PPP項目涉及的財務收益指標，根據回報機制和引用的政府付費計算公式不同以及計算決策主體不同，包括合理利潤率/綜合回報率、項目全投資內部收益率、資本金內部收益率和投資各方內部收益率等，這些指標含義與口徑不同，評價應用場景、角度與目標不同，因而實務中往往出現“張冠李戴”的現象，誤將有關公式計算中參數指標當成固定收益回報，將項目全投資財務內部收益率、資本金內部收益率看成是社會資本方投資的收益回報，不僅影響項目兩評一案的評審效率，而且影響政府、社會資本方投資對PPP項目的投資決策。
一、合理利潤率只是用來計算項目公司收入的一個過程參數指標，與項目公司和社會資本方的淨收益存在差異，更不是作為項目固定回報的判斷依據。
合理利潤率是應用《政府和社會資本合作項目財政承受能力論證指引》（財金[2015]21號）（以下簡稱21號文）文中計算政府付費公式所用到的參數指標，根據計算公式，該指標實際上是成本利潤率的含義，即根據社會資本方投入到項目公司的成本包括建設成本和運營成本，所應該獲得的合理利潤。
以完全政府付費項目為例，在不考慮“（1+折現率）^n”時間價值情況下，政府付費=建設成本×（1+合理利潤率）+運營成本×（1+合理利潤率）=（建設成本+運營成本）+（建設成本+運營成本）×合理利潤率=成本+成本投入應獲得的合理利潤。很顯然，政府付費包括了兩個部分，一部分是補償的建設成本和運營成本，另一部分是成本投入所獲得的合理利潤。
然而，實務中幾乎百分百的PPP項目，是要求項目公司就政府付費徵收增值稅和企業所得稅等，導致項目公司最後獲得的淨收益要小於合理利潤。
公式後面雖然考慮了“（1+折現率）^n”這個時間價值因素，但是，根據21號文，折現率如果取同期地方政府債券收益率水平，則項目公司獲得的政府付費，看起來似乎比“成本+利潤”要多，但這也僅僅是對因政府“分期付款”拉長付款時間後，成本與利潤在“付款期”的現值，如果折現到“運營期初”，實質上並沒有增加價值。況且，考慮繳納的增值稅和所得稅，政府付費彌補不了項目公司增加的稅負（可參看本人在PPP大講堂發表的《對財金[2015]21號文的財務修改建議》一文分析）。
所以，合理利潤率只是用來計算運營期每期（或每年）政府付費和項目公司收入的一個過程指標，在繳納增值稅和所得稅等稅金，以及考慮時間價值情況後，項目公司最終的淨利潤並不等於“（建設成本+運營成本）×合理利潤率”計算出來的“合理利潤”。
在績效考核還有扣款的情況下，項目公司收益水平更是小於合理利潤率。
即便項目公司資本金由社會資本方100%出資，由於項目公司淨利潤不等於“合理利潤”，則社會資本方的“投資收益”也不可能等於“合理利潤”，因此，合理利潤率不等於社會資本方的投資收益率。
缺口性付費的計算原理及其合理利潤率的涵義與作用同於完全政府付費。
等額本息法下所用的綜合回報率（i）與21號文公式中的合理利潤率含義及其對項目公司和社會資本方收益的影響原理基本一樣，不做贅述。
二、PPP項目投資內部收益率和資本金內部收益率是以“項目公司”為邊界分別計算的不同收益指標，與社會資本方投資內部收益率的計算範圍、口徑不一致，不能作為社會資本方投資收益指標。
PPP項目投資內部收益率，也稱融資前內部收益率，是以項目全部建設成本、運營成本、稅金和其他費用作為現金流出，以政府付費（分為完全政府付費或缺口補助）和使用者付費作為全部現金流入，分別折現對比後在項目淨現值為零時的收益率。由於項目投資內部收益率不考慮債務融資，因此，計算項目投資內部收益率的現金流出中，不含債務融資的本金和利息支出。
項目投資內部收益率分為稅前和稅後兩種，稅前項目投資內部收益率是不考慮所得稅情況下的收益率，而稅後項目投資內部收益率，是考慮“調整所得稅”後的項目投資所能達到的收益水平。由於項目投資內部收益率不考慮債務融資，所以，應納稅所得額沒有利息支出，在沒有其他應納稅調整的情況下，等同於“息稅前利潤”，因此，調整所得稅要大於考慮利息支出後計算出來的所得稅數額。
稅前項目投資內部收益率高低是作為項目債務融資決策的主要依據，如果該指標大於債務融資成本（稅前），則項目可以進行債務融資，並可獲得財務槓桿收益，反之，項目不能進行債務融資。
資本金內部收益率也是以項目公司為邊界計算的收益率，與項目投資內部收益率的差別，在計算現金流出口徑時，資本金內部收益率的現金流出=項目全部資本金+項目全部運營成本+項目全部債務本金及運營期利息支出+所得稅，而項目投資內部收益率現金流出=項目全部建設成本+項目全部運營成本+調整所得稅。
項目投資內部收益率和資本金內部收益率的現金流的計算空間範圍都是項目公司，現金流的時點也是一致的。
PPP項目投資各方內部收益率的現金流計算，是以各投資方與項目公司之間的現金流入和流出的“管道”為邊界。在社會資本方又是施工方的情況下，社會資本方現金流要考慮施工收支，其現金流出主要是投資方己方的實繳資本+施工支出，現金流入=施工收入+投資分紅+資本金回收。
由於施工和工程款結算進度的差異，項目公司何時盈利及提取盈餘公積、如何分紅，資本金沉澱及收回受限等眾多因素，影響著社會資本方投資的現金流口徑和時點，所以，社會資本方投資內部收益率與項目投資內部收益率和資本金內部收益率計算與結果都存在著差異。
項目投資內部收益率、資本金內部收益率與社會資本方投資內部收益率在現金流計算口徑上的差異見下表：
所以，合理利潤率既不能作為衡量項目公司和社會資本方投資PPP項目的收益指標，也不能作為項目固定回報的判斷依據；PPP項目社會資本方（假定也是施工方）投資收益應考慮“己方實繳資本金（而不是項目資本金）+施工淨現金流（施工收入-施工支出）+分紅（而非項目利潤）+資本金回收”等因素，準確計算和使用投資內部收益率指標，及早與政府溝通，挖掘影響收益率的指標因素，加快現金流入，而不是簡單的以項目投資內部收益率和資本金內部收益率作為投資決策依據。
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