同治四年（1865）5月，晚清名臣、被朝廷倚為“勳國柱石”的曾國藩在南京接到聖諭，令他帶兵奔赴山東剿滅捻軍。曾國藩本不想管這攤事，但頂不住朝廷七天內連頒六道聖旨，催促他接受了這一重任。不久，曾國藩就調集兵馬上路，率幕僚沿運河北上。在途中，又接到聖旨，命他在徐州停留，處理好當地的“湖團案”後再赴山東。
說起“湖團案”，與黃河的泛濫和微山湖的湖田有關。黃河在歷史上以“善淤、善決、善徙”著稱，多次決口，遷徙不定，每到一地都留下大量泥沙，而位於蘇魯豫皖四省交界的微山湖恰好處於黃河下游，每逢河水氾濫，微山湖地區都首當其衝，飽受黃患之苦。但微山湖同樣也得益於黃河，黃河氾濫使得微山湖的湖西地區生長出大片無人耕種的湖荒之地，而爭奪這些土地是產生“湖團案”的根源。
1851年，黃河在江蘇境內的豐縣決口，微山湖地區頓成汪洋。第三年黃河又在與沛縣鄰近的安徽碭山決口，沛縣受災最重，“居民流離轉徙，以為故鄉永成澤國，不復顧戀矣”。百姓大量逃亡，造成瀕臨湖西的狹長地帶一片荒涼。
1855年，黃河的決口處北移，山東曹州（今菏澤）屬地受災最重。當地士紳鉅野（屬曹州）人唐守忠看到鄉民漂泊，無以為生，就帶領曹州屬下幾個縣的難民數千人，來到微山湖西岸。當時該地已成淤地，他們寄居於此，墾荒為田，結棚成屋，比鄰而居，修築圩寨，持械自衛。後又有大批山東災民聽說這裡有大片荒地，土地肥沃，易於生存，遂扶老攜幼，舉家搬遷來湖西。沛縣知縣在瞭解到他們確實是受災百姓後，考慮到湖西大片荒地無人耕種也是可惜，由他們墾荒交租納稅還可增加官府收入，於是允准他們墾種湖田，同時規定，如是原來的有主民田，則一律退還原主。為招民墾荒，收繳租稅，沛縣還設立了湖田局。這就加速了魯西南的難民向微山湖大批遷移，並開墾出兩千多頃（20多萬畝）的湖田。
這些移民的組織性很強，往往由十幾個村莊甚至幾十個村莊聯合起來，組建湖團，選出團長。當時移民陸續所建的湖團在江蘇沛縣、銅山境內有8個。其中沛縣的唐團（唐守忠為團長）遷來最早，人數最多，佔湖田面積最大，自山東魚臺至江蘇銅山一溜沿湖均歸其統管，民間號稱“一溜十八團，蓋住三個縣。”
1855年的黃河決口是它最後一次自然改道，結束了黃河數百年奪淮入海的局面，形成了現在的河道。由此黃河不再經過徐州，微山湖湖西地區也不再受黃河氾濫禍害。黃河的淤地本就很肥沃，再經移民的辛勤勞作，“耕種豐稔，趨臻富強”，湖西之地很快就成為良田，湖團的團民也漸漸安居樂業。
但好景不長，幾年以後，流亡在外的原沛縣、銅山百姓得知黃河改道，紛紛返回家鄉。一回故里，看到昔日的澤國已變成良田，被外鄉人所侵佔，心中自然憤憤不平，遂引發爭鬥。衝突主要發生在沛縣，因為沛縣的團民最多，湖田最廣。雙方先是協商，協商不成便訴諸武力，多次發生械鬥，也不能解決紛爭。因而，沛縣人中以士紳王獻華為首組織進京告狀，要求將湖西團民盡數清除，趕回原籍，還控告團民與捻軍勾結，都是賊黨。這一京控案引起慈禧關注，她下令讓漕運總督吳棠密速查辦。吳棠在調查後稟報，控告並無實據，告狀的實際目的是要奪取團民開墾的湖田。沛縣人對這一調查結果很不滿意，繼續告御狀，並將不支持他們的官員說成是受了湖團賄賂的貪官。事情就在一籌莫展時，“湖團案”這一燙手山芋落到了曾國藩的手中。
1865年9月初，曾國藩到達徐州，沛縣張羅告狀的幾個士紳急忙趕到曾住的行轅，控告湖團團民，“呈詞累數十紙”，訴狀有幾十頁。曾國藩深知，此事關係重大，處理不當會激起民變。10月，捻軍襲擾徐州，在湖西“盤踞湖團”數日。等到捻軍撤走，有人向曾國藩告湖民通賊，要求對湖團一律剿滅。
面對這如同一團亂麻的案情，曾國藩派人去調查，不久就弄清實情。8個湖團中有兩個（王團、刁團）確曾與捻軍合作，捻軍首領賴文光等人就住在刁團，該團與王團的房屋、用具均未受損，其餘6個團或憑藉圩寨抵抗，或寨破遭燒殺，沒有勾結捻軍的證據。其中的唐團奮勇抗擊捻軍，唐守忠率領團民堅守圩寨，在圩寨被攻破後，他與叔叔、兒子三人被綁在床上，抬到各圩圍牆外去招降。唐守忠頑強不屈，大叫“固守勿降”後被殺。
