件的改变，肠道的菌群谱亦会相应发生改变，不同的肠道菌群谱可以致病，亦可以防病: 可以致癌，也可以抗癌；可以诱发糖尿病，也可以防糖尿病；可以促进衰老，亦可以延年益寿。它们既是健康和疾病的诱发或始发因素，亦是健康和疾病的“晴雨表”。
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