第一章 城市更新/舊改申報階段
一、前期費用支出如何做進開發主體，如何處理發票問題
二、拆遷安置補償費用的標準設定以及稅局允許稅前扣除的上限標準，拆補費用的發票/收據處理問題
三、開發商支付貨幣補償（拆補費用）的財稅處理，開發商支付返遷物業（拆賠物業）視同銷售的增值稅、土增稅、所得稅處理問題
四、被拆遷單位/個人取得拆遷安置補償所得（現金或物業）的應稅分析（增值稅、土增稅、印花稅、契稅、所得稅）
五、村集體非農建設用地與開發商的合作模式（非農原地開發與城市更新情形）——以深圳為例
六、合作開發與合作建房問題
筆者按
房地產企業的財稅處理是一項綜合和系統的工程，除了會計和稅務本身的技術處理，地產企業的財務工作更多地需服從於開發、融資、風控等目的，這也意味著地產企業的財務、法務及業務口的人員均應具備一定的綜合能力。筆者在十幾年的地產從業經歷中分別從事過法務、風控、開發、併購、融資等相關工作，根據近年來筆者於西政投資集團經辦地產項目投融資的工作經驗，筆者特就房地產開發建設全程常見的法律財稅核心問題的處理作系列的經驗分享。因財稅的處理有很強的地域性特徵，筆者的相關闡述可能在實操層面存在瑕疵或在各地有操作方面的較大差異，如有不當之處，敬請讀者批評指正。
第一章 城市更新/舊改申報階段
一、前期費用支出如何做進開發主體，如何處理發票問題
地產行業存在著大量的母公司或關聯公司完成前期拓展後直接由全資子公司或其他關聯方取得土地並完成開發建設的情形。以2016年12月29日《深圳市人民政府辦公廳印發關於加強和改進城市更新實施工作暫行措施的通知》（深府辦〔2016〕38號）第二十五條“規範實施主體資格。對本暫行措施施行後納入我市城市更新單元計劃的城市更新項目，涉及房地產開發經營的，在申請實施主體確認時，申請人應當具備房地產開發資質並提交相關證明材料，屬於原權利主體自行改造的項目除外。”的規定為例，因深圳城市更新的申報主體無資質要求，加上現在要求實施主體必須必備資質，因此實務中存在大量申報主體與實施主體不一致的情形。就前期公司的費用支出而言，主要按如下三類進行處理：
（一）拆補類協議
如涉及實施主體的確認，最好是做合同主體的變更，或者申報主體將合同權利義務概括轉移至實施主體。另外在土增稅的稅前扣除層面，合同、流水、收據應保持一致。（備註：一般在拆補協議簽訂時開發商都須設置合同權利義務的概括轉移條款）
（二）其他前期費用
原則上是三流一致，具體來說一般都是看是否已履行完畢，如果已經履行完畢，則是否已開票，如果尚未履行，則儘量做權利義務的概括轉移，如果已經部分履行，則看是否已經實際付款和開票，其中：
1.已籤合同未開票部分：合同權利義務的概括轉讓（已付款部分按委託付款處理）；
2.已籤合同且已開票的部分：以委託管理等方式處理，申報主體（前期公司）對實施主體（開發主體）開具發票，實施主體付費，但注意控制金額（也即需具有合理商業目的或者合理性）。
3.其他費用（如臺底費）的處理：稅收優惠地載體的前期顧問服務費、諮詢費等（除具備商業合理性外，還需注意其他合規風險，具體請參見本公眾號“西政資本”2018年3月21日推文《稅收優惠地稅籌運用系列（一）：合夥企業的納稅分析、稅收優惠政策分解暨常規的稅籌應用場景（以個人股權轉讓為例）》。
二、拆遷安置補償費用的標準設定以及稅局允許稅前扣除的上限標準，拆補費用的發票/收據處理問題
（一）拆賠的上限問題
以深圳為例，深圳城市更新的拆賠屬於完全的市場行為，但稅局受《深圳經濟特區城市更新條例（草案稿150731）》的條款影響頗大，且規土委、更新局於2017年12月開始對拆補備案的真實性和合理性開啟實質審查的模式，也即今後的拆賠金額將失去很多“操作”空間。
