光绪十七年（１８９１）二月二十六，北洋大臣、直隶总督李鸿章上书朝廷，请为已故工部尚书兼顺天府尹潘祖荫建立专祠。奏疏中，李鸿章说他自己“据实上闻”，要如实的反映宝坻民意。
潘祖荫像
“据宝坻县绅士前湖南衡永郴桂道方学苏、山东候补道王其慎等联名呈称：去岁大水为灾，数十年所罕见，宝坻地居洼下，受患尤深。原任工部尚书兼管顺天府府尹潘祖荫一闻灾信，先行拨款飞饬印委办理急抚。内则沥情入告，外则函电四驰，为民救灾，无微不至。本届待赈人数，倍于往时，饥者给食，寒者授衣、全活甚众。秋冬以来屡传集该绅等详询赈事，形神憔悴，若疾痛之在身，竟以积劳，一病不起。闻信之日，士民相吊若丧其私，感人之深，实难泯没。窃以前任顺天府尹周家楣因办理赈抚，由绅民呈请建祠有案。今拟集赀为故兼尹潘祖荫建立专祠，由地方官春秋致祭，以申报飨，呈请具奏前来。”（《李鸿章全集•奏稿》）
光绪十六年（１８９０），清王朝多事之秋，一场天灾又席卷华北大地。六月上谕内阁：“京师自上月二十九日以后，大雨滂沱，连宵达旦，河流骤长……近日京城内外倒塌房屋甚多，有无伤毙人口，并着步军统领衙门、顺天府确切查明，印行奏闻。”六月初六日，潘祖荫奏：“此次连雨五日，目睹房屋坍塌不可胜数。”六月初九日，李鸿章奏：“……自（五月）二十九日至六月初六日，大雨狂风连宵达旦，山水奔腾而下，势若建瓴……永定河两岸并南北运河、大清河及任丘千里堤，先后漫溢多口，上下数百里问一片汪洋，有平地水深二丈有余者。庐舍民田尽成泽国，人口牲畜淹毙颇多，满目秋禾悉遭漂没，实为数十年来所未有。”
李鸿章像
暴雨肆虐之下，顺天府２４个州县发生特大水灾。灾情之重为数十年所罕见。七月初二日李鸿章奏：“顺直各属，本年夏间霪雨为灾，各河漫溢……顺直切进京畿，猝遭水患，地方灾重，实为百余年未有。”七月二十二日潘祖荫奏：“武清、宝坻、香河、宁河、霸州、文安、永清、东安、保定全境被淹。”
宝坻自古就是水患重灾区。山洪下来，一派汪洋；海水上侵，顿成泽国。据《天津水利志·宝坻水利志》一书记载，仅元代，不足百年的时间，发生水灾４７次。
这一次水灾尤其严重，百姓的生活艰难可想而知。粮食颗粒未收，老百姓把野草树皮都吃光了。呈现在人们眼前的到处是扶老携幼逃荒的难民，无人照应的老人以及瘦骨嶙峋寻找食物的孩子。这一年潘祖荫已经年入花甲，常年的忙碌奔波，使其身体相当虚弱。但当他想到成千上万的饥民正在等待着官府的救济，自己作为朝廷命官责任重大时，不顾年迈体衰，日夜奔走呼吁。对内他不断将灾情禀告给皇上，对外四处发函发电要求救急。他亲自偕同府尹陈彝筹措粮银、衣物，深入灾区发给难民。同时，还奏请朝廷允许他在受灾最重的地方添设粥棚，使那里的灾民能够就地取食，并请三、四品京堂到场亲自监放。农历十月，已是深秋，冷风萧瑟，严冬即将来临。潘祖荫想到衣不遮体，食不果腹的灾民生路将会更加窘迫，又连续多次上疏皇帝，恳请再多拨一些粮款，帮助百姓度过难关。后来他又在大兴县境内添设了两处粥棚，救助饥民。灾民的痛苦，使潘祖荫食不甘味，寝不安席。加上整日劳顿，致使积劳成疾，终于一病不起。但是他躺在病榻上所关心的，所念叨的仍是救灾一事。甚至在他病故前三天，还书写奏章，恳求皇帝多拨银米。帮助灾民度过饥寒交迫的严冬。
潘祖荫去世后，人们在整理他的遗物时，发现他亲笔写的灾情和救灾的奏折手稿多达数千件。
光绪十六年（１８９０）十月三十日，天色异常昏暗，深秋的寒气笼罩着整个北京城，使人愈感悲凉寒冷。就在这一天，太子太保、工部尚书兼顺天府府尹潘祖荫因病离开了人世。恶耗传来，朝廷内外一片震惊。皇帝惊悉，立即加恩晋赠潘祖荫太子太傅，派贝勒载滢率侍卫１０余人即日前往祭奠，并赏银２０００两用于治丧。赐封谥号文勤。
京城内外的百姓闻讯后，更是悲痛万分，在连年受灾的情况下，许多人因为潘祖荫的救抚才幸免于死。潘祖荫去世的当天，数以万计的老百姓自动前往吊唁，痛哭之声震撼郊野。
李鸿章后来深情的怀念这位同事和下属，并且请朝廷参考已故通政使周家楣事例，恩准宝坻民众为潘祖荫建立专祠。“臣维去岁被灾以后，屡接故兼尹臣潘祖荫来函，言及灾况，忧勤之意，流溢行间，心窃敬之。身后检其遗牍手写告灾乞赈之书，多至千数百件，病中喃喃，皆言赈务。前蒙恩言，称为尽心筹画，劳瘁不辞，是其办赈宣勤，早荷圣明垂念。查故通政使周家楣在府尹任内筹办赈抚，著有劳勋，曾蒙恩允建祠。去年顺属受灾之重，筹赈之难，更非昔年可比。该故兼尹臣尽瘁以殁，士民尤切哀思。兹据该绅等呈请，援案捐赀建祠，由地方官春秋致祭。揆之御灾勤事之义，洵为无愧。”（《李鸿章全集•奏稿》）
奏疏上达后，朝廷恩准，并给予潘祖荫极高评价。
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