無錫書院始於宋代，北宋楊時（文靖）曾講學於城東隅，後其地建東林書院，並建道南祠，以紀念楊時（道南先生）。
南宋尤袤晚年在惠山第二峰下建遂初書院讀書、治學，並藏書3萬冊。
南宋理宗寶祐中知縣袁從於學宮東建祠，祭祀楊時、陸九淵、張拭、楊簡、袁燮、袁甫、喻樗、尤袤、蔣重珍，稱九先生祠。後幾經廢修，至明嘉靖八年(1529)稱崇正書院。
明邵寶在惠山右建二泉書院，又名尚德書院，祭祀李綱，後改作邵寶祠。明成化時，邵寶因恢復東林舊地未成，曾講學於城南泰伯瀆北保安寺，邵寶門人華雲即在此建城南東林書院。萬曆三十二年（1604），顧憲成與弟允成於城東隅楊時講學處復建東林書院。
清康熙三十年（1691），顧培、金敞於錫山東麓建共學山居，用於講學和祭祀，規約仿東林。
在鄉區還有學海書院、安陽書院、葑溪書院、東泉書院與文昌書院。今僅存東林書院和安陽書院舊舍，作為古蹟保護。
東林書院，在今梁溪區解放東路867號蘇家弄，是楊時（龜山先生）講學舊址，後建書院，故又稱龜山書院。書院三起三落，以明代顧憲成（涇陽先生）、高攀龍時最盛。
當時書院宗二程（程顥、程頤）學說，推崇朱熹的理學，批評王守仁（陽明）的心學，宗旨是“以朱代王，救一時之偏”。書院不僅有自成一家的學術思想，而且訂有院規。院規仿照白鹿洞書院，但有發展。並訂有《東林會約》，會約定一年兩大會，一月一小會，會期都是3天。書院大會小會在講學之餘評議朝政，裁量人物，把學術活動和政治鬥爭結合起來，這是東林書院的創舉和特點。書院有名聯“風聲、雨聲、讀書聲，聲聲入耳；家事、國事、天下事，事事關心”。
諷議朝政，裁量人物，反對明哲保身，反對傳食諸侯是東林書院樹立的新學風，當時“遠近名賢，同聲相應，天下學者，鹹以東林為歸”。“天下不知有書院，鹹以書院曰東林”。東林書院在全國地位甚高，影響也很大。
東林書院的主張和行動觸犯了當時專權的閹黨魏忠賢等。於萬曆三十九年以莫須有罪名橫加東林。魏忠賢為了排斥異己，將天下反對他的人一律稱作“東林黨”。天啟五年（1625），魏忠賢令捕高攀龍，高投水自盡。當時，天下書院全部廢止。因“東林黨”禍受害的學者、政治人物全國有2000多人，崇禎時昭雪。
清順治十一年（1654），高攀龍從子世泰恢復燕居廟，建再得草廬等，以後逐步增建，至咸豐十年（1860）毀於兵燹。同治三年（1864）又重建，光緒二年（1876）修麗澤堂。當時書院負責人稱山長，由縣、府選定，來學者分內課、外課。後又增附課。各課又分童課、生課。童生（未中生員者）進童課，生員（秀才）進生課。各課都有定額。每名分別給膏火銀。書院經費主要來自田產租銀、捐款、存款利息。同治五年，縣撥布捐二成12093千文給書院生息作膏火費。
直至清光緒時，會約未變，但活動內容大變。除祭祀儀禮如舊外，講學很少，主要是為科舉服務，專攻“舉業”，考課以“八股文”為主。書院傳授學術的方式是“自學為主”。
東林書院最後一任山長是陶黻昇，主講是會元陶世鳳。
光緒二十七年廢書院、興學堂。次年八月，東林書院改為東林學堂。
建國後，1957年，東林書院舊址定為“省級文物保護單位”。國家副主席董必武於1962年東林小學建校六十週年時，曾來東林參觀，特賦詩一首：“東林講學繼龜山，高顧聲名舊史傳；景仰昔賢風節著，瞻楹履閾學彌堅。”《人民日報》總編輯鄧拓來東林時也曾吟詩一首：“為抗奸權志不移，東林一代好男兒；攀龍風節傳千古，字字痛心絕命辭。”
1981年10月，市政府將書院主要建築劃出學校，並加以整修，作為文物古蹟供人參觀，歸市文物管理委員會管轄。2006年6月，東林書院入選第六批全國重點文物保護單位。
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