值得注意的是，《深圳經濟特區城市更新條例（草案稿150731）》發佈一週後就被撤回，其中拆補方面有給出指導性的拆賠比例，針對木頭龍項目也有出具針對性的5%的強拆規定，但因該規定負面影響較為甚遠，因此後面未再發布。具體條款原文如下：第五十一條【權益轉換標準】建築物產權置換按照建築物使用面積（套內建築面積）測算，置換比例不得低於1:1，但是不得高於1:1.3。土地產權置換房產按照土地面積乘以經批准的項目建築容積率的50%的標準測算。土地貨幣補償按照土地市場評估價計算。建築物貨幣補償按照建築物重置的市場評估價計算。第五十九條【強制徵收】 市場主體組織實施拆除重建類城市更新項目，如果不願參與權益轉換和簽訂搬遷安置補償協議權利人不超過5%，則項目實施主體可以按照經核准的權益轉換方案中強制徵收補償承諾，確定徵收補償金額並預繳承買價款，申請區政府強制徵收不願參與權益轉換和簽訂搬遷安置補償協議權利人的房地產並出售給項目實施主體。
受上述規定的影響，拆賠所涉貨幣補償和房屋補償在稅務稽查層面均以市場經濟性（成本利潤率）與商業合理性為導向，其中商業合理性有兩個衡量因素，一是稅務機關的預警線（如未達到5%至10%的土增稅平均繳納稅率），二是投資回報的合理性（如投資利潤率）。舉一案例來說明，假設現狀物業（工業廠房）有20000平，現狀評估值為15000元每平，專規批覆的總建面為50000平，預計完成開發後的銷售單價為40000元每平，則拆補費用是否以下四種方式都可以作為計算基礎：（1）現狀價值20000*15000=3億；（2）項目周邊同期同類的拆補市場價5億；（3）按1:1.3的回遷房價值20000*1.3*40000=10.4億；（4）參照買地處理——按樓面地價計算拆補費用50000*當前市場樓面地價25000=12.5億（扣除需補繳的地價）。對於該問題，就稅務實踐而言，拆補對價原則上應為現狀價值，但回拆補費用的上限可為回遷房屆時的市場價值折算NPV（根據西政資本的項目操作經驗，深圳稅局傾向於將建成後新房價值的一定折扣作為拆賠費用合理性的上限判斷標準，另外原發布後一週不到又撤回的上述拆賠指導性文件1:1至1:1.3的拆賠比事實上被默認為拆賠的參考上限）。
（二）拆補支出的票據問題
1、規範層面
《財政部國家稅務總局關於明確金融房地產開發教育輔助服務等增值稅政策的通知》（財稅[2016]140號）七、《營業稅改徵增值稅試點有關事項的規定》（財稅〔2016〕36號）第一條第（三）項第 10點中“向政府部門支付的土地價款”，包括土地受讓人向政府部門支付的徵地和拆遷補償費用、土地前期開發費用和土地出讓收益等。房地產開發企業中的一般納稅人銷售其開發的房地產項目（選擇簡易計稅方法的房地產老項目除外），在取得土地時向其他單位或個人支付的拆遷補償費用也允許在計算銷售額時扣除。納稅人按上述規定扣除拆遷補償費用時，應提供拆遷協議、拆遷雙方支付和取得拆遷補償費用憑證等能夠證明拆遷補償費用真實性的材料。
《東莞市集體經濟組織與企業合作實施“三舊”改造操作指引》（東府辦〔2015〕108號）第九章 稅收徵管第四十九條 現階段國家沒有專門針對“三舊”改造出臺稅收政策，主管稅務機關在實務中會根據個案的具體情況來判斷適用的稅收政策，而不僅限於當事各方所立合同協議約定以及產權權屬的形式。合作雙方應關注“營改增”的全面實施以及房地產稅等相關政策變化對項目開發的影響。第五十條 各鎮（街道）與合作改造的當事各方應規範憑證的管理。按照規定應繳納營業稅等相關稅費的土地、不動產徵收補償收入，被徵收土地、不動產的單位和個人應按規定開具發票或者申請稅務機關代開發票。按照規定屬於不徵收或暫不徵收營業稅的土地、不動產徵收補償收入，被徵收土地、不動產的單位和個人不開具發票。各鎮（街道）按當地標準向改造主體收取的費用，各鎮（街道）應與屬地主管稅務機關規範憑證使用。
2、實務層面
以深圳為例，拆賠類支出只需合同、流水、收據以及證明拆賠真實性的文件即可，不需取得發票，但東莞區域有例外。以西政投資集團在東莞地區經辦項目的經驗為例，鳳崗及其周邊鎮區拆遷安置補償費用納入開發商土增稅前扣除時需以取得被拆遷方開具的“銷售不動產”發票為前提（增值稅老項目按5%），另外2017年下半年東莞個別地區開出了“拆遷安置補償費發票”，稅率是3%。而大嶺山等鎮區的拆補費用卻不需要被拆遷方開具發票。值得注意的是，外地開發商進入東莞市場時普遍認為拆補費用的支付不需取得發票，但在個別鎮區開發商完成開發建設後很容易碰到土增稅清算無法稅前扣除的問題。
