關於日本人的來源，繩文人VS彌生人——比較支持“大和族”是後到的、從大陸半島渡來的，征服者。
在如Hammer2006年的數據中，259個日本人發現90個D2，佔34.9%，沒有其他D類型。不同地區日本人中，D的分佈很不平衡，在京都附近、九州島、本州島西部，是高比例的O而D少，而在北海道、種子島和沖繩，D的比例則很高，顯示了日本的最早的土著為D，後來為C，最後到達的是O人群，但O人群構成了當代日本大和族人的大部分主體父系成分，而日本土著阿伊努人則是D佔80%以上，C佔不到20%，沒有O。
從外部進入日本列島的路線主要有三條：即1.經過臺灣島、琉球群島抵達南九州；2.經過朝鮮半島、對馬島進入北九州；3.經過庫頁島進入北海道。現代基因分析指出，繩文人應當是通過第一種路線進入日本列島，並在之後的一萬年內遍佈日本全境。而彌生人則似乎是通過第二種路線進入的。
圖：日本列島中對酒精的耐受度分佈，從這個分佈圖我們大概能推測出，彌生人密集分佈於北陸、中部、近畿、中國地區，也在北九州、四國、關東地區有一定的比例。
“後來神武天皇東征，征服了今天的畿內地區，把根據地從日向國搬到了大和國、即現在的奈良縣，在上古直至奈良時代一直是倭王（天皇）的主要據點，也是《記紀》中神武東征以後描述的主要政治中心。”——神武東征。
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