之前簡單描述了桓玄稱帝，但有一點沒說，桓玄之所以能夠順利稱帝，與孫恩有極大的關係，可以說，要不是孫恩作亂，東晉至少能與桓玄抗衡，而不是一邊倒的局勢，那麼今天就講講這位孫恩。
孫恩，出自琅琊孫氏，其家族世代信奉五斗米道。雖是士族出身，但與琅琊王氏、陳郡謝氏、陳郡袁氏、蘭陵蕭氏這些頂級門閥相比，差的實在太大，為低級士族，尤其是移居會稽，經過土斷以後，基本上如同南來下層北人一樣，已變成南方的低下階級。
所謂土斷，實際上就是指戶籍管理。由於西晉時的各種亂七八糟，大量北人南下，這些人被稱為僑人，這其中相當一部分為底層人民。東晉政府成立以後，採取僑置政策，即在某集中地區，暫置原籍州郡縣，並仍用舊名，稱僑州、僑郡、僑縣，是為僑置，而南方原郡縣稱為“土郡縣”，比如說晉陵(今江蘇常州一帶)一郡，當時便僑立徐、兗、幽、冀、青、並六州的十多個郡級和六十多個縣級機構，當時還有南徐州這種叫法，便是僑置政策。
僑人只能在這些僑立的治所登記，跟南方土著居民不同，僑人享有特權，他們的戶籍稱為白籍，不算正式戶籍，入白籍者不負擔國家調役，而土著居民戶籍稱為黃籍，是東晉的正式戶籍。
各州僑人既和原來的江南土著百姓雜處，又彼此相互混居，卻分屬於不同的州、郡、縣管理，這些流民自北方南下，多數還想重返故里，所以莫不各樹邦邑，思復舊井。這種情況下，東晉朝廷不得不給予僑人特權，但是數次北伐無功且東晉站穩腳跟之後，僑人跟土人之間的矛盾開始湧現，為了更好的統治，東晉便開始整理戶籍，即居民不分僑、舊，一律在所居郡縣編入正式戶籍，取消對僑人的優待，這就是土斷政策。
經過土斷以後，孫恩家族沒了特權，便開始為以後想辦法，這時候他叔叔孫泰遇見了一位道士：杜子恭。
杜子恭可不是一般人，其為吳郡錢塘五斗米道首領。在東晉時，出現了很多道教世家，比如琅琊王氏，陳郡謝氏等等，這些世家共尊杜子恭為首。
許是老杜覺得孫泰天賦異稟，便收他為徒，傳其道術，杜子恭死後，孫泰自然就接替他的位置成了新一代的五斗米道首領。
公元398年，王恭之亂爆發，孫泰只當晉祚將盡，便以討伐王恭為名，私合教眾數千人，準備起事，可能是頭一回心裡緊張，這要命的事兒竟然被會稽內史謝輶發現了，他二話不說便揭發了。司馬道子遂誘殺孫泰，孫恩無奈，遠遁海島，眾教徒聽聞孫泰死了，十分迷惑，就相互催眠，認為孫泰是“蟬蛻登仙”，然後把目光投向了海中的孫恩，紛紛給他送人送物資。
孫恩得了數百亡命之徒，又有眾多迷信之眾，發誓要報此大仇。
公元399年，司馬元顯徵調江東八郡免奴為客者，以充兵役，使得三吳門閥甚是不滿，孫恩趁此良機，自海登陸，進攻上虞，縣令被殺，隨後直取會稽。同是信奉五斗米道的會稽內史王凝之急忙設下香案，只見他腳踏七星步，火燒三山符，求得鬼兵以守衛各路要津，可惜了，鬼兵還沒來，教眾卻來了，王凝之來不及釋放咒語，便被一刀砍翻，餘子皆死。
迷信害死人啊！這王凝之乃書聖王羲之次子，王獻之之兄，謝安之兄謝奕之女，有“詠絮之才”美譽的才女謝道韞之夫。
會稽失落，孫恩部眾增至數萬人。除去會稽，尚有吳郡、吳興郡、義興郡、臨海郡、永嘉郡、東陽郡及新安郡紛紛殺長史以響應孫恩，“旬日之中，眾數十萬”，聲勢十分浩大。
