1916年，民国五年。
袁世凯在民国四年宣布恢复帝制，登基大典还没过几天，与小凤仙演义了一段英雄美人爱情故事的蔡锷，在小凤仙的掩护下离开北京，辗转回到云南。云南是蔡锷的大本营，此次重招旧部，一呼百应。在12月25日，宣布云南独立，并誓师讨袁，军队取名护国军，由此引发的运动史称“护国运动”和“护国战争”。
云南在中国的版图上，偏居西南一隅，离政治中心北京上千公里，尽管蔡锷亲自领军，但只能从四川打起。可是云南首举讨袁旗帜，各省开始响应。1月27日，贵州宣布独立；2月18日，湖北革命党发生起义；3月15日，广西宣布独立；4月初，广东宣布独立；4月12日，浙江宣布独立；5月25日，四川宣布独立；5月29日，湖南宣布独立。先后八个省脱离袁世凯政府。
迫于各方面的压力，袁世凯在2月23日，就发出暂缓登基的通告。3月10日，在外手握重兵的袁世凯嫡系冯国璋，联络山东将军靳云鹏、江西将军李纯、浙江将军朱瑞和湖南将军汤芗铭联合署名的密电，逼袁世凯退位，取消帝制。袁世凯见民心、干将皆失，不得已在3月23日宣布取消帝制，恢复共和。历时83天皇帝梦破灭。可袁世凯仍然担任民国总统，4月中旬，任命段祺瑞为国务卿。孙中山为此，在5月9日发表“第二次讨袁宣言”，各省仍在陆续宣布独立。内部，新任命的段祺瑞进一步逼袁交权。5月18日，袁世凯派人设局，在上海刺死了为孙中山左膀右臂的陈其美，但改变不了反袁事态。6月6日，内忧外困的袁世凯因尿毒症发作死去，一代枭雄落幕。
6月7日，副总统黎元洪接任大总统。9日，孙中山发布宣言，致电黎元洪，要求恢复临时约法，尊重国会。29日，黎元洪宣布恢复临时约法，并呼吁全国停战，取消独立，恢复统一国家。各交战地陆续停战，护国战争结束。
7月6日，北京政府重新任命了各省军政长官，撤换了坚决支持袁世凯帝制的一些官员，对护国运动有功的人员给予了任命。蔡锷被任命为四川省督军兼省长。可刚上任，就因身体病情加重，8月31日离职，东渡日本治病。因喉癌已是晚期，11月8日在日本逝世，年仅34岁。
8月1日，恢复活动的参众两院，在北京召集会议，选举段祺瑞为总理。虽然国会恢复活动，但第一次民选的国民党议员并未恢复身份，这一批议员仍是袁世凯时期的议员，在袁世凯死后，段祺瑞成为北洋系的最大头目，虽名为“民选”，可仍是被段祺瑞所操控的。如不算孙宝琦的代理总理，段祺瑞为民国第五任总理。
段祺瑞在北洋系中，以刚愎自用、态度强硬著称。黎元洪虽为总统，武昌起义元勋，但手中无兵，只身在北京任职。加之名义上恢复了“临时约法”，行内阁负责制。段祺瑞第一智囊徐树铮，更是个飞扬跋扈之人，而段祺瑞让其出任国务院秘书长，黎元洪不许。在徐世昌出面协调下，终是黎元洪退让一步，徐树铮得以出任国务院秘书长。第一次府院之争拉开序幕。
段祺瑞为加强军队对政府的影响力，特意成立督军团，督军团由各省督军组成，定期召开会议。而中国幅员广阔，能来参加督军团会议的，大多是北洋系控制的直隶周围各省和通达铁路的江浙数省，实际上就是北洋军阀控制政府。黎元洪虽然表示不满，但也无奈。
5月27日，日本第一次刺杀张作霖未果。
9月1日，将主办的青年杂志改名为《新青年》，该杂志成为新文化运动的旗帜。
10月31日，黄兴旧病复发，在美国去世，为民国五年去世的又一重要人物。
12月26日，黎元洪任命蔡元培为北大校长，为北大带来更加宽松的思想和学术氛围。
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