PPP项目涉及的财务收益指标，根据回报机制和引用的政府付费计算公式不同以及计算决策主体不同，包括合理利润率/综合回报率、项目全投资内部收益率、资本金内部收益率和投资各方内部收益率等，这些指标含义与口径不同，评价应用场景、角度与目标不同，因而实务中往往出现“张冠李戴”的现象，误将有关公式计算中参数指标当成固定收益回报，将项目全投资财务内部收益率、资本金内部收益率看成是社会资本方投资的收益回报，不仅影响项目两评一案的评审效率，而且影响政府、社会资本方投资对PPP项目的投资决策。
一、合理利润率只是用来计算项目公司收入的一个过程参数指标，与项目公司和社会资本方的净收益存在差异，更不是作为项目固定回报的判断依据。
合理利润率是应用《政府和社会资本合作项目财政承受能力论证指引》（财金[2015]21号）（以下简称21号文）文中计算政府付费公式所用到的参数指标，根据计算公式，该指标实际上是成本利润率的含义，即根据社会资本方投入到项目公司的成本包括建设成本和运营成本，所应该获得的合理利润。
以完全政府付费项目为例，在不考虑“（1+折现率）^n”时间价值情况下，政府付费=建设成本×（1+合理利润率）+运营成本×（1+合理利润率）=（建设成本+运营成本）+（建设成本+运营成本）×合理利润率=成本+成本投入应获得的合理利润。很显然，政府付费包括了两个部分，一部分是补偿的建设成本和运营成本，另一部分是成本投入所获得的合理利润。
然而，实务中几乎百分百的PPP项目，是要求项目公司就政府付费征收增值税和企业所得税等，导致项目公司最后获得的净收益要小于合理利润。
公式后面虽然考虑了“（1+折现率）^n”这个时间价值因素，但是，根据21号文，折现率如果取同期地方政府债券收益率水平，则项目公司获得的政府付费，看起来似乎比“成本+利润”要多，但这也仅仅是对因政府“分期付款”拉长付款时间后，成本与利润在“付款期”的现值，如果折现到“运营期初”，实质上并没有增加价值。况且，考虑缴纳的增值税和所得税，政府付费弥补不了项目公司增加的税负（可参看本人在PPP大讲堂发表的《对财金[2015]21号文的财务修改建议》一文分析）。
所以，合理利润率只是用来计算运营期每期（或每年）政府付费和项目公司收入的一个过程指标，在缴纳增值税和所得税等税金，以及考虑时间价值情况后，项目公司最终的净利润并不等于“（建设成本+运营成本）×合理利润率”计算出来的“合理利润”。
在绩效考核还有扣款的情况下，项目公司收益水平更是小于合理利润率。
即便项目公司资本金由社会资本方100%出资，由于项目公司净利润不等于“合理利润”，则社会资本方的“投资收益”也不可能等于“合理利润”，因此，合理利润率不等于社会资本方的投资收益率。
缺口性付费的计算原理及其合理利润率的涵义与作用同于完全政府付费。
等额本息法下所用的综合回报率（i）与21号文公式中的合理利润率含义及其对项目公司和社会资本方收益的影响原理基本一样，不做赘述。
二、PPP项目投资内部收益率和资本金内部收益率是以“项目公司”为边界分别计算的不同收益指标，与社会资本方投资内部收益率的计算范围、口径不一致，不能作为社会资本方投资收益指标。
PPP项目投资内部收益率，也称融资前内部收益率，是以项目全部建设成本、运营成本、税金和其他费用作为现金流出，以政府付费（分为完全政府付费或缺口补助）和使用者付费作为全部现金流入，分别折现对比后在项目净现值为零时的收益率。由于项目投资内部收益率不考虑债务融资，因此，计算项目投资内部收益率的现金流出中，不含债务融资的本金和利息支出。
项目投资内部收益率分为税前和税后两种，税前项目投资内部收益率是不考虑所得税情况下的收益率，而税后项目投资内部收益率，是考虑“调整所得税”后的项目投资所能达到的收益水平。由于项目投资内部收益率不考虑债务融资，所以，应纳税所得额没有利息支出，在没有其他应纳税调整的情况下，等同于“息税前利润”，因此，调整所得税要大于考虑利息支出后计算出来的所得税数额。
税前项目投资内部收益率高低是作为项目债务融资决策的主要依据，如果该指标大于债务融资成本（税前），则项目可以进行债务融资，并可获得财务杠杆收益，反之，项目不能进行债务融资。
资本金内部收益率也是以项目公司为边界计算的收益率，与项目投资内部收益率的差别，在计算现金流出口径时，资本金内部收益率的现金流出=项目全部资本金+项目全部运营成本+项目全部债务本金及运营期利息支出+所得税，而项目投资内部收益率现金流出=项目全部建设成本+项目全部运营成本+调整所得税。
项目投资内部收益率和资本金内部收益率的现金流的计算空间范围都是项目公司，现金流的时点也是一致的。
PPP项目投资各方内部收益率的现金流计算，是以各投资方与项目公司之间的现金流入和流出的“管道”为边界。在社会资本方又是施工方的情况下，社会资本方现金流要考虑施工收支，其现金流出主要是投资方己方的实缴资本+施工支出，现金流入=施工收入+投资分红+资本金回收。
由于施工和工程款结算进度的差异，项目公司何时盈利及提取盈余公积、如何分红，资本金沉淀及收回受限等众多因素，影响着社会资本方投资的现金流口径和时点，所以，社会资本方投资内部收益率与项目投资内部收益率和资本金内部收益率计算与结果都存在着差异。
项目投资内部收益率、资本金内部收益率与社会资本方投资内部收益率在现金流计算口径上的差异见下表：
所以，合理利润率既不能作为衡量项目公司和社会资本方投资PPP项目的收益指标，也不能作为项目固定回报的判断依据；PPP项目社会资本方（假定也是施工方）投资收益应考虑“己方实缴资本金（而不是项目资本金）+施工净现金流（施工收入-施工支出）+分红（而非项目利润）+资本金回收”等因素，准确计算和使用投资内部收益率指标，及早与政府沟通，挖掘影响收益率的指标因素，加快现金流入，而不是简单的以项目投资内部收益率和资本金内部收益率作为投资决策依据。
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