2008年10月5日，阎崇年到无锡新华书店进行现场签售活动，当时阎崇年正给读者签着名，忽然粉丝群里冲出个男人，对着阎崇年的老脸“啪啪啪”地扇了耳光。当然被打的阎崇年自然是一脸蒙，毕竟自己当时也算半个历史文化名人，怎能有人这样对待自己。经过一番了解之后，原来是有人对阎崇年在《百家讲坛》之上宣扬的“扬州十日”“嘉定三屠”等满清入关之后的一系列残暴行为称为“民族融合”极度不满导致的。
关于阎崇年的理论，我们不妨先了解一下。作为所谓的清史大家，他曾经公开宣扬“剃发易服是民族文化的一种交流形式，不能上纲上线。清军入关更多的是促进了民族融合，其中造成的某些局部的破坏是不可避免的。禁海策和闭关令是有明显的进步意义的，因为这维持了意识形态的稳定。等等”。这些理论在一些专业学历史的人之中可能会有一定的理解，毕竟他们更能从整体历史的角度来考虑。但作为大众普及的《百家讲坛》，阎崇年的此番言论自然是引起了轩然大波，毕竟这种民族冲突的话题实在是太敏感。
满清当时入关之后，并没有考虑当时的社会问题，尤其是掌握了政权之后，便开始进行了大刀阔斧的文化整顿，希望一下将明朝社会变成清朝社会，但是他们实在是低估了文化冲突的矛盾会引起多大的冲突。当时，多尔衮下剃发令，让汉族这些“身体发肤受之父母”的士大夫们隔断与传统的联系，转入清廷的怀抱。这自然引起轩然大波，各地起义不断，这清廷也着实尴尬。这之后清廷才逐渐转变了自己的突变政策，开始用汉文化来笼络汉人，缓慢改造，纳入统治之中。而康熙、雍正、乾隆时期的一些所谓的汉化行为也都可以理解为更好的统治汉人做的准备。
当时，明朝灭亡以后，仍有部分朱氏不死心，也可能是手下的大臣们不死心。在当时的中国南方建立过几个所谓的“南明政权”。而第一个建立的南明政权就是朱由崧。朱由崧的家世也可谓传奇，他的父亲就是明朝万历年间的一个祸乱后宫的郑贵妃的儿子，看来郑贵妃的目的也算是达到了，毕竟儿子没做到皇帝，自己的孙子也算做到了皇帝。
弘光元年（1645年），清兵在多铎的率领下，分兵亳州、徐州两路，向南推进，势如破竹，直至扬州。扬州在激烈抵抗后失陷，清兵屠戮劫掠，十日不封刀。“几世繁华的扬州城是时“堆尸贮积，手足相枕，血入水碧赭，化为五色，塘为之平”、“前后左右，处处焚灼”，““城中积尸如乱麻”。扬州居民除少数破城前逃出和个别在清军入城后隐蔽较深幸免于难者以外，几乎全部惨遭屠杀，仅被和尚收殓的尸体就超80万具。
在文字狱盛行的清朝时期，所有有关扬州屠城的记载随着清军入主汉地之后被刻意掩盖，导致清末以前大部分人对此屠杀事件一无所知。直到辛亥革命前夕才将《扬州十日记》从海外带回中国，“希望使忘却的旧恨复活，助革命成功”，扬州十日才广为世人所知。
据统计，扬州十日、嘉定三屠、江阴灭城，清军共杀害汉人200多万人，当然数据可能有夸大的成分，但是深刻反映了当时满清入关后给汉人带来的沉重灾难。如果这真的是阎崇年所解释的“民族融合”，那历史真的是一部所谓的“文明史”了。
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