關聯企業實體合併破產的法律效力問題主要涉及以下幾方面的內容：
一、關聯企業之間的債權債務消滅
公平保護債權人利益，規制不當關聯關係的規則主要是揭開公司面紗原則、衡平居次原則和實體合併規則。
在處理母公司與子公司關係時，依據揭開公司面紗原則可以否定子公司的法人人格，把子公司與母公司視為同一法律主體，使母公司對子公司的債權人負責。但揭開公司面紗原則只在個案否認子公司的獨立法人人格，不是對公司獨立人格徹底的全面的否定。
衡平居次原則，是母公司對進入破產程序的子公司債權應當劣後於其他債權，甚至劣後於子公司的優先股股東，但衡平居次原則並不否定母公司對子公司債權的合法成立，只是對破產程序中的清償順序予以調整。
實體合併規則是對關聯企業法人人格的徹底否定，關聯企業合併破產後合為一體，相互之間的債權債務理應消滅，實際上構成了關聯企業之間債權和債務的相互抵銷，並且排除了關聯企業之間的欺詐性轉讓和自益性交易。因此，在規制不當關聯關係，公平保護債權人利益方面，實體合併規則是最徹底、最全面的。
二、各關聯企業的財產合併為破產財產
關聯企業成員各自具有獨立的法人人格，各關聯企業債權人應當分別從各破產企業的破產財產獲得清償，這是破產法正常的財產分配原則和利益平衡機制。但是在關聯企業破產案件中，由於關聯企業成員之間的資產混同、資產轉移、利益輸送導致關聯企業之間資產被不正當地調配，造成債權人在受償利益上此消彼長的衝突。若固守傳統的各關聯企業債權人分別清償的破產法分配原則，則資產被不當轉移的關聯企業的債權人由於破產財產的減少而導致其清償比例降低，而不當受益的關聯企業的債權人的清償比例卻因此提高。而關聯企業財務賬簿、會計憑證難以區分，或者混同使用同一賬戶導致財務賬目嚴重混亂，導致客觀上各關聯企業無法恢復合法的、原始的財產狀況，也就無法提高核算資產轉移的數額來平衡各關聯企業債權人的利益。在此種情形下，只有將關聯企業成員視為一個法律主體即適用實體合併規則，以其所有的財產向各關聯企業全體債權人進行統一分配才能實現破產法公平清償的價值目標，才能切實維護市場交易安全和債權人信賴利益。
三、關聯企業的債權合併後按照法定清償順序受償
關聯企業適用實體合併規則之後，各關聯企業的債權統一向合併後的破產企業管理人申報並按照《企業破產法》第113條規定的順序清償，參加破產財產分配。管理人在審查債權時不再區分債權出自哪一關聯企業成員，視為合併後的破產債權。適用關聯企業實體合併規則受到影響最大的是保證債權，由於保證債權不具有優先受償的效力，從而使債權人的保證權利受到損害。債權人不得引用《企業破產法》第52條的規定，“連帶債務人數人被裁定適用本法規定的程序的，其債權人有權就全部債權分別在各破產案件中申報債權。”這實際上剝奪了債權人在多次破產程序中多次受償的機會。
四、各關聯企業的破產費用、公益債務合併支出
實體合併後各關聯企業不再單獨支出破產費用和公益債務，在合併後的破產財產中統一支出，從而降低破產程序的整體成本。
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