詠絮之才
眼見如此，孫恩不禁得意洋洋，據會稽，自稱徵東將軍，並把部眾改名為“長生人”，同時發令誅殺異己，“有不同者戮及嬰孩”，死者十之七八、
東晉上下震驚不已，忙調遣徐州刺史謝琰及鎮北將軍劉牢之前往鎮壓。
孫恩本來打算，藉著江東八郡一路打到建康，推翻東晉，然而聽說劉牢之兵臨錢塘江時，就知道這事成不了了，遂改為據會稽而自守，與東晉分庭抗禮。顯然，他高估了自己的能力，很快，數戰之後，坐擁數十萬眾的孫恩見謝劉二人攻擊甚猛，只好攜二十萬人再次遠遁海島。
公元400年五月，孫恩率部眾再襲東晉，攻浹口（今鎮海口），入餘姚，破上虞，進至刑浦，被謝琰參軍劉宣之擊退。
不久之後再度進軍刑浦，並逼近會稽，謝琰因屢戰屢勝，十分大意，後因部下叛變而被殺。孫恩立刻轉攻臨海。十一月，孫恩在餘姚大敗高雅之，隨後又敗於劉牢之之手，孫恩無語，再度逃入海島。
公元401年二月，孫恩又一次率眾登陸，又攻浹口，進攻句章，結果城尚未攻下就得知劉牢之又來了，於是馬不停蹄，撤回海島。
三月，孫恩又來了。這一回他轉攻海鹽，然而劉牢之早派劉裕前來，結果孫恩日夜兼攻，卻都無法前進一步。孫恩無奈轉攻吳國內史袁山松守的滬瀆。這回終於成功了，五月袁山松戰死，孫恩大軍突進至京口（今鎮江），戰士十餘萬，樓船千餘艘，軍容強盛。孫恩只當至此可以攻取京城建康。
當時劉牢之還在山陰，立刻派劉裕領兵從海鹽堵截孫恩，劉牢之自率大軍援救京口。
劉裕所部兵力不足千人，但絲毫不怕，以少勝多，大敗孫恩。孫恩狼狽登船再逃。
不過這回孫恩並沒有逃遠，他也不是傻子，知道這回京城空虛，就重整兵力再進建康，不過此時朝廷已經陳兵待戰，更有司馬尚之大軍馳援，只好撤退，北走鬱州。後劉裕來討，交戰數次孫恩再次大敗，於是沿海南逃。但是即便南逃期間劉裕也一路追擊，孫恩只好在浹口再逃入海中。
這期間，東晉朝廷一直竭盡全力來對付孫恩，桓玄、殷仲堪、楊佺期三人趁此良機大打出手，殷楊二人失敗，部眾土地盡歸桓玄所有，桓玄開始挾制朝廷，威逼司馬氏，進督八州及楊豫八郡，領荊江兩州刺史。
公元402年，桓玄擊敗司馬道子一派，掌控大權，猛將劉牢之身死，孫恩聽說後再次以為大事可成，再度來襲。但是在進攻臨海郡時被太守辛昺擊敗。
劉裕
孫恩部眾經此戰後，死亡殆盡，僅餘數千人。而孫恩本人懼怕被朝廷俘獲，遂投海自盡，數百名他的妓妾和信奉他的部眾皆隨之而死， 餘下部眾只當孫恩成仙，稱其為“水仙”。孫恩死後，大傢伙推舉其妹夫盧循為首領，繼續率領餘眾堅持鬥爭，直到411年被劉裕剿滅。
至此持續十餘年的孫恩盧循之亂正式終結，但是這次農民起義，打破了士族掌權這一晉朝立國的根本，尤其是北府兵被寒士掌控。自此士族失權，門閥衰落，寒人興起。
而新興的實力派劉裕也意識到豪強大族的危害，開始實行減輕人民負擔和抑制豪強大族的措施，打擊豪強士族，整頓吏治，重用寒門，發展生產，輕徭薄賦，廢除苛法，為南朝劉宋前期的強盛奠定基礎，從而使得“寒人掌機要”登上歷史舞臺，進而取代士族掌權，為科舉制的誕生打下基礎。
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