陈寅恪是现在公认的史学大师，甚至称为“教授中的教授”。余英时在总结陈寅恪一生的学术研究，曾说到他有三个转变，即从“殊族之文，塞外之史”到“中古以降民族文化史”再到新中国成立后的“心史”。其中第二个转变，也就是研究“中古以降民族文化史”时期，正是从他到西南联合大学开始，一直延续到1949年。
为什么陈寅恪会放弃曾经浸淫几十年的中外语言比较、佛教史和交通史研究？一个原因是陈寅恪在1938年从香港辗转来到云南蒙自西南联合大学任教时，托运的大量书籍和手稿被人偷走，几十年的研究心血自此丧失。第二个更深层的原因则是面对中国大片国土沦陷，社会上很多人觉得中国必亡。陈寅恪尝试从文化和历史上面寻找中国不会亡的依据，为联大的学生和世人树立抗战到底的决心。
1940年，陈寅恪完成了他的代表作《隋唐制度渊源略论稿》。这本书的出版，一举奠定了陈寅恪在中古史研究的地位。在该书中，陈寅恪提出了“关陇集团”和“关中文化本位说”。陈寅恪认为，从魏晋南北朝纷乱格局到隋唐大一统时代，决定统一因素的并不是南方的宋、齐、梁、陈等经济发达的政权，而是处于西北部的，武力和经济相对落后的西魏—北周政权。陈寅恪在该书中多次提到，经济和武力是否强大固然重要，但是用文化收拢人心更是关键。西魏—北周之所以能够夺得天下，“除整军务农、力图富强等充实物质之政策外，必应别有精神上独立有自成一系统之文化政策，其作用既能文饰辅助其物质即整军务农之进行，更可以维系其关陇辖境以内之胡汉诸族之人心，使其融合成为一家，以关陇地域为本位之坚强团体”。
陈寅恪的理论颇具有时代色彩。其背后的目的，是想以此说明，虽然中国军队在抗战中处于劣势，但是只要文化精神不灭，即使中国亡国，也能再次复兴。因此，陈寅恪提出了历史学的重要性：“国可亡，而史不可灭。国亡然能有史，则殷鉴不远。从善去恶，国可再建。如无史，何所鉴戒？何所取法？华夏民族无从因袭，将不复存在矣。”
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