三、開發商支付貨幣補償（拆補費用）的財稅處理，開發商支付返遷物業（拆賠物業）視同銷售的增值稅、土增稅、所得稅處理問題
1. 增值稅
營改增前，《國家稅務總局關於外商投資企業從事城市住宅小區建設徵收營業稅問題的批覆》（國稅函發[1995]549號，全文已廢止）“對外商投資企業從事城市住宅小區建設，應當按照《中華人民共和國營業稅暫行條例》的有關法規，就其取得的營業額計徵營業稅；對償還面積與拆遷建築面積相等的部分，由當地稅務機關按同類住宅房屋的成本價核定計徵營業稅，對最終轉讓時未作價結算的住宅區配套公共設施（如居委會用房、車棚、託兒所等），凡轉讓收入已包含在住宅房屋轉讓價格中並已徵收營業稅的，不再徵收營業稅。”由上述可知，在營業稅時代對回遷房視同銷售價格是按成本加成方式作為計稅價格，並以此計算營業稅。關於營業稅時代回遷房的視同銷售價格，國稅公告2014年2號文和《營業稅暫行條例實施細則》：“納稅人以自己名義立項，在該納稅人不承擔土地出讓價款的土地上開發回遷安置房，並向原居民無償轉讓回遷安置房所有權的行為，按照《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第五條之規定，視同銷售不動產徵收營業稅，其計稅營業額按財政部、國家稅務總局令第52號第二十條第一款第（三）項的規定予以核定，但不包括回遷安置房所處地塊的土地使用權價款”。按國稅函[1995]549文規定：對外商投資企業從事城市住宅建設，應當按照《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》的有關規定，就其取得的營業額計徵營業稅；對償還面積與拆遷建築面積相等的部分，由當地稅務機關按同類住宅房屋的成本價核定計徵營業稅。而營業稅實施細則第二十條：“納稅人有條例第七條所稱價格明顯偏低並無正當理由或者本細則第五條所列視同發生應稅行為而無營業額的，按下列順序確定其營業額：（一）按納稅人最近時期發生同類應稅行為的平均價格核定；（二）按其他納稅人最近時期發生同類應稅行為的平均價格核定；（三）按下列公式核定：營業額=營業成本或者工程成本×（1＋成本利潤率）÷（1-營業稅稅率）”
以深圳為例，根據西政資本團隊整理的相關實務情況，現行增值稅對回遷房的視同銷售價格基本沿用營業稅時代的做法，即視同銷售價格按成本加成方式確定，該成本價為不包括土地成本的建安成本和拆除成本等直接成本。同時該視同銷售價格也作為銷售額的抵減項，按抵減後計算增值稅的銷項稅額（老項目不適用），按《財政部 國家稅務總局關於明確金融房地產開發教育輔助服務等增值稅政策的通知》（財稅[2016]140號）第七條：“《營業稅改徵增值稅試點有關事項的規定》（財稅〔2016〕36號）第一條第（三）項第 10點中“向政府部門支付的土地價款”，包括土地受讓人向政府部門支付的徵地和拆遷補償費用、土地前期開發費用和土地出讓收益等”。就財稅處理本身而言，回遷房按市場價還是按成本加成方法視同銷售對新項目按一般計稅方法下，對增值稅本身無實質影響，其併入增值稅的銷售價款和土地成本的扣減金額都是用同一口徑、同一金額，但在簡易徵收的情況下，開發商的增值稅因不能扣除土地價款，故其按成本價視同銷售比按市場價視同銷售更為有利，可以少繳不少稅金。但該標準對回遷房來說則殊為不利，在營業稅時代回遷房的產權登記價格一般採用開發商計稅價格作為登記價，回遷戶的登記價越低，該權益人未來再出售（轉讓）要繳的個人所得稅、土地增值稅也就較高。
2.土地增值稅
