1913年6月22日，当时中华民国总统袁世凯正式颁布了“尊孔令”。在这份“尊孔令”中，文告将孔子的儒学称之为“放之四海而皆准”。1914年9月25日，袁世凯正式颁发了《祭孔令》，公开恢复了前清的祭孔规定。明令于孔子诞辰之日，中央和各地方必须举行祭孔典礼。
1914年9月28日，袁世凯一行抵达孔庙，换上了绣有四团花的十二章大礼服，下围褶紫缎裙，头戴平天冠，由侍从官朱启钤、周自齐及侍从武官廕昌引导行礼，俎豆馨香，三跪九叩，民国以来的第一次祭孔。
1915年11月，袁世凯统领的国会改中华民国为“中华帝国”，同年12月12日，袁世凯登基成为“中华帝国”皇帝，由于全国人民的反对，1916年3月22日，袁世凯被迫取消帝制令，同年6月6日，袁世凯病亡。
袁世凯为了复辟帝制黄袍加身把孔子绑在了一起，与历代皇帝一样尊孔以显示自己也是奉天承运皇帝之命。袁世凯认为民主主义是异端邪说、洪水猛兽，是社会动荡不安的思想根源，中国的希望“不在国势，而在民心”，或者说“国家强弱存亡所系，惟此礼义廉耻之防”。
袁世凯尊孔复辟逆潮流而动，康有为及其弟子陈焕章领导的孔教运动与帝制运动合流, 各种各样如孔教会、孔社、宗圣会、孔道会之类，形成为一股宣传封建道德的复古逆流，民国初年搞得乌烟瘴气。
辛亥革命虽然成功了但是旧思想就道德依然根深蒂固，脑后的辫子虽然剪掉了但是精神上的辫子依旧留着，中国并没有真正走向民主和共和，因此陈独秀认为“分明挂了共和招牌，而国会议员居然大声疾呼，定要尊重孔教。……这腐朽思想布满国中，所以我们要诚心巩固共和国体，非得将这班反共和的伦理、文学等旧思想完全洗刷干干净净不可。否则不但共和不能进行，就是这块共和招牌也是挂不住的”。
袁世凯尊孔复辟引发的复古潮流，直接刺激了民国以来先进的文化人士，掀起了批判孔子喊打“孔家店”的新文化运动。
1915年9月《青年杂志》创刊号上, 陈独秀发表《敬告青年》一文, 旗帜鲜明地提出“民主”与“科学”两大时代口号, 锋芒所向直指维护封建政治统治的封建礼教。
1916年2月，易白沙在《新青年》杂志发表《孔子评议》一文，成为新文化运动中第一个出来批评孔子和儒学的人，五四时期的第一篇"反孔"檄文，易白沙在文中揭示"中国二千余年尊孔之大秘密"，在于史上的"野心家"们利用孔子来"垄断天下之思想"，文中指出：自汉武帝开始，"罢黜百家，独尊儒术，利用孔子为傀儡，垄断天下思想，使其失去自由"。后来历代封建帝王"尊孔"的目的，"皆傀儡孔子，所谓尊孔，滑稽之尊孔也。"
陈独秀面对复辟帝制和复古潮流以为是“孔教与帝制, 有不可离散之因缘”，”主张尊孔，势必立君；主张立君，势必复辟·…—孔教与共和，乃绝对不相容之物，存其一必废其一”，“今效汉武之术, 罢黜百家, 独尊孔氏, 则学术思想之专制, 其湮塞人智, 为祸之烈, 远在政界帝王之上”。
胡适认为“何以那种吃人的礼教制度都不挂别的招牌, 偏爱挂孔老先生的招牌呢?正因为二千年吃人的礼教法制都挂着孔丘的招牌, 故这块孔丘的招牌——无论是老店, 是冒牌——不能不拿下来, 槌碎, 烧去!”。
胡适指出:“我确信中国哲学的将来, 有赖于从儒学的道德伦理和理性的枷锁中得到解放。这种解放, 不能只用大批西方哲学的输入来实现, 而只能让儒学回到它本来的地位;也就是恢复它在其历史背景中的地位。儒学曾经只是盛行于古代中国的许多敌对的学派中的一派, 因此, 只要不把它看作精神的、道德的、哲学的权威的唯一源泉, 而只是在灿烂的哲学群星中的一颗明星, 那么, 儒学的被废黜便不成问题了。”
被誉为“只手打孔家店”的吴虞呼喊道：“孔二先生的礼教讲到极点，就非杀人吃人不成功，真是残酷极了……我们如今，应该明白，吃人的就是讲礼教的！讲礼教的就是吃人的呀！”
吴虞指出：“孔子自是当时之伟人, 然欲坚执其学以笼罩天下后世, 阻碍文化发展, 以扬专制之余焰, 则不得不攻之者, 势也。”
李大钊抨击孔子是“数千年前之残骸枯骨”，但也讲得明白“余之掊击孔子,非掊击孔子之本身,乃掊击孔子为历代君主所雕塑之偶像的权威也;非掊击孔子,乃掊击专制政治之灵魂也“。
鲁迅在其著名的讽刺小说《狂人日记》中通过“狂人”之口, 揭示了“礼教吃人”的本质:“我翻开历史一查, 这历史没有年代, 歪歪斜斜的每叶上都写着‘仁义道德’几个字。我横竖睡不着, 仔细看了半夜, 才从字缝里看出字来, 满本都写着两个字是‘吃人’!” “狂人”揭露了宗法封建礼教的反人道本质。
新文化运动高举民主和科学的大旗, 向封建思想和封建伦理道德发起猛烈的攻击。他们提倡新思想反对旧思想，沉重打击了封建主义, 是中国近代史上一次伟大的思想革命，把孔子从两千年的神坛上拉了下来，“以孔子是非为是非”的威权时代结束了，终结孔子及儒教的思想权威，迎接百花齐放思想自由的时代。
经过新文化运动的洗礼，孔子的形象终于落下神坛甚至到了某种程度的极端。1921年，新儒家代表人物梁漱溟在出版他的《东西文化及其哲学》一书时写到：“今天的中国，西学有人提倡，佛学有人提倡，只有谈到孔子羞涩不能出口”，以至于“孔子的道理成了不敢见人的东西”。
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