嘎丁寺位於囊謙縣毛莊鄉政府所在地以東10公里處，由巴絨噶舉派弟子普從然丁於公元1300年創建，1536年改奉寧瑪派。
清順治九年（1652年）五世達賴羅桑嘉措從北京回藏，途經玉樹，嘎丁寺改奉為格魯派寺院，賜名“嘎丁佛都定勝洲”，並派堪布一員支持寺務。寺院主要供奉宗喀巴。康熙末年，七世達賴也曾到過此寺。
嘎丁寺位於青海省玉樹州囊謙縣，距離州府170公里，嘎丁寺自古以優越的自然環境以及她奇特的地質構造加上她悠久的宗教文化歷史名揚四海，嘎丁寺坐落在瀾滄江的一個支流孜曲河第一彎，孜曲河在山川之流淌自然巧妙的形成了兩個環形，而恰恰就是這對環形在高處遠望形成了一個太極圖，也因此以風水寶地而出名。
據流傳早在佛教還沒流傳到西藏之前此地也是一個特別有名的苯教道場，寺院修建的這座山是平地而起的，因此此山名為“唐啦熱吉”意思是平灘上長起的山，附近還有蓮花生大師修行過的山洞，因此此地從古至今被世人認定為神山聖地不遠千里到此朝拜。
根據記載於公元1301年成就者‘拔染巴’將此地正式的改為佛教寺廟並在此修行成就，之後突然有一天來了十六名高僧據說是十六羅漢的化身在河邊種下十六顆楊樹，並圍繞著寺院在河邊種了一圈藏楊樹。
之後公元1653年第五世達賴喇嘛阿旺羅桑嘉措應邀清朝政府進京往返途徑此處時再次將寺院改名為嘎丁寺並將派系改為格魯派，認定嘎丁赤智活佛為該寺主持活佛，賜封相關權責賞賜官馬、珠寶、官牌等。
之後有切倉松然尖措上師的歷代轉世嘎丁囊索活佛和次成仁青上師的歷代轉世活佛為該寺四位活佛，當時在藏區嘎丁寺被稱為第三級寺院僧侶達到八百多人，在玉樹地區乃至整個藏區是一所特別著名的寺院，在特殊的歷史階段加上她在青藏交界的特殊地理位置也曾遭受過戰爭的洗禮。
1983年改革開放之後該寺得到了政府的開放許可，並認定第十三世嘎丁赤智成林更恰活佛為寺院法人，之後成林更恰活佛拜見第十世班禪大師，應的正確指引改革開放的大好良機下頂著當時艱苦的環境和落後的經濟條件，活佛依然決心重建寺廟。
從第一間土木結構的誦經堂開始再到閉關殿、食堂、活佛行宮、僧舍、護法殿到大雄寶殿等活佛自己擔任設計、技術工再到到監理，加上當地老百姓的大力支持嘎丁寺又開始了一次新的歷史起點，往後在國家的相關的開放政策和全寺上下僧眾不懈的努力下寺院越發的興盛。
寺院第一棟真正的水泥鋼筋結構的建築於1998年正式開工，而這一耗資耗力投入最大的建築，就是一所小學也就是現在毛莊鄉第二小孜榮寄宿小學的前生。
活佛為解決周邊適齡兒童的上學難的問題，建造了這所小學並按照國家九年義務教育的規定，同步開設課程，為解決師生的食宿經費開支，活佛到國內外弘揚佛法講經籌集善款。
之後在上級政府的支持和國家相關的惠民政策的落實加上國內外佛教信徒的大力支持，寺院在保留維護老舊建築和歷史遺蹟的同時，開始建造以現代化建築為主體的大雄寶殿、活佛行宮、護法殿、閉關中心、僧舍70餘套/間、警務室、醫務室、食堂、公共廁所等所有建築均符合國家相關規定和要求。
由於嘎丁寺悠久的宗教文化歷史，寺院的活佛有不同尋常的口耳傳承的灌頂加持力，有九年九個月九日和三年三個月三天的閉關修行密級金剛儀軌傳承。
寺院文物保留方面也當數一數二，從各式各樣完整的佛法器具再到各個護法本尊佛菩薩的佛像，從上百冊舊版大藏經到數卷大型壁掛唐卡。
因此嘎丁寺於1998年正式批准為省級文物保護單位，2011年玉樹災後重建之後由省文物局再次立碑下文嘎丁寺為省級重點文物保護單位。
寺院裡現有三位活佛分別是；嘎丁赤智成林更恰活佛、囊索松然巴旦爭尕哇活佛、阿次智古活佛，僧侶99名。
寺院在省州縣個級政府和省委州委縣委統戰的正確領導下、在全寺僧侶不斷努力下，至今在寺未出現過一個有任何違違規法行為或破壞團結穩定的僧侶，因此先後獲得愛國愛教、先進文明、團結守法等榮譽，也成為國內為遊客到玉樹旅遊的重要景點以及玉樹地區的重點旅遊景區。
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