《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）第三條“非直接銷售和自用房地產的收入確定”第一款“（一）房地產開發企業將開發產品用於職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等，發生所有權轉移時應視同銷售房地產，其收入按下列方法和順序確認：1.按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定。.由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。 ”根據該規定，開發商用建造的本項目房地產補償被拆遷人的，補償房屋應按視同銷售繳納土地增值稅，並應以市價作為視同銷售基數。
以深圳為例，深圳市《城市更新稅收政策指引》（深地稅辦發[2012]37號）第三條第（二）款第二項中明確“根據《國家稅務總局關於房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）第三條第一款規定，安置用房視同銷售，確認收入，同時將此確認為房地產開發項目的拆遷補償費。對房地產開發企業支付給被拆遷居民或單位的補差價款，計入拆遷補償費，對被拆遷居民或單位支付給房地產開發企業的補差價款，應抵減本項目拆遷補償費。扣除價可按開發商支付房產的公允價值確定。開發企業採取異地安置的，異地安置的房屋屬於自行開發建造的，房屋價值按國稅發[2016]187號第三條第一款的規定計算，計入本項目的拆遷補償費，異地安置的房屋屬於購入的，以實際支付的購房支出計入拆遷補償費。”
3.所得稅
國家稅務總局關於印發《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法的通知》（國稅發[2009]31號）“第七條企業將開發產品用於捐贈、贊助、職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他企事業單位和個人的非貨幣性資產等行為，應視同銷售，於開發產品所有權或使用權轉移，或於實際取得利益權利時確認收入（或利潤）的實現。確認收入（或利潤）的方法和順序為：（一）按本企業近期或本年度最近月份同類開發產品市場銷售價格確定。（二）由主管稅務機關參照當地同類開發產品市場公允價值確定。（三）按開發產品的成本利潤率確定。開發產品的成本利潤率不得低於15%，具體比例由主管稅務機關確定。”根據上述規定，開發商以開發產品作為拆遷補償應視同銷售計入企業所得稅應稅收入，同時視同銷售金額應作為土地徵用及拆遷補償費計入企業所得稅應計開發成本。換言之，開發商需以補償房屋的市價作為視同銷售基數，同時以市價作為銷售成本。
四、被拆遷單位/個人取得拆遷安置補償所得（現金或物業）的應稅分析（增值稅、土增稅、印花稅、契稅、所得稅）
1.增值稅：免（深圳地區）
根據《財政部國家稅務總局關於全面推開營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件3《營業稅改徵增值稅試點過渡政策的規定》第一條第（三十七）款規定，土地使用者將土地使用權歸還給土地所有者免徵增值稅。根據深圳市《城市更新稅收政策指引》（深地稅辦發[2012]37號）及116號文的規定，被拆遷方取得的拆遷安置補償所得（含貨幣或回遷房補償）免徵增值稅。
例外情況：
企業取得房屋拆遷補償是否繳納增值稅？
湖北國稅解答：“納稅人將國有土地使用權交由土地收購儲備中心收儲，取得的補償收入能否免徵增值稅？納稅人將國有土地使用權交由土地收購儲備中心收儲，取得的建築物、構築物和機器設備的補償收入徵收增值稅，取得的其他補償收入免徵增值稅。”
2.土地增值稅：免
根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字〔1995〕6號）第十一條規定，對被徵收單位或個人因城市實施規劃、國家建設的需要而被政府批准徵收的房產或收回的土地使用權免徵土地增值稅。
3.契稅：成交價格或補償面積沒有超出規定補償標準的，免
根據《廣東省契稅實施辦法》（廣東省人民政府令第41號）第八條第（四）項及《關於解釋〈廣東省契稅實施辦法〉第八條第四項的批覆》（粵府函〔2007〕127號）規定：被徵收方的土地、房屋被縣級以上人民政府徵用、佔用後，異地或原地重新承受土地、房屋權屬，其成交價格或補償面積沒有超出規定補償標準的，免徵契稅；超出的部分應按規定繳納契稅。
