明清時期，隨著封建專制主義的強化，佛道兩教雖然也受到某些皇帝的青睞，但總的趨勢走向衰微。為了加強對僧尼道冠的控制，建立了遠比前代更為細密周詳的僧官制度，中央設僧錄司、府設僧綱司、 州設僧正司、縣設僧會司，分掌地方僧務。洪武年間，僧綱司和僧會司署分設於普照寺和資福寺（今泰安師範西院）。為了加強對道冠的控制，京師設道錄司、府設道紀司、州設道正司、縣設道會司，司署分設於岱廟和岱頂碧霞祠，為本地道教中心。
洪武三年（1370），取消“天齊大生仁聖帝”的封號，改稱“東嶽泰山之神”，恢復山神的本來面貌。祭祀泰山神的活動，由帝王逐漸普及到民間，東嶽大帝也逐漸被碧霞
為封禪，由封禪再變為神仙”。以碧霞
隨著封建專制制度的強化，從北開始的三教融合也進一步深化。清初臨濟宗代表人物木陳的再傳弟子元玉，住持普照寺數十年。元玉認為：“忠臣孝子之心即佛心也 ”。他自稱：（元玉）“雖己為佛氏之徒，然不能輕忘孔氏之道，以為諸道之根本指歸”。（《泰山石堂老人文集》）元玉起床後燒三瓣晨香。第一瓣香不是敬佛祖，而是祝皇上萬壽無疆。這也從一個側面反映出三教融合的趨勢。
由於三教融合的深化，三教之間你中有我，我中有你。而且與宗教之間的界限也愈來愈模糊，共性愈來愈多。明清時活躍在泰山的民間宗教，它們吸收了各大教的神祇和民間崇拜的對象，儀式簡單，其活動多呈秘密狀態。它們的名稱雖然五花八門，但在信仰上都不出三教的範圍，只是側重點有所不同。例如，嘉靖年間創立大成教，到咸豐末張積中繼承此教，在泰山東麓黃崖山結寨講學，講授《周易》、《中庸》等儒家經典，同時參附道教的《 參同契 》、《道藏大全》等書（《山東軍興紀略》卷21），有時也援引釋典，明顯地看出這一派是“三教合一”的。張積中後來被清軍剿死於黃崖山中。
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