在1917年，張勳復辟之後，孫中山邀請革命同志在廣東護法，在廣中召開了“非常國會”，孫中山被推舉委中華民國軍政府大元帥，滇系唐繼堯和桂系陸榮廷為元帥。陸榮廷本來是“兩廣巡閱使”，在府院之爭後宣佈兩廣自主。雖然桂系在表面上是響應護法運動的，但是實際上只是想借助孫中山的護法運動讓他完美的控制自己的地盤。
孫中山在廣州成立軍政府，明顯是在陸榮廷頭上加開一座“太上政府”，這點讓陸榮廷很是不滿意。一開始桂系軍閥只是對孫中山的軍政府不聞不問，慢慢的發展成了公開破壞。原粵督陳炳錕驅逐了廣東省長朱慶瀾，把朱慶瀾交給廣東軍政府的警衛軍軍權收回，讓孫中山很是不滿。在莫榮新繼任粵督後，莫榮新的所作所為讓孫中山更為憤怒。
為了擴充軍政府的軍隊，孫中山曾派人到廣東各縣去招募民軍。在桂系軍閥的地盤去招募民軍，這讓桂系的人十分忌恨，陸榮廷對此事表示強烈的反對。要求孫中山軍政府立刻停止招募，把招來的士兵遣散回鄉。孫中山只好下令除了潮梅外的部隊一律停止招募。軍政府組織的潮梅軍是為了討伐潮汕鎮守使，但是潮梅軍第一支隊司令金國治卻被桂系給誘殺了，部隊也被遣散。莫榮新得到報告後，又命令各縣把招兵人員以“土匪”的罪名槍決，大元帥府戍衛部隊的連排長和新招的六十多名士兵也被誣指為“土匪”後被槍殺。孫中山強烈要求莫榮新給個說法，嚴懲兇手，向軍政府謝罪。但是莫榮新對孫中山置之不理。
憤怒之下的孫中山，決定要懲治下莫榮新。在1918年的1月3日晚上，孫中山帶著親信和少量的警衛部隊，登上同安、豫章兩艘戰艦，向督軍署所在的觀音山進行炮擊。孫中山親自轟了幾炮之後，命令炮手連續轟擊了七十多發炮彈。在轟擊督軍署的時候，孫中山命令陸上的陳炯明響應行動，但是陳炯明認為孫中山此舉太過於輕率，於是按兵不動。除了遊擊司令李安邦的小兵艦向桂軍掃射了幾槍外，陸上部隊全無響應。
莫榮新則是採取了“不理睬”政策，命令手下不許還擊，同時還給在海珠艦的海軍總長辦公室打電話，向海軍總長程璧光報告遭受海軍軍艦轟擊，請求緊急調處！程璧光急忙派海琛艦前往傳達“停止炮擊，開回省城”的命令。同安、豫章二艦起事後得不到陸軍的響應，又接到長官命令，只得返回省城！
在炮擊觀音山的第二天，各界人士和中華革命黨的一些元老們對這件事主張調解。莫榮新親自到大元帥府“謝罪”。孫中山趁機向桂系提出了五個條件，包括承認軍政府是護法各省的最高領導機構；大元帥可以全權統率軍隊；廣東督軍由廣東人選，必要時大元帥可以直接任免；被抓捕的民軍交給軍政府處理；廣東的外交人員由軍政府任命。莫榮新表示前三條要向陸榮廷請示，後面兩條“由軍政府處理”修改成“獲得軍政府同意”！這其實相當於一個條件也沒答應。
1月9日，孫中山在大元帥府招待各界代表，說明了炮擊觀音山的原因。他表示這次莫榮新既然沒有還擊，又能接受條件，軍政府能存活下去，就不必苛求了。雖然莫榮新在炮擊觀音山之後對孫中山唯唯諾諾，謝罪道歉認錯。但是並沒有放棄打壓軍政府。在桂系軍閥的操縱下，軍政府從大元帥制變為七位總裁共同決議的總裁制，雖然孫中山也是七位總裁之一，但是他的權力已經被西南軍閥給篡奪了。無奈之下的孫中山離開了廣州前往上海，繼續去尋找救國救民的道路。
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