现代西方医学的是在现代人体解剖学和生理学的基础上发展起来的。Vesalius 1543年出版《人体的构造》是近代人体解剖学诞生的标志；William Harvey1628年发表《心血运动论》是近代生理学的诞生标志。解剖学是研究形态学的，现代西医首先研究的是形态学及其在病理条件下的变化。从人体解剖学研究到组织胚胎学、细胞生物学，研究的仍然是形态学的变化，从心肝肺肾等大器官研究到组织结构的形态，细胞结构的形态甚至到生物大分子的结构比如染色体的双螺旋结构，研究的工具从肉眼观察器官组织到显微镜下观察细胞结构甚至分子结构，从健康的器官组织细胞结构到疾病状态下的器官组织结构等等。而生理学研究的是各项可见或者可测量的变化或者指标，比如血液的循环、代谢过程中的物质成分变化、呼吸的过程和气体成分的变化，神经冲动的电传导信号的变化等。
中医学理论体系形成的标志是东汉年间《黄帝内经》的问世，张仲景的《伤寒杂病论》是辨证论治的奠基之作。中医的基础是道家的'天人合一"思想，认为人体是宇宙的一部分，遵守宇宙的普遍规律，因此以“气一元论”和“阴阳五行”为哲学基础。在研究人体和疾病时注重的是“气”的变化，而并不是形态学和指标的变化。由于气的变化在形态学变化和生理指标的变化之前就已经产生，因此中医很早就能够发现人体产生的各种变化，从而能够在现代西医检查发现指标异常之前就发现异常，从而能够“治未病”。这是大家讲养生保健喜欢找中医的原因。
中医是起源于道家的思想，提倡道法自然。在认识之初或许并不明白事物之间联系的逻辑关系，但是中医既是古代自然科学，又是古代自然哲学；既是世界观，又是方法论。既有古代唯物论的思想，又有辩证法的思想，因此用联系、发展、全面的观点认识人体和疾病。它依据事物变化的规律来认识人体和疾病，比如通过白天和黑夜的更替总结了阴阳的变化规律，通过春生、夏长、秋收、冬藏了解到生命的生长变化规律，认识上就有一个整体的观念，注重到人体内部各器官的相互联系和自然界的相互影响，又有辩证的观点。现代西方生物科学在生命的起源的关键一环---生命的原动力问题上依然没有令人满意的科学论证，因此西医的所有研究都只是在人体的形态学研究和现有生命活动基础上的生理活动研究（医学院的学生学习的最基础的课程就是人体解剖学和生理学），但是中国古人在研究人体时，用一个“”气“”来说明生命的原动力，并以气分阴阳来辩证地分析问题，形成了一个整体的认识观，因此中医对人体和疾病的认识在形态学和生理学上不如西医研究那样深入，但是因为有气理论为基础，从而可以全面辩证分析和解释很多现代西医无法解释的问题。其实在古希腊，亚里斯多德也提出过“气”的概念，只不过没有像中医这样系统化，理论化，并应用于实践，在黑暗的中世纪也没有得到进一步发展。到近代西医发展到注重形态学的阶段之后，就被彻底否定了。就像现在某些西医彻底否定中医一样的思维。
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