河姆渡头骨的长狭颅型和偏低的面型与澳大利亚-尼格罗人种头骨较为相似，鼻骨低平，凹形鼻梁，颧骨大而突出，低矮的眶形，和澳大利亚-尼格罗人种的性状相近。澳大利亚人类学家贝尔德姆认为，澳大利亚居民的祖先是河姆渡人。
浙江大学陈桥驿教授明确断言，良渚文化是河姆渡文化的继承者，良渚文化以河姆渡文化为基础主体，同时受到马家浜--崧泽文化的影响，马家浜--崧泽文化是支源之一。考古表明河姆渡和良渚是浙江史前文化的一头一尾，遗存非常丰富，均为浙江史前文化的两朵花，属于同一文化系统。 已知良渚人基本上属于O1a-M119，主要继承河姆渡文化，在体质上具有一定程度的继承关系。广富林良渚文化先民体质研究：体质特征以中型颅为主，较小的上面高和中等偏大的面宽，中眶型，略微的阔鼻型，短颌型，略大的面部扁平度，中颌型和突颌型，肢骨纤细，身材矮小，人种上属于古华南类型，与河姆渡人体质差距不大，属于同一种系。菲律宾人印尼人O1a较为高频，体质上属于东南亚人种：低面、低眶、突颌、颧骨突出、身材矮小。历史上百越O1a-M19被北方人O3-M122彻底取代了，终于形成了江浙O3多O1a少的现状局面，在体质上介于东亚人种与南亚人种之间，甚至接近东亚人种。
可有人不认为良渚人和河姆渡人有继承关系，那么我们根据河姆渡人骨具有类似澳大利亚-尼格罗人种的考古事实，由此推测河姆渡人为C系，合不合理？因为现在江浙沪C3高达20%，较为接近O1a比例。澳大利亚人种C4-M347非常高频。
祖先单倍群C*-M130只在南方地区检测到，C3*-M217的呈现了南北两个分布中心，而C3c-M48只分布在东北以及西伯利亚地区。江浙沪C系全都是C3*，确是原先江浙一带百越的土著遗民，但几乎没有蒙古C3c，C3c只见于北亚少数民族。Y-STRs的分析结果表明C3c单倍群是从南方进入北亚地区的。湖南土家族、贵州侗族C3*高达30%，高于北方汉族。上海C3系高达22%，苏南16%，无疑是古代百越的土著遗民。C系在东南及其西南的多样性最高，存在不少最原始的C*，是南方C3*、北方C3a和北亚C3c的超级祖型，支持C系南亚起源论。
突颌是东南亚人种的典型特征，新石器时代浙江人（河姆渡人）突颌程度居于首位，广东第二，福建第三，均是南方人群。
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