1916年，民國五年。
袁世凱在民國四年宣佈恢復帝制，登基大典還沒過幾天，與小鳳仙演義了一段英雄美人愛情故事的蔡鍔，在小鳳仙的掩護下離開北京，輾轉回到雲南。雲南是蔡鍔的大本營，此次重招舊部，一呼百應。在12月25日，宣佈雲南獨立，並誓師討袁，軍隊取名護國軍，由此引發的運動史稱“護國運動”和“護國戰爭”。
雲南在中國的版圖上，偏居西南一隅，離政治中心北京上千公里，儘管蔡鍔親自領軍，但只能從四川打起。可是雲南首舉討袁旗幟，各省開始響應。1月27日，貴州宣佈獨立；2月18日，湖北革命黨發生起義；3月15日，廣西宣佈獨立；4月初，廣東宣佈獨立；4月12日，浙江宣佈獨立；5月25日，四川宣佈獨立；5月29日，湖南宣佈獨立。先後八個省脫離袁世凱政府。
迫於各方面的壓力，袁世凱在2月23日，就發出暫緩登基的通告。3月10日，在外手握重兵的袁世凱嫡系馮國璋，聯絡山東將軍靳雲鵬、江西將軍李純、浙江將軍朱瑞和湖南將軍湯薌銘聯合署名的密電，逼袁世凱退位，取消帝制。袁世凱見民心、干將皆失，不得已在3月23日宣佈取消帝制，恢復共和。歷時83天皇帝夢破滅。可袁世凱仍然擔任民國總統，4月中旬，任命段祺瑞為國務卿。孫中山為此，在5月9日發表“第二次討袁宣言”，各省仍在陸續宣佈獨立。內部，新任命的段祺瑞進一步逼袁交權。5月18日，袁世凱派人設局，在上海刺死了為孫中山左膀右臂的陳其美，但改變不了反袁事態。6月6日，內憂外困的袁世凱因尿毒症發作死去，一代梟雄落幕。
6月7日，副總統黎元洪接任大總統。9日，孫中山發佈宣言，致電黎元洪，要求恢復臨時約法，尊重國會。29日，黎元洪宣佈恢復臨時約法，並呼籲全國停戰，取消獨立，恢復統一國家。各交戰地陸續停戰，護國戰爭結束。
7月6日，北京政府重新任命了各省軍政長官，撤換了堅決支持袁世凱帝制的一些官員，對護國運動有功的人員給予了任命。蔡鍔被任命為四川省督軍兼省長。可剛上任，就因身體病情加重，8月31日離職，東渡日本治病。因喉癌已是晚期，11月8日在日本逝世，年僅34歲。
8月1日，恢復活動的參眾兩院，在北京召集會議，選舉段祺瑞為總理。雖然國會恢復活動，但第一次民選的國民黨議員並未恢復身份，這一批議員仍是袁世凱時期的議員，在袁世凱死後，段祺瑞成為北洋系的最大頭目，雖名為“民選”，可仍是被段祺瑞所操控的。如不算孫寶琦的代理總理，段祺瑞為民國第五任總理。
段祺瑞在北洋系中，以剛愎自用、態度強硬著稱。黎元洪雖為總統，武昌起義元勳，但手中無兵，隻身在北京任職。加之名義上恢復了“臨時約法”，行內閣負責制。段祺瑞第一智囊徐樹錚，更是個飛揚跋扈之人，而段祺瑞讓其出任國務院秘書長，黎元洪不許。在徐世昌出面協調下，終是黎元洪退讓一步，徐樹錚得以出任國務院秘書長。第一次府院之爭拉開序幕。
段祺瑞為加強軍隊對政府的影響力，特意成立督軍團，督軍團由各省督軍組成，定期召開會議。而中國幅員廣闊，能來參加督軍團會議的，大多是北洋系控制的直隸周圍各省和通達鐵路的江浙數省，實際上就是北洋軍閥控制政府。黎元洪雖然表示不滿，但也無奈。
5月27日，日本第一次刺殺張作霖未果。
9月1日，將主辦的青年雜誌改名為《新青年》，該雜誌成為新文化運動的旗幟。
10月31日，黃興舊病復發，在美國去世，為民國五年去世的又一重要人物。
12月26日，黎元洪任命蔡元培為北大校長，為北大帶來更加寬鬆的思想和學術氛圍。
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