備註：上述提及的“規定補償標準”在實務角度的理解應該是指開發商與被拆遷主體的拆補協議約定的賠償標準。
4.印花稅：
（1）拆遷補償環節
拆遷補償協議不在《中華人民共和國印花稅暫行條例》第二條列舉範圍內，因此拆補協議以及取得拆補所得不需繳納印花稅。
《中華人民共和國印花稅暫行條例》“第二條下列憑證為應納稅憑證：1.購銷、加工承攬、建設工程承包、財產租賃、貨物運輸、倉儲保管、借款、財產保險、技術合同或者具有合同性質的憑證；2.產權轉移書據；3.營業帳簿；4.權利、許可證照；5.經財政部確定徵稅的其他憑證。”鑑於“搬遷補償協議”不在上述列舉範圍內，此搬遷補償收入暫不繳納印花稅。
（2）回遷環節的印花稅
回遷房依據政府部門出具的相關材料、房屋徵收（拆遷）補償協議或棚戶區改造合同（協議），按改造安置住房建築面積佔總建築面積的比例免徵城鎮土地使用稅、印花稅。
5.企業所得稅
（1）符合政策性搬遷規定情形的，根據《國家稅務總局關於發佈〈企業政策性搬遷所得稅管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第40號）和《國家稅務總局關於企業政策性搬遷所得稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第11號）規定處理。
（2）不符合政策性搬遷規定情形的，取得的補償收入作為企業所得稅應稅收入，發生的損失、費用按規定稅前扣除。
（3）稅收優惠的適用
國家稅務總局公告2012年第40號的搬遷所得計算公式：搬遷所得=搬遷收入—搬遷費用支出—搬遷處置資產淨值；
國稅函[2009]118號文（已廢止）的搬遷所得計算公式：搬遷所得=搬遷收入—搬遷費用支出—重置資產支出；
搬遷所得的收入確認時間——搬遷完成年度；具體可參見國家稅務總局關於發佈《企業政策性搬遷所得稅管理辦法》的公告（國家稅務總局公告2012年第40號）：第十五條 企業在搬遷期間發生的搬遷收入和搬遷支出，可以暫不計入當期應納稅所得額，而在完成搬遷的年度，對搬遷收入和支出進行彙總清算。第十六條 企業的搬遷收入，扣除搬遷支出後的餘額，為企業的搬遷所得。企業應在搬遷完成年度，將搬遷所得計入當年度企業應納稅所得額計算納稅。第十七條 下列情形之一的，為搬遷完成年度，企業應進行搬遷清算，計算搬遷所得:(一)從搬遷開始，5年內(包括搬遷當年度)任何一年完成搬遷的。(二)從搬遷開始，搬遷時間滿5年(包括搬遷當年度)的年度。
（4）稅收優惠的適用條件（僅針對貨幣補償，並且需有重置計劃）
《企業政策性搬遷所得稅管理辦法》（國家稅務總局公告2012年第40號）第二十二條 企業應當自搬遷開始年度，至次年5月31日前，向主管稅務機關（包括遷出地和遷入地）報送政策性搬遷依據、搬遷規劃等相關材料。逾期未報的，除特殊原因並經主管稅務機關認可外，按非政策性搬遷處理，不得執行本辦法的規定。第二十三條 企業應向主管稅務機關報送的政策性搬遷依據、搬遷規劃等相關材料，包括：（一）政府搬遷文件或公告；（二）搬遷重置總體規劃；（三）拆遷補償協議；（四）資產處置計劃；（五）其他與搬遷相關的事項。需提醒注意的是，很多被拆遷方都會忽視政策性拆遷稅收優惠政策適用的申報問題，並導致無法實現遞延納稅，因此需特別重視。
6.個人所得稅：規定的標準內，免
根據《財政部國家稅務總局關於城鎮房屋拆遷有關稅收政策的通知》（財稅〔2005〕45號）規定，對被拆遷人按照國家有關城鎮房屋拆遷管理辦法規定的標準取得的拆遷補償款，免徵個人所得稅。
補充問題：
7.返遷物業的登記價與歷史成本（計稅基礎）的差異及處理
（1）登記價的決定因素
不動產登記中心：以拆補協議的約定為準。（PS：如拆補協議未送至更新局備案、公示，是否會對回遷房屋的辦證造成影響？）
（2）歷史成本問題
