1399年——燕王朱棣起兵北平，以“清君側”之名，發動“靖難之役”。
靖難之役，又稱靖難之變，是建文元年（1399年）到建文四年（1402年）明朝統治階級內部爭奪帝位的戰爭。
明太祖朱元璋在位時把兒孫分封到各地做藩王，藩王勢力日益膨脹。因太子朱標早逝，洪武三十一年（1398年），皇太孫朱允炆繼位，是為建文帝。 建文帝與親信大臣齊泰、黃子澄等採取一系列削藩措施。與此同時，也在北平周圍及城內部署兵力，又以防邊為名，把明太祖第四子燕王朱棣的護衛精兵調出塞外戍守，準備削除燕王。
朱棣於建文元年（1399年）起兵反抗，隨後揮師南下，史稱“靖難之役”。建文帝起用老將耿炳文統兵北伐，又派李景隆繼續討伐，而建文帝也缺乏謀略，致使主力不斷被殲。朱棣適時出擊，靈活運用策略，經幾次大戰消滅南軍主力，最後乘勝進軍，於建文四年（1402年）攻下帝都應天（今江蘇南京）
戰爭歷時四年（1399—1402年）。戰亂中建文帝下落不明，或說於宮中自焚死，或說由地道逃去，隱藏於雲、貴一帶為僧。 同年，朱棣即位，是為明成祖。
洪武三年（1370年）四月，明太祖朱元璋為確保明王朝的長治久安，想方設法加強皇室本身的力量，其具體的辦法就是分封諸王。他把宗室二十五人（24個兒子和1個從孫）封為藩王，分駐北部邊境和全國各戰略要地，想通過他們來屏藩皇室。朱元璋是這樣說的：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。”從全國來看，這些封藩主要有兩類，一是腹裡，二是邊塞要地。受封諸王在自己的封地建立王府，設置官屬，地位相當高，公侯大臣進見親王都得伏而拜謁。
明朝初年，每一個藩王食糧萬石，並有軍事指揮權，於王府設親王護衛指揮使司，轄軍三護衛。護衛甲士少者3000人，多者1.9萬人。九位塞王（遼、寧、燕、谷、代、晉、秦、慶、肅）因有防禦蒙古貴族侵擾的重任，所以護衛甲士尤多。北平的第四子燕王朱棣擁兵10萬，大寧的第十七子寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”。 他們在邊塞負責築城屯田、訓練將兵、巡視要害、督造軍器。晉王、燕王多次出塞征戰，打敗蒙元殘餘勢力的軍隊，尤被重視，軍中大將皆受其節制，甚至特詔二王軍中小事自斷，大事才向朝廷報告。尤其是燕王，由於功績卓著，朱元璋令其“節制沿邊士馬”，地位獨尊
藩王勢力的膨脹，勢必對中央政權構成威脅。在朱元璋大封諸王的時候，時任平遙縣訓導的葉伯巨就指出，藩王勢力過重，數代之後尾大不掉，到那時再削奪諸藩，恐怕會釀成漢代“七國之亂”、西晉“八王之亂”的悲劇。提醒朱元璋“節其都邑之制，減其衛兵，限其疆土”。朱元璋不但聽不進勸告，反而將其下獄囚死。
在分封之中，朱元璋曾規定凡受封諸王必須離開京城，到封地就藩。不允許各親王之間相互往來，即使入朝，也不能同時前來，必須一王離京，另一王才可啟程。朱元璋此舉的目的在於避免諸王相互串聯，與中央相對抗。所以，諸王就藩，可以說是“生離死別”。但朱元璋的用心良苦，卻未能收到預期的後果。
太祖朱元璋成法中有一條是關於“靖難”的。朱元璋當國時，恐權臣篡權，規定藩王有移文中央索取奸臣和舉兵清君側的權利，他在《皇明祖訓》中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”朱棣以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，並稱自己的舉動為“靖難”，即靖禍難之意 。故而靖難之役中朱棣的口號是“清君側，靖國難”。這其中，“靖難”的意思：“靖”指平息，掃平，清除。“靖難”代表平定禍亂，平息戰亂，掃平奸臣的意思。不過太祖的成法裡面還有一條就是皇帝先召喚藩王，藩王才能起兵，且成功剷除奸臣後要五日之內離京。所以這不過是朱棣想要奪取皇位的一個藉口而已。
建文四年（1402年）六月十三，燕軍抵金陵。徐增壽作內應，事敗，被朱允炆親自誅殺於左順門。守衛金川門（位於南京城西北面）的朱橞和李景隆望見朱棣麾蓋，開門迎降，是為金川門之變。[157-159] 燕軍攻入金陵，江山易主。靖難之役結束。戰爭雖結束，與此相關的歷史卻在發展。燕王進京後，宮中起火，建文帝下落不明。有的說建文帝於宮中自焚而死，或雲建文帝由地道出亡，落髮為僧，雲遊天下，傳說他於正統朝入居宮中，壽年而終；又有一說建文帝逃至東南亞，鄭和下西洋的其中一個目的就是尋找建文帝。建文帝的真正下落已不可確考，成為明史上的一大懸案。
燕軍進入南京後，朱允炆在皇宮放火，朱允炆本人不知所終；此後其下落成為謎團。朱棣入城後，派人找出馬皇后的屍體，指認其為朱允炆，並執其手哭“傻小子，何苦如此！”。隨後六月二十日，以天子禮葬朱允炆，造成建文帝已死的假象。而朱允炆的下落成為了千古迷題。據傳，鄭和下西洋的初衷之一便是搜尋建文帝的蹤跡。而另一路是胡濙密訪江浙一帶。
朱棣進入南京之後，翰林院編修楊榮迎於馬首，說：“殿下先謁陵乎？先即位乎？”點醒朱棣。次日（建文四年六月十四）起，諸王及文武群臣多次上表勸進，朱棣不允。數日後（六月十七），朱棣謁孝陵，並於當日即皇帝位，是為明太宗（後改為成祖）。重建奉天殿（舊殿被朱允炆所焚），刻玉璽。同年十一月十三日，封王妃徐氏為皇后。
朱棣不承認建文年號，七月初一（一說六月十八），將建文元、二、三、四年改為洪武三十二至三十五年，次年改為永樂元年。凡建文年間貶斥的官員，一律恢復職務（如靖難初期因離間被貶的江陰侯吳高被再次起用，守大同）；建文年間的各項改革一律取消；建文年間制定的各項法律規定，凡與太祖相悖的，一律廢除。但一些有利於民生的規定也被廢除，如建文二年（1400年）下令減輕洪武年間浙西一帶的極重的田賦，至此又變重
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