河姆渡頭骨的長狹顱型和偏低的面型與澳大利亞-尼格羅人種頭骨較為相似，鼻骨低平，凹形鼻樑，顴骨大而突出，低矮的眶形，和澳大利亞-尼格羅人種的性狀相近。澳大利亞人類學家貝爾德姆認為，澳大利亞居民的祖先是河姆渡人。
浙江大學陳橋驛教授明確斷言，良渚文化是河姆渡文化的繼承者，良渚文化以河姆渡文化為基礎主體，同時受到馬家浜--崧澤文化的影響，馬家浜--崧澤文化是支源之一。考古表明河姆渡和良渚是浙江史前文化的一頭一尾，遺存非常豐富，均為浙江史前文化的兩朵花，屬於同一文化系統。 已知良渚人基本上屬於O1a-M119，主要繼承河姆渡文化，在體質上具有一定程度的繼承關係。廣富林良渚文化先民體質研究：體質特徵以中型顱為主，較小的上面高和中等偏大的面寬，中眶型，略微的闊鼻型，短頜型，略大的面部扁平度，中頜型和突頜型，肢骨纖細，身材矮小，人種上屬於古華南類型，與河姆渡人體質差距不大，屬於同一種系。菲律賓人印尼人O1a較為高頻，體質上屬於東南亞人種：低面、低眶、突頜、顴骨突出、身材矮小。歷史上百越O1a-M19被北方人O3-M122徹底取代了，終於形成了江浙O3多O1a少的現狀局面，在體質上介於東亞人種與南亞人種之間，甚至接近東亞人種。
可有人不認為良渚人和河姆渡人有繼承關係，那麼我們根據河姆渡人骨具有類似澳大利亞-尼格羅人種的考古事實，由此推測河姆渡人為C系，合不合理？因為現在江浙滬C3高達20%，較為接近O1a比例。澳大利亞人種C4-M347非常高頻。
祖先單倍群C*-M130只在南方地區檢測到，C3*-M217的呈現了南北兩個分佈中心，而C3c-M48只分布在東北以及西伯利亞地區。江浙滬C系全都是C3*，確是原先江浙一帶百越的土著遺民，但幾乎沒有蒙古C3c，C3c只見於北亞少數民族。Y-STRs的分析結果表明C3c單倍群是從南方進入北亞地區的。湖南土家族、貴州侗族C3*高達30%，高於北方漢族。上海C3系高達22%，蘇南16%，無疑是古代百越的土著遺民。C系在東南及其西南的多樣性最高，存在不少最原始的C*，是南方C3*、北方C3a和北亞C3c的超級祖型，支持C系南亞起源論。
突頜是東南亞人種的典型特徵，新石器時代浙江人（河姆渡人）突頜程度居於首位，廣東第二，福建第三，均是南方人群。
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