在政策性拆遷的情況下，歷史成本僅能按原資產淨值加所支付稅款及補價來確定。《國家稅務總局關於企業政策性搬遷所得稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第11號）“ 二、企業政策性搬遷被徵用的資產，採取資產置換的，其換入資產的計稅成本按被徵用資產的淨值，加上換入資產所支付的稅費（涉及補價，還應加上補價款）計算確定。”
（3）回遷房屋再次轉讓的稅務籌劃
企業取得回遷房的：以企業分立形式剝離資產至稅收優惠地載體後轉讓股權；or企業遷址至稅收優惠地；or企業股權轉讓至稅收優惠地設立的個人獨資企業或合夥企業載體後再次轉讓。具體操作事宜可參見本公眾號“西政資本”《稅收優惠地稅籌實務系列（二）——個人轉讓房地產項目（含土地使用權、在建工程及房產）之稅籌實操分析》。
個人取得回遷房的：按個人房產（住宅）轉讓的稅收規定或核定徵收的相關規定處理，影響較小。
8.小產權房的拆補問題——集體土地使用方建設的建構築物（小產權房）適用政策性拆遷稅收優惠政策的相關問題
五、村集體非農建設用地與開發商的合作模式（非農原地開發與城市更新情形）——以深圳為例
（一）非農原地的合作開發（寶安、光明之“雙抬頭”合作建房模式）
非農建設用地沒辦理用地手續之前是屬於集體的，沒有辦法辦理轉讓。非農原地開發的，辦理用地手續的第一步是辦理用地規劃許可證，這時用地規劃許可證書上的用地單位還是XXXX股份合作公司，第二步是簽訂土地出讓合同，由XXX股份合作公司與管理局先簽訂。然後再簽訂補充合同，由股份公司和開發商共同簽訂，因為簽訂出讓合同的時候，還沒有補地價，所以非農用地仍然是非商品性質的，只能合作，不能轉讓。之後補交完地價後出證，出的證都是雙抬頭的（也即合作建房的雙抬頭）。
備註：非農原地做不了拆補，因為非農原地有個前提就是空地，即使不是空地，政府默認也是完善了地上的經濟關係，把他拆成了空地。
（二）非農用地的合作模式舉例
1. 拆賠方式
由開發商完善手續並補交地價，由開發商立項，回遷房40%給村股份公司。這種方式開發商的成本可控並相對有利。村股東分得房子如果再銷售，則由村股份公司承擔再銷售的稅費。利潤各分。
2. 合作建房
村股份公司立項併成立項目公司，對所在地塊進行加名，然後開發，開發完成後雙方4:6分房，在分房環節，村股份公司基本沒有稅費，但用於對外銷售的則要按規定繳稅。
3. 名為代建，實為開發商操盤
由村股份公司立項並建設，但由開發商投入資金開發，銷售完畢後成果按40：60%在村股份公司與開發商之間分成，可以是利潤，可以是房屋，但房屋不利於處置。
（三）非農成本的扣除問題
1.非農原地開發
因本身為空地，因此不適用更新政策，開發商所支付的貨幣對價或分成房屋不得進入拆補成本或者土地成本。
核心問題：非農原地的計稅成本僅為向政府繳付的相關費用？貨幣或分成的房屋如何定性？
實務情況：非農原地只存在空地開發的情形，因此不存在拆補問題，一般開發商都以入股項目公司（可以是股份公司自行設立的）模式操作，然後在項目公司單獨核算成本，開發商支付的對價以股東借款進入，後續在利潤分配後再歸還借款即可。如果前期需要支付費用，一般以預分配利潤的方式給到股份公司，或者股份公司關聯公司做相應的服務。
2.城市更新情形
開發商支付的貨幣補償對價按土地使用權轉讓處理？開發商提供的回遷房屋按拆遷成本處理？
實務情況：一般都是按拆補協議處理，因取得或調入非農指標所支付的對價按拆補費用處理。
3.登記價與歷史成本（實際補繳地價）差異的問題
《深圳市人民政府關於印發深圳市原農村集體經濟組織非農建設用地和徵地返還用地土地使用權交易若干規定的通知》（深府〔2011〕198號）：第七條 原農村集體經濟組織取得非農建設用地和徵地返還用地，應當與規劃國土部門簽訂土地使用權出讓合同。自用的，免繳地價，用地為非商品性質；按照本規定繳清地價的，用地確定為商品性質。對於已經轉為商品性質的非農建設用地和徵地返還用地，權利人在辦理土地使用權初始登記時，可以申請按照合法評估機構核定的市場評估價進行登記。
六、合作開發與合作建房問題