當地人告狀的目的顯然是為了奪佔團民開墾的湖田。曾國藩發現，領頭告狀的人實際並未失去田產，這些人“設局斂錢，終歲戀訟”，是想從打官司中牟利。他們多方煽動，“既以強客壓主，激成眾怒；又以奪還大利，歆動人心”，也就是說，他們先是挑動土客籍的矛盾，再以勝訴後會獲得巨大利益來誘惑。這些人還長期挨戶攤派訴訟費用，讓當地百姓苦不堪言。客民墾荒是合法的，他們認領的是官府發包的土地，即使是當地人要想收回自己原來的土地，也要原業主持有地契才行。問題難辦的是，大水過後，新開墾的田地，“孰為荒湖，孰為民田，茫然無辨”，分不清哪塊原來是民田，而且還會有人在逃難中丟了土地契約和交租憑證，所以要想歸還有主之田也很難。
弄清情況後，使得曾國藩感到左右為難，如果按照當地人的要求驅逐所有湖團，既不合法，也不合理，還有可能產生難以想象的後果，一旦團民們鋌而走險，群起參加捻軍，這個官逼民反的罪名，沒人能擔得起。然如果不理會或駁回沛縣人的訴訟，他們也定會不依不饒地糾纏下去。
不管有多艱難，曾國藩決定迅速辦案，儘快處理完後北上剿捻。如何找到此案的突破口，讓這個當過刑部侍郎的能幹官員頗費思量。最後他從當地人將經濟問題政治化這一點上得到了啟發，把突破口放在團民“勾捻”上，確立了處理“湖團案”的原則。
第一，確立各方面都能接受的政治標準，即把是否通捻作為處置湖團的分界線，通捻者驅逐，抗捻者嘉獎。下令驅逐“勾捻”的王、刁二團，王團首領王長振外逃，在捕獲後再加懲處。其餘6個湖團無通捻之事，維持原狀，繳納賦稅，使湖田成為他們的永久家業。對抗捻而死的唐守忠等三人，則厚加撫卹，建立專坊，由地方官春秋祭祀，表彰他們效忠朝廷。
第二，恩威並用，留有餘地。王、刁二團被驅逐後，留下的土地有七八百頃，可用於歸還被侵佔的土民之田，條件是必須持有有效的土地憑證和交稅單據。剩下的土地充作公田，用於書院和科舉考試的花費。對帶頭訴訟生事的王獻華，革除功名，“以示懲儆”。當然曾國藩驅逐王、刁二團也有不當之處，通捻的只是兩團的首領而不是全體團民。為此，他又做了補救，宣佈除對王長振要“盡法處治”外，其餘人全部赦免，並在王、刁二團的家鄉山東鄆城建立安置機構，給遣送回籍的團民分配土地。對他們當年種下的麥子，由徐州鎮派兵看守，到收割後一半分給看守的官兵，一半發還原來的團民。結果是“該兩團全數徙去，安靜回籍”。事情處理到這一步，曾國藩又對雙方厲聲警告：湖團如再有窩匪通捻重情，經官府查明，小則拿犯誅懲，大則派兵剿辦；沛民也應將團民視同土著，永不再言驅逐之說，亦不許妄加控告。雙方盡消爭訟之嫌，同敦睦姻之誼。至此，“湖團案”辦理結案。
對於曾國藩在這樁歷史公案中的表現，後世學者說法不一，有的說他是“巧斷”，有的說他斷的是“糊塗案”。
南京大學歷史系陳仲丹認為，曾國藩處理“湖團案時，不拘泥於經濟糾紛細節，尋找到解決問題的突破口，將之轉到大家都認可的政治高度，充分考慮到各方面的實際利益，成功地化解了這一糾纏多年的矛盾。經過他的調解，當地人與外來的團民之間基本劃清了土地界限，雙方認可了各自佔有湖田的現狀，爭端漸漸平息下來，微山湖西岸終於恢復了平靜。而山東微山史學者李近仁評說曾國藩“製造了湖團冤案”，“助長了沛縣刁民的爭利氣焰”，以致後世械鬥流血慘劇百年不斷。
或許，歷史從來就沒有終極答案，而利益又是人類永遠的交集，只有健全的法律和制度，才是和諧社會的保障。據徐州市志記載，2003年8月，徐州與濟寧結為友好城市，微山湖邊界湖田湖產糾紛至此結束，兩地農民生活安定，經濟發展。
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