清廷入關後，為了對抗李自成的農民起義軍和南陽政府的反抗，特封雲南的吳三桂、廣東的尚可喜還有福建的耿精忠為藩王，平定叛亂。由於清朝統治力量不足以直接控制南方各個省份和縣衙，因此任命一些有功的漢人來接管一些南方的省份。而吳三桂、耿精忠和尚可喜則皆在名列之中，三方勢力合併成為“三藩”。
康熙帝
平定完叛亂的三藩各自擁兵自重，久據數省，且三藩勢力幾乎佔全國一半之多。不僅如此，吳三桂自持權重為人傲慢，且踞明桂王五華山舊宮為藩府，將明黔國公沐氏舊莊七百頃作為 藩莊，強佔民田，私鑄錢幣，日練兵馬，囤火藥利器。耿精忠更是“苛捐雜稅”弄得民不聊生，妄稱火耳者。尚可喜私充鹽商，每歲所獲不下數百萬真金白銀但對大清王朝還算忠心，無奈年老多病將其位置傳給尚之信，由於尚之信生性桀驁，酗酒弒殺，搞得官民怨憤，這三藩勢力實際上早就已經形成了藩鎮割據勢力。
康熙皇帝盲目的撤藩做法把吳三桂閉上了絕路，歷時八年的三藩之亂也因此拉開了帷幕。康熙十二年春，吳三桂誅殺雲南巡撫朱國治。提出“興明討虜”的口號，直接將矛頭指向了朝廷。並且拘捕了按察使以下所有不順從的官員，發佈檄文，自稱“元鎮守山海關總兵官，今奉旨總統天下水陸大元帥，興明討虜大將軍。”佯稱擁立“先皇三太子”興明討請。由此，浩浩蕩蕩的三藩之亂開始了。
康熙帝
清朝政權統一中原之後，民族矛盾在全國範圍內依然普遍存在這；階級矛盾在這時已經成為了主要的社會矛盾；當然了統治集團的內部矛盾依然也繼續存在著。因此，當吳三桂剛剛舉起反清復明的大旗時，便就得到了明皇室和鄭經集團、部分漢宮、漢兵以及一些少數民族的相繼回應。其中也包括四川的土司、苗族、察哈爾蒙古布爾尼、以及青海的墨爾根臺吉等民族的回應。
康熙十七年（1673年）七十四歲的吳三桂在衡州稱帝，國號大周，同年秋吳三桂病死，叛軍群龍無首，眾心瓦解。孫子吳世璠繼承皇位，清政府藉此機會發動進攻，從此叛軍一蹶不振，湖南、廣西、貴州、四川等地逐步被清政府攻陷。
康熙帝
康熙二十年代，清政府直逼雲南，吳世璠自殺，其餘人皆被招降，自此，三藩之亂終告平定。平定叛亂之後沒收了各藩王的財產，並且撤藩回京師。除吳三桂部下調往邊區之外，其餘各部重新編入八旗之中。徹底的消滅了藩鎮制。
三藩之亂的勝利同時也意味著被割據受到迫害的人民也得到了解放，給這些地區的社會經濟的恢復和發展也提供了必要的條件，也有利於邊疆和內地的經濟，文化的交流。
康熙帝
公元1683年康熙皇帝收復臺灣的明鄭政權，至此徹底的消滅了南明的抗清勢力。自此以後，反清復明的運動便不復存在。
對於康熙皇帝盲目的撤藩在史學界是飽受爭議的。但是，無論撤不撤藩吳三桂的叛亂只是遲早的事情，康熙皇帝的舉措也是十分冒險，自大清以前的歷代強盛王朝。其實都存在這如何撤藩的問題，武力撤藩，都會給國家帶來重大的損失，給人民百姓帶來巨大的災難。
康熙帝
但無疑的是，這次的平叛戰爭的勝利，清除了地方割據勢力，避免了一次國家的大分裂的同時也加強了中央集權，有利於多民族統一國家的鞏固和發展。如果說，康熙皇帝能夠以史為鑑，認真吸納歷史的教訓，在撤藩之前制定一個詳細的計劃和給予被撤藩的藩王一定的待遇安排等等。那麼，此次的藩王之亂會不會因此而避免呢？
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