（一）合作建房的構成要件
對於常見的“一方出地，一方出錢，雙方共同合作開發房地產項目”的合作建房行為，根據實務中司法及稅務層面的認定要求，筆者認為合作建房應滿足如下構成要件：
一是合作的雙方共同出資（出地或出錢）、共享利潤、共擔風險。
二是雙方必須共同擁有土地使用權（通過土地使用權“加名”或“雙抬頭”、“雙主體”實現）並聯合立項，但可由出地或者出錢的任何一方，或者雙方共同組建的項目公司完成開發建設。
（二）合作建房之房產分配過程中的稅費分析
合作建房建成後房屋按合同約定進行分割，屬於自建房的範疇，雙方各自辦理初始登記，不視為發生權屬轉移。但合作建房分房自用後再次轉讓或出售的，需按正常的銷售不動產行為徵繳各相關稅費。
1.分房過程中的增值稅
根據國家稅務總局關於印發《營業稅問題解答（之一）的通知》（國稅函發[1995]156號）第十七條的規定，合作建房分房自用時出地方、出資方均需繳納增值稅（營改增前為繳納營業稅）。但深圳地區有例外，根據《深圳市地方稅務局關於合作開發房地產徵收營業稅問題的批覆》（深地稅發[2005]183號）的規定，分房自用時出地方、出資方目前均無需繳納增值稅（營改增前為無需繳納營業稅）。
2.分房過程中的土地增值稅
根據《財政部、國家稅務總局關於土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字[1995]48號）第二條的規定，對於一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成後按比例分房自用的，暫免徵收土地增值稅；建成後轉讓的，應徵收土地增值稅。
3.分房過程中的所得稅
合作建房後分房自用按自建房處理，雙方各自辦理初始登記，因此分房過程不產生所得稅的納稅義務。
4.契稅
出地方取得分配自用的房屋無需繳納契稅，出錢方取得分配自用的房屋時需繳納契稅。
（三）典型偽合作建房模式的稅費風險
1.股權型合作開發：一方以土地出資入股，一方以貨幣出資入股，雙方成立項目公司合作開發
關於“一方出地，一方出錢，雙方共同成立項目公司合作開發房地產項目”的典型模式，在出地方將土地出資入股至項目公司，出資方以貨幣出資入股至項目公司，雙方以項目公司為主體進行合作開發的情形下，因土地在項目公司名下，且雙方以項目公司名義辦理立項和開發建設，形式上不滿足合作建房的要求，因此無法適用合作建房的相關稅收政策。
具體來說，一方面，出地方以土地出資入股至項目公司（主營業務為房地產開發）需按現行規定繳納增值稅、土地增值稅、企業或個人所得稅（相當於按土地使用權轉讓計繳稅費）；另一方面，項目公司完成開發建設後分配房屋給股東需按視同銷售處理，也即項目公司需按正常的市場銷售價格計徵增值稅、土地增值稅、企業所得稅及印花稅。總體而言，該種合作模式蘊藏著較大的稅務風險。
2.合同型合作開發：一方出地，一方出錢，雙方不成立項目公司合作開發
根據上文的論述，因出錢方無法取得土地使用權，因此該種合同型合作開發基本只能由出地方完成立項、開發報建和施工建設，最終也無法避免按《最高人民法院關於審理涉及國有土地使用權合同糾紛案件適用法律問題的解釋》（法釋[2005]5號）的相關規定進行定性，如被認定為房屋買賣合同、借款合同、房屋租賃合同等，在法律效果上也就無法達成合作建房的目的。
3.理論與實務的悖論
凡是長期從事地產行業稅務籌劃的同業人士基本都會跟筆者一樣有許多的困惑，比如上述的股權型與合作型合作開發，國內很多地區的稅務部門都認可其合作建房的性質，並且給予其適用合作建房的相關稅收政策（尤其是分房的過程）。從稅收法律法規的制定來看，其實目前國內對合作建房的性質、構成要件至今未有上位法的依據，且合作建房涉及大量的村企合作以及地方政府各利益主體的博弈，因此總體而言，合作建房的稅收處理勢必會存在各地、各區域自由裁量與自行解釋和適用相關稅收政策的空間。
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